seq1 = pF1KE0345.tfa, 1707 bp
seq2 = pF1KE0345/gi568815576f_24511082.tfa (gi568815576f:24511082_24728836), 217755 bp

>pF1KE0345 1707
>gi568815576f:24511082_24728836 (Chr22)

1-164  (100001-100164)   100% ->
165-295  (103695-103825)   100% ->
296-382  (103960-104046)   100% ->
383-575  (109247-109439)   99% ->
576-733  (109832-109989)   100% ->
734-883  (112026-112175)   100% ->
884-1020  (112699-112835)   100% ->
1021-1208  (116351-116538)   100% ->
1209-1336  (116771-116898)   100% ->
1337-1449  (117000-117112)   100% ->
1450-1563  (117194-117307)   100% ->
1564-1707  (117612-117755)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAAGAAGTTAGTGGTGCTGGGCCTGCTGGCCGTGGTCCTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAAGAAGTTAGTGGTGCTGGGCCTGCTGGCCGTGGTCCTGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCATTGTCGGCCTCTGTCTCTGGCTGCCCTCAGCCTCCAAGGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCATTGTCGGCCTCTGTCTCTGGCTGCCCTCAGCCTCCAAGGAACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAACCATGTGTACACCAGGGCTGCCGTGGCCGCGGATGCCAAGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAACCATGTGTACACCAGGGCTGCCGTGGCCGCGGATGCCAAGCAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGAAGATTGGGAG         GGATGCACTGCGGGACGGTGGCTCTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGAAGATTGGGAGGTG...CAGGGATGCACTGCGGGACGGTGGCTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGGATGCAGCCATTGCAGCCCTGTTGTGTGTGGGGCTCATGAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103722 GGTGGATGCAGCCATTGCAGCCCTGTTGTGTGTGGGGCTCATGAATGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGCATGGGCATCGGGGGTGGCCTCTTCCTCACCATCTACAACAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103772 ACAGCATGGGCATCGGGGGTGGCCTCTTCCTCACCATCTACAACAGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAC         GAAAAGCTGAGGTCATCAACGCCCGCGAGGTGGCCCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103822 ACACGTG...TAGGAAAAGCTGAGGTCATCAACGCCCGCGAGGTGGCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGCTGGCCTTTGCCACCATGTTCAACAGCTCGGAGCAGTCCCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103997 CAGGCTGGCCTTTGCCACCATGTTCAACAGCTCGGAGCAGTCCCAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          GGGGGCTGTCGGTGGCGGTGCCTGGGGAGATCCGAGGCTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104047 GTA...CAGGGGGGCTGTCGGTGGCGGTGCCTGGGGAGATCCGAGGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCTGGCACACCAGCGGCATGGGCGGCTGCCCTGGGCTCGCCTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109288 GAGCTGGCACACCAGCGGCATGGGCGGCTGCCCTGGGCTCGCCTCTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCCAGCATCCAGCTGGCCCGCCAGGGCTTTCCCGTGGGCAAGGGCTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 109338 GCCCAGCATCCAGCTGGCCCGCCAGGGCTTCCCCGTGGGCAAGGGCTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGCAGCCCTGGAAAACAAGCGGACCGTCATCGAGCAGCAGCCTGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109388 CGGCAGCCCTGGAAAACAAGCGGACCGTCATCGAGCAGCAGCCTGTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TG         TGAGGTGTTCTGCCGGGATAGAAAGGTGCTTCGGGAGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109438 TGGTA...CAGTGAGGTGTTCTGCCGGGATAGAAAGGTGCTTCGGGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGAGACTGACCCTGCCGCAGCTGGCTGACACCTACGAGACGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109871 GGAGAGACTGACCCTGCCGCAGCTGGCTGACACCTACGAGACGCTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCGAGGGTGCCCAGGCCTTCTACAACGGCAGCCTCACGGCCCAGATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109921 TCGAGGGTGCCCAGGCCTTCTACAACGGCAGCCTCACGGCCCAGATTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGGACATCCAGGCGGCCG         GGGGCATTGTGACAGCTGAGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109971 AAGGACATCCAGGCGGCCGGTG...CAGGGGGCATTGTGACAGCTGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGAACAACTACCGTGCTGAGCTGATCGAGCACCCGCTGAACATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112048 