seq1 = pF1KE0363.tfa, 2235 bp
seq2 = pF1KE0363/gi568815575r_83964280.tfa (gi568815575r:83964280_84287899), 323620 bp

>pF1KE0363 2235
>gi568815575r:83964280_84287899 (ChrX)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-141  (123513-123572)   100% ->
142-258  (131709-131825)   100% ->
259-340  (139777-139858)   100% ->
341-421  (140842-140922)   100% ->
422-501  (142343-142422)   100% ->
502-608  (152690-152796)   100% ->
609-646  (153081-153118)   100% ->
647-789  (167873-168015)   100% ->
790-860  (170446-170516)   100% ->
861-949  (170752-170840)   100% ->
950-1008  (171613-171671)   100% ->
1009-1111  (180175-180277)   100% ->
1112-1242  (180860-180990)   100% ->
1243-1365  (181413-181535)   100% ->
1366-1455  (182024-182113)   100% ->
1456-1614  (183243-183401)   100% ->
1615-1776  (185702-185863)   100% ->
1777-1853  (190052-190128)   100% ->
1854-1971  (191589-191706)   100% ->
1972-2112  (222789-222929)   100% ->
2113-2235  (223498-223620)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTACCATTCGCTCCTCAGGACGAGCCCTGGGACCGAGAAATGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTACCATTCGCTCCTCAGGACGAGCCCTGGGACCGAGAAATGGAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCAGCGGCGGCGGCGCGAGCAGCGGCGAG         GTAAATGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 GTTCAGCGGCGGCGGCGCGAGCAGCGGCGAGGTT...CAGGTAAATGGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTAAAATGGTTGATGAGCCAATGGAAGAGGGAGAAGCAGATTCTTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123523 TTAAAATGGTTGATGAGCCAATGGAAGAGGGAGAAGCAGATTCTTGTCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          GATGAAGGAGTTGTTAAAGAAATCCCTATTACTCATCATGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123573 GTA...CAGGATGAAGGAGTTGTTAAAGAAATCCCTATTACTCATCATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAGGAAGGCTATGAGAAAGCAGATCCTGCACAGTTTGAGTTGCTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131750 TAAGGAAGGCTATGAGAAAGCAGATCCTGCACAGTTTGAGTTGCTCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCTTGGTCAGGGGTCATTTGGAAAG         GTTTTTCTTGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 131800 TTCTTGGTCAGGGGTCATTTGGAAAGGTA...TAGGTTTTTCTTGTTAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAAGACCGGTCCTGATGCTGGGCAGCTCTATGCAATGAAGGTGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139792 AAGAAGACCGGTCCTGATGCTGGGCAGCTCTATGCAATGAAGGTGTTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAAAGCCTCTTTAAAAG         TTCGAGACAGAGTTCGGACAAAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 139842 AAAAGCCTCTTTAAAAGGTA...TAGTTCGAGACAGAGTTCGGACAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGAGAGGGATATACTGGTGGAAGTAAATCATCCATTTATTGTCAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140866 TGGAGAGGGATATACTGGTGGAAGTAAATCATCCATTTATTGTCAAATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACTATG         CCTTTCAGACTGAAGGGAAACTGTACTTAATACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140916 CACTATGGTA...TAGCCTTTCAGACTGAAGGGAAACTGTACTTAATACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGATTTTCTCAGGGGAGGAGATGTTTTCACAAGATTATCCAAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 142377 GGATTTTCTCAGGGGAGGAGATGTTTTCACAAGATTATCCAAAGAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502      GTTCTGTTTACAGAGGAAGATGTGAAATTCTACCTCGCAGAACTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142427 ..TAGGTTCTGTTTACAGAGGAAGATGTGAAATTCTACCTCGCAGAACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCCTTGCTTTGGATCATCTGCACCAATTAGGAATTGTTTATAGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152735 GCCCTTGCTTTGGATCATCTGCACCAATTAGGAATTGTTTATAGAGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAAGCCAGAAAA         CATTTTGCTTGATGAAATAGGACATATCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 152785 GAAGCCAGAAAAGTA...CAGCATTTTGCTTGATGAAATAGGACATATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AATTAACAG         ATTTTGGACTCAGCAAGGAGTCAGTAGATCAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 153110 AATTAACAGGTA...TAGATTTTGGACTCAGCAAGGAGTCAGTAGATCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAAAAGAAGGCTTACTCATTTTGTGGTACAGTAGAGTATATGGCTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167905 GAAAAGAAGGCTTACTCATTTTGTGGTACAGTAGAGTATATGGCTCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGTAGTAAATAGGAGAGGCCATTCCCAGAGTGCTGATTGGTGGTCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167955 AGTAGTAAATAGGAGAGGCCATTCCCAGAGTGCTGATTGGTGGTCATATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTGTTCTTATG         TTTGAAATGCTTACTGGTACTCTGCCATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 168005 GTGTTCTTATGGTA...TAGTTTGAAATGCTTACTGGTACTCTGCCATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAAGGTAAAGACAGAAATGAGACCATGAATATGATATTAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 170476 CAAGGTAAAGACAGAAATGAGACCATGAATATGATATTAAAGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AGCAAAACTTGGAATGCCTCAATTTCTTAGTGCTGAAGCACAAAGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170752 AGCAAAACTTGGAATGCCTCAATTTCTTAGTGCTGAAGCACAAAGTCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TAAGGATGTTATTCAAAAGGAATCCAGCAAATAGATTGG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 170802 TAAGGATGTTATTCAAAAGGAATCCAGCAAATAGATTGGGTA...TAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCAGAAGGAGTTGAAGAAATCAAAAGACATCTGTTTTTTGCAAATATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171615 TCAGAAGGAGTTGAAGAAATCAAAAGACATCTGTTTTTTGCAAATATTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTGGGAT         