seq1 = pF1KE0345.tfa, 1707 bp
seq2 = pF1KE0345/gi568815576r_21108141.tfa (gi568815576r:21108141_21325554), 217414 bp

>pF1KE0345 1707
>gi568815576r:21108141_21325554 (Chr22)

(complement)

1-164  (100001-100164)   97% ->
165-295  (103341-103471)   96% ->
296-382  (103603-103689)   97% ->
383-579  (108888-109084)   95% ->
580-733  (109477-109630)   96% ->
734-883  (111681-111830)   98% ->
884-1020  (112354-112490)   99% ->
1021-1208  (116009-116196)   98% ->
1209-1336  (116429-116556)   95% ->
1337-1449  (116659-116771)   95% ->
1450-1563  (116853-116966)   98% ->
1564-1707  (117271-117414)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGAAGTTAGTGGTGCTGGGCCTGCTGGCCGTGGTCCTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGAAGTTAGTGGTGCTGGGCCTGCTGGCCGTGGTCCTGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCATTGTCGGCCTCTGTCTCTGGCTGCCCTCAGCCTCCAAGGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100051 GGTCATTGTCGGCCTCTGTCTCTGGCTGCCCTCGGCCTCCAAGGAACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAACCATGTGTACACCAGGGCTGCCGTGGCCGCGGATGCCAAGCAGTGC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100101 ACAACCATGTGTACACCAGGGCTGCCATGGCCGCGGATGCCAAGCAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGAAGATTGGGAG         GGATGCACTGCGGGACGGTGGCTCTGC
        | | ||||||||||>>>...>>>|||  ||||||||||||||||||||||
 100151 TTGGAGATTGGGAGGTG...CAGGGACACACTGCGGGACGGTGGCTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGATGCAGCCATTGCAGCCCTGTTGTGTGTGGGGCTCATGAATGCCC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103368 AGTGGATGCAGCCATTGCAGCCCTGTTGTGTGTGGGGCTCATGAATGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGCATGGGCATCGGGGGTGGCCTCTTCCTCACCATCTACAACAGCACC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 103418 ACAGCATGGGCATCGGGGTTGGCCTCTTCCTCACCATCTACAACAGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAC         GAAAAGCTGAGGTCATCAACGCCCGCGAGGTGGCCCC
        || |>>>...>>>||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 103468 ACTCATG...TAGGAAAAGCTGAGGTCATCAATGCCCGCGAGGTGGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGCTGGCCTTTGCCACCATGTTCAACAGCTCGGAGCAGTCCCAGAAGG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 103640 CAGGCTGGCCTTTGCCAGCATGTTCAACAGCTCGGAGCAGTCCCAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          GGGGGCTGTCGGTGGCGGTGCCTGGGGAGATCCGAGGCTAT
        >>>...>>>| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103690 GTA...CAGGAGGGCTGTCGGTGGCGGTGCCTGGGGAGATCCGAGGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCTGGCACACCAGCGGCATGGGCGGCTGCCCTGGGCTCGCCTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108929 GAGCTGGCACACCAGCGGCATGGGCGGCTGCCCTGGGCTCGCCTCTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCCAGCATCCAGCTGGCCCGCCAGGGCTTTCCCGTGGGCAAGGGCTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
 108979 GCCCAGCATCCAGCTGGCCCGCCAGGGCTTCCCTGTGGGCAAGGGCTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGCAGCCCTGGAAAACAAGCGGACCGTCATCGAGCAGCAGCCTGTCTTG
        |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 109029 CGGCAGTCCTGGAAAACAAGCGGACTGTCATCGAGCAGCAGCCTGTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TG TGAG         GTGTTCTGCCGGGATAGAAAGGTGCTTCGGGAGG
        ||-|-| >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109079 TGGT ATGTC...GAGGTGTTCTGCCGGGATAGAAAGGTGCTTCGGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 GGGAGAGACTGACCCTGCCGCAGCTGGCTGACACCTACGAGACGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||
 109511 GGGAGAGACTGACCCTGCCGCGGCTGGCTGACACCTATGAGATGCTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 ATCGAGGGTGCCCAGGCCTTCTACAACGGCAGCCTCACGGCCCAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 109561 ATCGAGGGTGCCCAGGCCTTCTACAACGGCAGCCTCATGGCCCAGATTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 GAAGGACATCCAGGCGGCCG         GGGGCATTGTGACAGCTGAGG
        |||||||||||||||||| |>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109611 GAAGGACATCCAGGCGGCTGGTG...CAGGGGGCATTGTGACAGCTGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 ACCTGAACAACTACCGTGCTGAGCTGATCGAGCACCCGCTGAACATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111702 ACCTGAACAACTACCGTGCTGAGCTGATCGAGCACCCGCTGAACATCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 CTGGGAGACGTGGTGCTGTACATGCCCAGTGCGCCGCTCAGCGGGCCCGT
