seq1 = pF1KE0335.tfa, 2742 bp
seq2 = pF1KE0335/gi568815583f_42176350.tfa (gi568815583f:42176350_42452136), 275787 bp

>pF1KE0335 2742
>gi568815583f:42176350_42452136 (Chr15)

1-29  (98133-98161)   100% ->
30-92  (99999-100061)   98% ->
93-201  (102133-102241)   99% ->
202-329  (111342-111469)   99% ->
330-512  (116386-116568)   100% ->
513-558  (121262-121307)   100% ->
559-625  (130197-130263)   100% ->
626-722  (131873-131969)   100% ->
723-903  (133934-134114)   100% ->
904-1057  (134344-134497)   100% ->
1058-1293  (145436-145671)   100% ->
1294-1420  (149949-150075)   100% ->
1421-1500  (151014-151093)   100% ->
1501-1644  (152957-153100)   100% ->
1645-1741  (154227-154323)   100% ->
1742-1843  (162040-162141)   100% ->
1844-2087  (163320-163563)   100% ->
2088-2152  (164341-164405)   100% ->
2153-2229  (166729-166805)   100% ->
2230-2304  (169409-169483)   100% ->
2305-2418  (171754-171867)   100% ->
2419-2531  (173034-173146)   100% ->
2532-2635  (174980-175083)   100% ->
2636-2742  (175681-175787)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCAGCAGTGAAAGAGGAAATAAG         TGTTGAAGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>| ||||||||||
  98133 ATGGAAGCAGCAGTGAAAGAGGAAATAAGGTA...TAGTCTTGAAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCTGTAGATAAAAACATTTTCAGAGACTGTAACAAGATCGCATTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 AGCTGTAGATAAAAACATTTTCAGAGACTGTAACAAGATCGCATTTTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 G         GCGTCAGAAACAGTGGCTTTCCAAGAAGTCCACCTATCGG
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100061 GGTA...TAGGCGTCAGAAACAGTGGCTTTCCAAGAAGTCCACCTATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCATTATTGGATTCAGTCACAACAGATGAAGACAGCACCAGGTTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102173 GCATTATTGGATTCAGTCACAACAGATGAAGACAGCACCAGGTTCCAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCAATGAAGCAAGTAAG         GTTCCTCTCCTGGCTGAAATTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102223 CATCAATGAAGCAAGTAAGGTG...CAGGTTCCTCTCCTGGCTGAAATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGGTATAGAAGGAAACATTTTCAGGCTTAAAATTAACGAAGAGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 111364 ATGGTATAGAAGGAAACATTTTCAGGCTTAAAATTAATGAAGAGACTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTAAAACCCAGATTTGAAGTTCCGGATGTCCTCACAAGCAAGCCAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111414 CTAAAACCCAGATTTGAAGTTCCGGATGTCCTCACAAGCAAGCCAAGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTAAG         GCTGATTTCATGCTCTGGGGACACAGGCAGTCTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111464 TGTAAGGTA...TAGGCTGATTTCATGCTCTGGGGACACAGGCAGTCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TATTGGCAGATGGAAAAGGAGACCTGAAGTGCCATATCACAGCAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116421 TATTGGCAGATGGAAAAGGAGACCTGAAGTGCCATATCACAGCAAACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCAAGGTAGACTTGGTGTCTGAAGAAGAGGTTGTGATTAGCATAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116471 TTCAAGGTAGACTTGGTGTCTGAAGAAGAGGTTGTGATTAGCATAAATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGGCCAATTATACTTTGAGCATCTACAGATTCTTCACAAACAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116521 CCTGGGCCAATTATACTTTGAGCATCTACAGATTCTTCACAAACAAAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513        AGCTGCTAAAGAAAATGAGGAGGAGACATCAGTGGACACCTCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116571 A...CAGAGCTGCTAAAGAAAATGAGGAGGAGACATCAGTGGACACCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAG         GAAAATCAAGAAGATCTGGGCCTGTGGGAAGAGAAATT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121305 CAGGTA...CAGGAAAATCAAGAAGATCTGGGCCTGTGGGAAGAGAAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGGAAAATTTGTGGATATCAAAGCTAATG         GCCCTTCTTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130235 TGGAAAATTTGTGGATATCAAAGCTAATGGTA...CAGGCCCTTCTTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTGGTTTGGATTTCTCCTTGCATGGATTTGAGCATCTTTATGGGATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131885 TTGGTTTGGATTTCTCCTTGCATGGATTTGAGCATCTTTATGGGATCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAACATGCAGAATCACACCAACTTAAAAATACTGG         TGATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 131935 CAACATGCAGAATCACACCAACTTAAAAATACTGGGTA...CAGTGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGATGCTTACCGTCTTTATAACCTGGATGTCTATGGATACCAAATATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133940 