AAATTATATAAAAGAGAAGTTCAACCTCCTTTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171665 CTGGGATGTA...TAGAAATTATATAAAAGAGAAGTTCAACCTCCTTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 AACCTGCTTCTGGAAAACCAGATGATACTTTTTGTTTTGATCCTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180209 AACCTGCTTCTGGAAAACCAGATGATACTTTTTGTTTTGATCCTGAATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACTGCAAAAACACCTAAAG         ATTCTCCCGGTTTGCCAGCCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 180259 ACTGCAAAAACACCTAAAGGTA...TAGATTCTCCCGGTTTGCCAGCCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TGCAAATGCTCATCAGCTCTTCAAAGGATTCAGCTTTGTTGCAACTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180882 TGCAAATGCTCATCAGCTCTTCAAAGGATTCAGCTTTGTTGCAACTTCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TTGCAGAAGAATATAAAATCACTCCTATCACAAGTGCAAATGTATTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180932 TTGCAGAAGAATATAAAATCACTCCTATCACAAGTGCAAATGTATTACCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ATTGTTCAG         ATAAATGGAAATGCTGCACAATTTGGTGAAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 180982 ATTGTTCAGGTA...CAGATAAATGGAAATGCTGCACAATTTGGTGAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 ATATGAATTGAAGGAGGATATTGGTGTTGGCTCCTACTCTGTTTGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181445 ATATGAATTGAAGGAGGATATTGGTGTTGGCTCCTACTCTGTTTGCAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 GATGCATACATGCAACTACCAACATGGAATTTGCAGTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 181495 GATGCATACATGCAACTACCAACATGGAATTTGCAGTGAAGGTA...TAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 ATCATTGACAAAAGTAAGCGAGACCCTTCAGAAGAGATTGAAATATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182024 ATCATTGACAAAAGTAAGCGAGACCCTTCAGAAGAGATTGAAATATTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GCGCTATGGACAACATCCCAACATTATTACTTTGAAGGAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 182074 GCGCTATGGACAACATCCCAACATTATTACTTTGAAGGATGTA...TAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TCTTTGATGATGGTAGATATGTTTACCTTGTTACGGATTTAATGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183244 TCTTTGATGATGGTAGATATGTTTACCTTGTTACGGATTTAATGAAAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GGAGAGTTACTTGACCGTATTCTCAAACAAAAATGTTTCTCGGAACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183294 GGAGAGTTACTTGACCGTATTCTCAAACAAAAATGTTTCTCGGAACGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GGCTAGTGATATACTATATGTAATAAGTAAGACAGTTGACTATCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183344 GGCTAGTGATATACTATATGTAATAAGTAAGACAGTTGACTATCTTCATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 GTCAAGGA         GTTGTTCATCGTGATCTTAAACCTAGTAATATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 183394 GTCAAGGAGTA...AAGGTTGTTCATCGTGATCTTAAACCTAGTAATATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 TTATACATGGATGAATCAGCCAGTGCAGATTCAATCAGGATATGTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185735 TTATACATGGATGAATCAGCCAGTGCAGATTCAATCAGGATATGTGATTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 TGGGTTTGCAAAACAACTTCGAGGAGAAAATGGACTTCTCTTAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185785 TGGGTTTGCAAAACAACTTCGAGGAGAAAATGGACTTCTCTTAACTCCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 GCTACACTGCAAACTTTGTTGCACCTGAG         GTTCTTATGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 185835 GCTACACTGCAAACTTTGTTGCACCTGAGGTA...TAGGTTCTTATGCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CAGGGATATGATGCTGCTTGTGATATCTGGAGTTTAGGAGTCCTTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190064 CAGGGATATGATGCTGCTTGTGATATCTGGAGTTTAGGAGTCCTTTTTTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CACAATGTTGGCTGG         CTACACTCCATTTGCTAATGGCCCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 190114 CACAATGTTGGCTGGGTA...TAGCTACACTCCATTTGCTAATGGCCCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 ATGATACTCCTGAAGAGATACTGCTGCGTATAGGCAATGGAAAATTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191615 ATGATACTCCTGAAGAGATACTGCTGCGTATAGGCAATGGAAAATTCTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 TTGAGTGGTGGAAACTGGGACAATATTTCAGACGGAGCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 191665 TTGAGTGGTGGAAACTGGGACAATATTTCAGACGGAGCAAAGGTA...TA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1972  GATTTGCTTTCCCATATGCTTCATATGGACCCACATCAGCGGTATACTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222788 GGATTTGCTTTCCCATATGCTTCATATGGACCCACATCAGCGGTATACTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 CTGAACAAATATTAAAGCACTCATGGATAACTCACAGAGACCAGTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222838 CTGAACAAATATTAAAGCACTCATGGATAACTCACAGAGACCAGTTGCCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 AATGATCAGCCAAAGAGAAATGATGTGTCACATGTTGTTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 222888 AATGATCAGCCAAAGAGAAATGATGTGTCACATGTTGTTAAGGTA...TA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2113  GGAGCAATGGTTGCAACATACTCTGCCCTGACTCACAAGACCTTTCAAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223497 GGGAGCAATGGTTGCAACATACTCTGCCCTGACTCACAAGACCTTTCAAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2162 CAGTCCTAGAGCCTGTAGCTGCTTCAAGCTTAGCCCAGCGACGGAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223547 CAGTCCTAGAGCCTGTAGCTGCTTCAAGCTTAGCCCAGCGACGGAGCATG

   2400     .    :    .    :
   2212 AAAAAGCGAACATCAACTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||
 223597 AAAAAGCGAACATCAACTGGCCTG