seq1 = pF1KE0331.tfa, 1962 bp
seq2 = pF1KE0331/gi568815584f_39134115.tfa (gi568815584f:39134115_39353246), 219132 bp

>pF1KE0331 1962
>gi568815584f:39134115_39353246 (Chr14)

1-115  (100001-100115)   99% ->
116-249  (102808-102941)   100% ->
250-336  (106447-106533)   100% ->
337-1567  (112797-114027)   99% ->
1568-1786  (118634-118852)   100% ->
1787-1962  (118957-119132)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAATTTGGCGTTCACAGAATCCTTCTTCTGGCTATTTCTCTGAC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAAATTTGGCGTTCACAGAATCCTTCTTCTGGCTATTTCTCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGTGTCTGGAGAGTACAAAACTGCTGGCAGACCTTAAAAAATGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGTGTCTGGAGAGTACAAAACTGCTGGCAGACCTTAAAAAATGTGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTGGAATGTGAAG         CTTTAATAAACAGAGTCTCAGCCATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTGGAATGTGAAGGTA...TAGCTTTAATAAACAGAGTCTCAGCCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGATTATAGAGGACCTGACTGCCGATACCTGAACTTCACTAAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102834 AGAGATTATAGAGGACCTGACTGCCGATACCTGAACTTCACTAAGGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGATATCTGTTTATGTTAAACTTGCAGGAGAAAGGGAAGATTTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102884 AGAGATATCTGTTTATGTTAAACTTGCAGGAGAAAGGGAAGATTTGTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGGAAGT         AAAGGAAAGGAGTTTGGATATTTTCCCAGAGAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102934 CAGGAAGTGTA...CAGAAAGGAAAGGAGTTTGGATATTTTCCCAGAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGTCCAGATTGAAGAGGTGTTCATATCTGAGGAAATTCAGATGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106480 GCAGTCCAGATTGAAGAGGTGTTCATATCTGAGGAAATTCAGATGTCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAA         GAATCTGACTTTCTTTGTCTTCTTGGAGTAAGTTACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106530 GAAAGTG...TAGGAATCTGACTTTCTTTGTCTTCTTGGAGTAAGTTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CATTTGACAATGAAGATAGTGAATTAAACGGTGACTATGGTGAAAATATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 112834 CATTTGACAATGAAGATAGTGAATTAAACGGTGATTATGGTGAAAATATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATCCTTATGAAGAAGATAAAGATGAAAAATCTAGTATATATGAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112884 TATCCTTATGAAGAAGATAAAGATGAAAAATCTAGTATATATGAAAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTTCAGATAGAACCTGGATTTTATGCAACTTATGAAAGTACTTTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112934 TTTTCAGATAGAACCTGGATTTTATGCAACTTATGAAAGTACTTTGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGACCAAGTTCCAGCATTAGAGGCTCCTGAAGATATCGGAAGTACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112984 AAGACCAAGTTCCAGCATTAGAGGCTCCTGAAGATATCGGAAGTACCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAATCAAAAGACTGGGAAGAAGTAGTTGTTGAAAGTATGGAACAGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113034 GAATCAAAAGACTGGGAAGAAGTAGTTGTTGAAAGTATGGAACAGGATCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TATTCCAGAAGTGCATGTCCCACCATCTTCAGCTGTGTCTGGAGTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113084 TATTCCAGAAGTGCATGTCCCACCATCTTCAGCTGTGTCTGGAGTCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATGGTTTGGATTGGGAGGAGAACAAGCTGAAGAGAAGGCTTTTGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113134 AATGGTTTGGATTGGGAGGAGAACAAGCTGAAGAGAAGGCTTTTGAATCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTTATTGAACCTGTACAAGAAAGCTCATTTCGGAGTAGAAAAATAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113184 GTTATTGAACCTGTACAAGAAAGCTCATTTCGGAGTAGAAAAATAGCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAAGATGAGAATGACCTAGAGGAATTAAATAATGGTGAGCCTCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113234 GGAAGATGAGAATGACCTAGAGGAATTAAATAATGGTGAGCCTCAAACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AACATCAGCAAGAATCTGAATCAGAAATTGATTCAGTGCCAAGGACACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 113284 AACATCAGCAAGAATCTGAATCAGAAATTGATTCAGTGCCAAAGACACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCTGAACTAGCATCTGAGTCAGAGCACATTCCCAAACCTCAATCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113334 TCTGAACTAGCATCTGAGTCAGAGCACATTCCCAAACCTCAATCCACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TTGGTTTGGTGGAGGATTTACAAGTTATTCAGGTTTTGGAGATGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 