AGATGCTTACCGTCTTTATAACCTGGATGTCTATGGATACCAAATATATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATAAAATGGGCATTTATGGTTCAGTACCTTATCTCCTGGCCCACAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133990 ATAAAATGGGCATTTATGGTTCAGTACCTTATCTCCTGGCCCACAAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GGCAGAACTATAGGTATTTTCTGGCTGAATGCCTCGGAAACACTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134040 GGCAGAACTATAGGTATTTTCTGGCTGAATGCCTCGGAAACACTGGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATCAATACAGAGCCTGCAGTAGAG         TACACACTGACCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 134090 GATCAATACAGAGCCTGCAGTAGAGGTG...CAGTACACACTGACCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGGCCCAGTTGCTGCTAAACAAAAGGTCAGATCTCGCACTCATGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134360 TGGGCCCAGTTGCTGCTAAACAAAAGGTCAGATCTCGCACTCATGTGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TGGATGTCAGAGAGTGGCATCATTGATGTTTTTCTGCTGACAGGACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134410 TGGATGTCAGAGAGTGGCATCATTGATGTTTTTCTGCTGACAGGACCTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACCTTCTGATGTCTTCAAACAGTACTCACACCTTACAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134460 ACCTTCTGATGTCTTCAAACAGTACTCACACCTTACAGGTA...TAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CACAAGCCATGCCCCCTCTTTTCTCTTTGGGATACCACCAGTGCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145439 CACAAGCCATGCCCCCTCTTTTCTCTTTGGGATACCACCAGTGCCGCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AACTATGAAGATGAGCAGGATGTAAAAGCAGTGGATGCAGGGTTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145489 AACTATGAAGATGAGCAGGATGTAAAAGCAGTGGATGCAGGGTTTGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCATGACATTCCTTATGATGCCATGTGGCTGGACATAGAGCACACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145539 GCATGACATTCCTTATGATGCCATGTGGCTGGACATAGAGCACACTGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GCAAGAGGTACTTCACCTGGGACAAAAACAGATTCCCAAACCCCAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145589 GCAAGAGGTACTTCACCTGGGACAAAAACAGATTCCCAAACCCCAAGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATGCAAGAGCTGCTCAGGAGCAAAAAGCGTAAG         CTTGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 145639 ATGCAAGAGCTGCTCAGGAGCAAAAAGCGTAAGGTA...CAGCTTGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATCAGTGATCCCCACATCAAGATTGATCCTGACTACTCAGTATATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149957 CATCAGTGATCCCCACATCAAGATTGATCCTGACTACTCAGTATATGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGCCAAAGATCAGGGCTTCTTTGTGAAGAATCAGGAAGGGGAAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150007 AGGCCAAAGATCAGGGCTTCTTTGTGAAGAATCAGGAAGGGGAAGACTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAAGGGGTGTGTTGGCCAG         GTCTCTCCTCTTACCTGGATTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 150057 GAAGGGGTGTGTTGGCCAGGTA...CAGGTCTCTCCTCTTACCTGGATTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CACCAATCCCAAGGTCAGAGAGTGGTATTCAAGTCTTTTTGCTTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151036 CACCAATCCCAAGGTCAGAGAGTGGTATTCAAGTCTTTTTGCTTTCCCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTTATCAG         GGATCTACGGACATCCTCTTCCTTTGGAATGAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 151086 TTTATCAGGTT...TAGGGATCTACGGACATCCTCTTCCTTTGGAATGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATGAATGAGCCTTCTGTCTTTAGAGGGCCAGAGCAAACCATGCAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152990 ATGAATGAGCCTTCTGTCTTTAGAGGGCCAGAGCAAACCATGCAGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGCCATTCATCATGGCAATTGGGAGCACAGAGAGCTCCACAACATCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153040 TGCCATTCATCATGGCAATTGGGAGCACAGAGAGCTCCACAACATCTACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GTTTTTATCAT         CAAATGGCTACTGCAGAAGGACTGATAAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 153090 GTTTTTATCATGTA...TAGCAAATGGCTACTGCAGAAGGACTGATAAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CGATCTAAAGGGAAGGAGAGACCCTTTGTTCTTACACGTTCTTTCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154257 CGATCTAAAGGGAAGGAGAGACCCTTTGTTCTTACACGTTCTTTCTTTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGGATCACAAAAGTATG         GTGCCGTGTGGACAGGCGACAACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 154307 