        |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 111752 CTGGGAGACGCGGTGCTGTACATGCCCAGTGCGCGGCTCAGCGGGCCCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 GCTGGCCCTCATCCTCAACATCCTCAAAG         GGTACAACTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111802 GCTGGCCCTCATCCTCAACATCCTCAAAGGTG...CAGGGTACAACTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896 CCCGGGAGAGCGTGGAGAGCCCCGAGCAGAAGGGCCTGACGTACCACCGC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 112366 CCCGGGAGAGCGTGGAGACCCCCGAGCAGAAGGGCCTGACGTACCACCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 ATCGTAGAGGCTTTCCGGTTTGCCTACGCCAAGAGGACCCTGCTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112416 ATCGTAGAGGCTTTCCGGTTTGCCTACGCCAAGAGGACCCTGCTTGGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 CCCCAAGTTTGTGGATGTGACTGAG         GTGGTCCGCAACATGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112466 CCCCAAGTTTGTGGATGTGACTGAGGTA...CAGGTGGTCCGCAACATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 CCTCCGAGTTCTTCGCTGCCCAGCTCCGGGCCCAGATCTCTGACGACACC
        |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
 116025 CCTCTGAGTTCTTCGCTGCCCAGCTCCGGTCCCAGATCTCTGACCACACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 ACTCACCCGATCTCCTACTACAAGCCCGAGTTCTACACGCCGGATGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116075 ACTCACCCGATCTCCTACTACAAGCCCGAGTTCTACACGCCGGATGACGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 GGGCACTGCTCACCTGTCTGTCGTCGCAGAGGACGGCAGTGCTGTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116125 GGGCACTGCTCACCTGTCTGTCGTCGCAGAGGACGGCAGTGCTGTGTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187 CCACCAGCACCATCAACCTCTA         CTTTGGCTCCAAGGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||| ||
 116175 CCACCAGCACCATCAACCTCTAGTA...TAGCTTTGGCTCCAAGGTCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 TCCCCGGTCAGCGGGATCCTGTTCAATAATGAAATGGACGACTTCAGCTC
        ||||||||||| |||||||||||||||||||-||||||||||||||||||
 116448 TCCCCGGTCAGTGGGATCCTGTTCAATAATG AATGGACGACTTCAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 TCCCAGCA TCACCAACGAGTTTGGGGTACCCCCCTCACCTGCCAATTTC
        ||||||||-||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
 116497 TCCCAGCATTCACCAATGAGTTTGGGGCACCCCCCTCACCTGCCAATTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327 ATCCAGCCAG         GGAAGCAGCCGCTCTCGTCCATGTGCCCGAC
        ||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| ||||||||||| |||
 116547 ATCCAGCCAGGTA...CAGGGAAGCAGCCGCTCTTGTCCATGTGCCTGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368 GATCATGGTGGGCCAGGACGGCCAGGTCCGGATGGTGGTGGGAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116690 GATCATGGTGGGCCAGGACGGCCAGGTCCGGATGGTGGTGGGAGCTGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418 GGGGCACACAGATCACCACGGCCACTGCACTG         GCCATCATC
        ||||||| ||||||||||| | ||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116740 GGGGCACGCAGATCACCACAGACACTGCACTGGTA...CAGGCCATCATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1459 TACAACCTCTGGTTCGGCTATGACGTGAAGCGGGCCGTGGAGGAGCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 116862 TACAACCTCTGGTTCGGCTATGACGTGAAGAGGGCCGTGGAGGAGCCCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1509 GCTGCACAACCAGCTTCTGCCCAACGTCACGACAGTGGAGAGAAACATTG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116912 GCTGCACAACAAGCTTCTGCCCAACGTCACGACAGTGGAGAGAAACATTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1559 ACCAG         GCAGTGACTGCAGCCCTGGAGACCCGGCACCATCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116962 ACCAGGTG...CAGGCAGTGACTGCAGCCCTGGAGACCCGGCACCATCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 ACCCAGATCGCGTCCACCTTCATCGCTGTGGTGCAAGCCATCGTCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117307 ACCCAGATCGCGTCCACCTTCATCGCTGTGGTGCAAGCCATCGTCCGCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650 GGCTGGTGGCTGGGCAGCTGCCTCGGACTCCAGGAAAGGCGGGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 117357 GGCTGGTGGCTGGGCAGCTGCCTCGGACTCCAGGAAAGGCGGGGAACCTG

   1800     .
   1700 CCGGCTAC
        | ||||||
 117407 CTGGCTAC