CCTGAACAACTACCGTGCTGAGCTGATCGAGCACCCGCTGAACATCAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGGAGACGTGGTGCTGTACATGCCCAGTGCGCCGCTCAGCGGGCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112098 TGGGAGACGTGGTGCTGTACATGCCCAGTGCGCCGCTCAGCGGGCCCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGGCCCTCATCCTCAACATCCTCAAAG         GGTACAACTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 112148 CTGGCCCTCATCCTCAACATCCTCAAAGGTG...CAGGGTACAACTTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCGGGAGAGCGTGGAGAGCCCCGAGCAGAAGGGCCTGACGTACCACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112712 CCGGGAGAGCGTGGAGAGCCCCGAGCAGAAGGGCCTGACGTACCACCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCGTAGAGGCTTTCCGGTTTGCCTACGCCAAGAGGACCCTGCTTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112762 TCGTAGAGGCTTTCCGGTTTGCCTACGCCAAGAGGACCCTGCTTGGGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCAAGTTTGTGGATGTGACTGAG         GTGGTCCGCAACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112812 CCCAAGTTTGTGGATGTGACTGAGGTA...CAGGTGGTCCGCAACATGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCCGAGTTCTTCGCTGCCCAGCTCCGGGCCCAGATCTCTGACGACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116368 CTCCGAGTTCTTCGCTGCCCAGCTCCGGGCCCAGATCTCTGACGACACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTCACCCGATCTCCTACTACAAGCCCGAGTTCTACACGCCGGATGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116418 CTCACCCGATCTCCTACTACAAGCCCGAGTTCTACACGCCGGATGACGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCACTGCTCACCTGTCTGTCGTCGCAGAGGACGGCAGTGCTGTGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116468 GGCACTGCTCACCTGTCTGTCGTCGCAGAGGACGGCAGTGCTGTGTCCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CACCAGCACCATCAACCTCTA         CTTTGGCTCCAAGGTCCGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116518 CACCAGCACCATCAACCTCTAGTA...TAGCTTTGGCTCCAAGGTCCGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCCGGTCAGCGGGATCCTGTTCAATAATGAAATGGACGACTTCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116791 CCCCGGTCAGCGGGATCCTGTTCAATAATGAAATGGACGACTTCAGCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCCAGCATCACCAACGAGTTTGGGGTACCCCCCTCACCTGCCAATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116841 CCCAGCATCACCAACGAGTTTGGGGTACCCCCCTCACCTGCCAATTTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCAGCCAG         GGAAGCAGCCGCTCTCGTCCATGTGCCCGACGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116891 CCAGCCAGGTA...CAGGGAAGCAGCCGCTCTCGTCCATGTGCCCGACGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCATGGTGGGCCAGGACGGCCAGGTCCGGATGGTGGTGGGAGCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117033 TCATGGTGGGCCAGGACGGCCAGGTCCGGATGGTGGTGGGAGCTGCTGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGCACACAGATCACCACGGCCACTGCACTG         GCCATCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117083 GGCACACAGATCACCACGGCCACTGCACTGGTA...CAGGCCATCATCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAACCTCTGGTTCGGCTATGACGTGAAGCGGGCCGTGGAGGAGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117205 CAACCTCTGGTTCGGCTATGACGTGAAGCGGGCCGTGGAGGAGCCCCGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGCACAACCAGCTTCTGCCCAACGTCACGACAGTGGAGAGAAACATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117255 TGCACAACCAGCTTCTGCCCAACGTCACGACAGTGGAGAGAAACATTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CAG         GCAGTGACTGCAGCCCTGGAGACCCGGCACCATCACAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117305 CAGGTG...CAGGCAGTGACTGCAGCCCTGGAGACCCGGCACCATCACAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCAGATCGCGTCCACCTTCATCGCTGTGGTGCAAGCCATCGTCCGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117650 CCAGATCGCGTCCACCTTCATCGCTGTGGTGCAAGCCATCGTCCGCACGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CTGGTGGCTGGGCAGCTGCCTCGGACTCCAGGAAAGGCGGGGAGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117700 CTGGTGGCTGGGCAGCTGCCTCGGACTCCAGGAAAGGCGGGGAGCCTGCC

   1800     .
   1702 GGCTAC
        ||||||
 117750 GGCTAC