TGGATCACAAAAGTATGGTA...AAGGTGCCGTGTGGACAGGCGACAACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CAGCAGAATGGAGCAACTTGAAAATTTCTATCCCAATGTTACTCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162064 CAGCAGAATGGAGCAACTTGAAAATTTCTATCCCAATGTTACTCACTCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AGCATTACTGGGATCTCTTTTTGCGGAG         CTGACATAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 162114 AGCATTACTGGGATCTCTTTTTGCGGAGGTA...CAGCTGACATAGGCGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GTTCATTGGGAATCCAGAGACAGAGCTGCTAGTGCGTTGGTACCAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163333 GTTCATTGGGAATCCAGAGACAGAGCTGCTAGTGCGTTGGTACCAGGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 GAGCCTACCAGCCCTTCTTCCGTGGCCATGCCACCATGAACACCAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163383 GAGCCTACCAGCCCTTCTTCCGTGGCCATGCCACCATGAACACCAAGCGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CGAGAGCCCTGGCTCTTTGGGGAGGAACACACCCGACTCATCCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163433 CGAGAGCCCTGGCTCTTTGGGGAGGAACACACCCGACTCATCCGAGAAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CATCAGAGAGCGCTATGGCCTCCTGCCATATTGGTATTCTCTGTTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163483 CATCAGAGAGCGCTATGGCCTCCTGCCATATTGGTATTCTCTGTTCTACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 ATGCACACGTGGCTTCCCAACCTGTCATGAG         GCCTCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 163533 ATGCACACGTGGCTTCCCAACCTGTCATGAGGTA...CAGGCCTCTGTGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTAGAGTTCCCTGATGAACTAAAGACTTTTGATATGGAAGATGAATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164351 GTAGAGTTCCCTGATGAACTAAAGACTTTTGATATGGAAGATGAATACAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GCTGG         GGAGTGCATTATTGGTTCATCCAGTCACAGAACCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164401 GCTGGGTG...TAGGGAGTGCATTATTGGTTCATCCAGTCACAGAACCAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AAGCCACCACAGTTGATGTGTTTCTTCCAGGATCAAATGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 166765 AAGCCACCACAGTTGATGTGTTTCTTCCAGGATCAAATGAGGTA...TAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GTCTGGTATGACTATAAGACATTTGCTCATTGGGAAGGAGGGTGTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169409 GTCTGGTATGACTATAAGACATTTGCTCATTGGGAAGGAGGGTGTACTGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 AAAGATCCCAGTAGCCTTGGACACT         ATTCCAGTGTTTCAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 169459 AAAGATCCCAGTAGCCTTGGACACTGTA...CAGATTCCAGTGTTTCAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 GAGGTGGAAGTGTGATACCAATAAAGACAACTGTAGGAAAATCCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171770 GAGGTGGAAGTGTGATACCAATAAAGACAACTGTAGGAAAATCCACAGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 TGGATGACTGAATCCTCCTATGGACTCCGGGTTGCTCTAAGCACTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 171820 TGGATGACTGAATCCTCCTATGGACTCCGGGTTGCTCTAAGCACTAAGGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2419        GGTTCTTCAGTGGGTGAGTTATATCTTGATGATGGCCATTCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171870 A...CAGGGTTCTTCAGTGGGTGAGTTATATCTTGATGATGGCCATTCAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 TCCAATACCTCCACCAGAAGCAATTTTTGCACAGGAAGTTTTCATTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173077 TCCAATACCTCCACCAGAAGCAATTTTTGCACAGGAAGTTTTCATTCTGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 TCCAGTGTTCTGATCAATAG         TTTTGCTGACCAGAGGGGTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 173127 TCCAGTGTTCTGATCAATAGGTA...CAGTTTTGCTGACCAGAGGGGTCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 TTATCCCAGCAAGTGTGTGGTGGAGAAGATCTTGGTCTTAGGCTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175001 TTATCCCAGCAAGTGTGTGGTGGAGAAGATCTTGGTCTTAGGCTTCAGGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 AGGAGCCATCTTCTGTGACTACCCACTCATCTG         ATGGTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 175051 AGGAGCCATCTTCTGTGACTACCCACTCATCTGGTG...TAGATGGTAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GATCAGCCTGTGGCTTTTACGTATTGTGCCAAAACATCCATCCTGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175689 GATCAGCCTGTGGCTTTTACGTATTGTGCCAAAACATCCATCCTGAGCCT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2694 GGAGAAGCTCTCACTCAACATTGCCACTGACTGGGAGGTCCGCATCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175739 GGAGAAGCTCTCACTCAACATTGCCACTGACTGGGAGGTCCGCATCATA