113384 TTGGTTTGGTGGAGGATTTACAAGTTATTTAGGTTTTGGAGATGAGGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CAGGGCTTGAATTAATAGCTGAAGAAAGCAATCCACCACTACAAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113434 CAGGGCTTGAATTAATAGCTGAAGAAAGCAATCCACCACTACAAGATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCCAATTCCATATCATCTGATAAAGAAGCCACAGTTCCATGTACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113484 CCCAATTCCATATCATCTGATAAAGAAGCCACAGTTCCATGTACAGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATTAACAGAAAAAAAAGACACAATCACTAATGATAGCTTGAGTCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113534 ATTAACAGAAAAAAAAGACACAATCACTAATGATAGCTTGAGTCTCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CAAGTTGGTTTGATTTTGGTTTTGCTATACTAGGCTTTGCATATGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113584 CAAGTTGGTTTGATTTTGGTTTTGCTATACTAGGCTTTGCATATGCCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAAGATAAAATTATGTTAGATGACAGGAAAAATGAAGAAGATGGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113634 GAAGATAAAATTATGTTAGATGACAGGAAAAATGAAGAAGATGGTGGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AGATGAACATGAACATCCTCTAACAAGTGAATTAGACCCTGAAAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113684 AGATGAACATGAACATCCTCTAACAAGTGAATTAGACCCTGAAAAAGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAGAAATAGAAACGATAAAAATTATAGAAACAGAAGATCAAATAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113734 AAGAAATAGAAACGATAAAAATTATAGAAACAGAAGATCAAATAGACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AAACCAGTCTCAGAAAAAACAGACGAATCTGATACTATACCATATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113784 AAACCAGTCTCAGAAAAAACAGACGAATCTGATACTATACCATATTTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AAAGTTCTTGTATAATTTTGACAACCCTTGGAACTTCCAGAACATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113834 AAAGTTCTTGTATAATTTTGACAACCCTTGGAACTTCCAGAACATTCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGGAAACAGAATTGCCATTTCCCAAACAGATACTGGATCAAAATAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113884 AGGAAACAGAATTGCCATTTCCCAAACAGATACTGGATCAAAATAATGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ATTGAAAATGAAGAAACTGGAGAATTTTCCATTGATAATTATCCCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113934 ATTGAAAATGAAGAAACTGGAGAATTTTCCATTGATAATTATCCCACAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TAATACAAAAGTTATGATATTCAAAAGTTCATACAGTCTGTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113984 TAATACAAAAGTTATGATATTCAAAAGTTCATACAGTCTGTCAGGTT...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1568    ATATGGTCTCTAACATAGAGTTACCTACGAGAATTCACGAAGAAGTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118631 TAGATATGGTCTCTAACATAGAGTTACCTACGAGAATTCACGAAGAAGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 TATTTTGAACCCTCATCTTCTAAAGATAGTGATGAAAATTCGAAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118681 TATTTTGAACCCTCATCTTCTAAAGATAGTGATGAAAATTCGAAACCATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 AGTAGACACCGAAGGGCCTGCTCTGGTGGAGATAGACAGATCTGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118731 AGTAGACACCGAAGGGCCTGCTCTGGTGGAGATAGACAGATCTGTGGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 ATACCCTGCTAAATAGTCAGATGGTTTCAACTGATAACTCTTTGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118781 ATACCCTGCTAAATAGTCAGATGGTTTCAACTGATAACTCTTTGTCTTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CAAAATTATATTTCTCAGAAAG         AAGATGCTTCTGAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118831 CAAAATTATATTTCTCAGAAAGGTA...CAGAAGATGCTTCTGAGTTTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GATTCTGAAATACTTATTCCAAATTGATGTTTATGATTTCATGAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118976 GATTCTGAAATACTTATTCCAAATTGATGTTTATGATTTCATGAATTCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 CATTTTCACCAATTGTAATTCTTACAGAAAGGGTAAGTTTGCCTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119026 CATTTTCACCAATTGTAATTCTTACAGAAAGGGTAAGTTTGCCTTTTAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CCTTTTGCAATAATTTTACCTATTTTGCTAAATATAAGAGTGGCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 119076 CCTTTTGCAATAATTTTACCTATTTTGCTAAATATAAGAGTGGCTACAAA

   2000     .
   1956 ATATGTT
        |||||||
 119126 ATATGTT