seq1 = pF1KE0325.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KE0325/gi568815595f_50114200.tfa (gi568815595f:50114200_50320174), 205975 bp

>pF1KE0325 1512
>gi568815595f:50114200_50320174 (Chr3)

1-101  (100001-100101)   99% ->
102-183  (100203-100284)   98% ->
184-299  (100454-100569)   100% ->
300-373  (101187-101260)   100% ->
374-466  (101345-101437)   100% ->
467-548  (101541-101622)   100% ->
549-631  (103039-103121)   100% ->
632-690  (103216-103274)   100% ->
691-855  (103477-103641)   100% ->
856-935  (103718-103797)   98% ->
936-1036  (104071-104171)   100% ->
1037-1161  (104394-104518)   100% ->
1162-1306  (104605-104749)   100% ->
1307-1410  (105682-105785)   100% ->
1411-1512  (105874-105975)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCCTCTGCAGACAGAGATGGTGGAGCTGGTGCCCAATGGCAA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGCCTTTGCAGACAGAGATGGTGGAGCTGGTGCCCAATGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACTCAGAGGGGCTGCTCCCGGTCATCACCCCCATGGCAGGCAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACACTCAGAGGGGCTGCTCCCGGTCATCACCCCCATGGCAGGCAACCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         GGTCGAGGGCCCTGCACGGAGCTGTATGGAGGGCAAGAGC
        |>>>...>>>|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTG...CAGGGTCGAGGACCCTGCACGGAGCTGTATGGAGGGCAAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCCTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTGAC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100243 TTCCTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTGACGTG...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  TTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTGTTCAACCTCAGCAATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100453 GTTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTGTTCAACCTCAGCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTATGCCATGGCCAATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100503 CCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTATGCCATGGCCAATACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCATTATCCTTTTCCT         GTTCCTGTTGACAGCTGTCGCCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100553 GGCATTATCCTTTTCCTGTG...CAGGTTCCTGTTGACAGCTGTCGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTCTCCAGCTACTCCATCCACCTGCTACTCAAGTCCTCAGGGGTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101211 GCTCTCCAGCTACTCCATCCACCTGCTACTCAAGTCCTCAGGGGTCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374          GCATCCGTGCCTATGAGCAGCTGGGCTACCGTGCCTTTGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101261 GTG...CAGGCATCCGTGCCTATGAGCAGCTGGGCTACCGTGCCTTTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCCCAGGAAAGCTGGCAGCAGCCCTGGCCATCACGCTCCAGAACATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101386 ACCCCAGGAAAGCTGGCAGCAGCCCTGGCCATCACGCTCCAGAACATCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AG         CCATGTCCAGCTACCTGTACATCATCAAGTCTGAGCTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101436 AGGTA...CAGCCATGTCCAGCTACCTGTACATCATCAAGTCTGAGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CACTTGTCATACAGACCTTCCTGAACCTGGAGGAGAAAACCTC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101580 CACTTGTCATACAGACCTTCCTGAACCTGGAGGAGAAAACCTCGTG...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549   GGACTGGTACATGAACGGGAACTACCTGGTAATCCTTGTCTCTGTCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103037 AGGGACTGGTACATGAACGGGAACTACCTGGTAATCCTTGTCTCTGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATCATTCTGCCCCTGGCACTGATGCGGCAGCTTG         GCTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103087 CATCATTCTGCCCCTGGCACTGATGCGGCAGCTTGGTG...CAGGCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGGCTACTCCAGCGGCTTCTCTCTTAGCTGCATGGTGTTCTTCCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 TGGGCTACTCCAGCGGCTTCTCTCTTAGCTGCATGGTGTTCTTCCTAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCA         GTCATCTACAAAAAGTTCCACGTGCCCTGCCCACTGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103272 GCAGTG...CAGGTCATCTACAAAAAGTTCCACGTGCCCTGCCCACTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCCCAACTTCAACAACACCACAGGCAACTTCAGCCACGTGGAGATCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103515 CCCCAACTTCAACAACACCACAGGCAACTTCAGCCACGTGGAGATCGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGAGAAGGTGCAGCTGCAGGTCGAGCCTGAGGCTTCAGCCTTCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103565 AGGAGAAGGTGCAGCTGCAGGTCGAGCCTGAGGCTTCAGCCTTCTGCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCCAGCTACTTCACGCTCAACTCACAG         ACAGCATACACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103615 CCCAGCTACTTCACGCTCAACTCACAGGTT...CAGACAGCATACACCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCCCATCATGGCCTTCGCCTTCGTCTGCCACCCCGAGGTGCTGCCCATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 103732 CCCCATCATGGCCTTCGCCTTCGTCTGCCACCCCGAGGTGCTGCCCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATACTGAGCTCAAGGA         CCCCTCCAAGAAGAAGATGCAGCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103782 ATACTGAGCTCAAGGAGTA...CAGCCCCTCCAAGAAGAAGATGCAGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ATCTCCAACCTGTCCATCGCTGTCATGTACATCATGTACTTCCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104096 ATCTCCAACCTGTCCATCGCTGTCATGTACATCATGTACTTCCTGGCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCTCTTCGGCTACCTCACCTTCTACA         ACGGGGTGGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104146 CCTCTTCGGCTACCTCACCTTCTACAGTA...CAGACGGGGTGGAGTCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGCTGCTGCACACCTACAGCAAGGTGGACCCGTTTGACGTCCTGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104409 AGCTGCTGCACACCTACAGCAAGGTGGACCCGTTTGACGTCCTGATCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TGTGTGCGCGTGGCCGTGCTGACAGCAGTCACGCTCACAGTGCCCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104459 TGTGTGCGCGTGGCCGTGCTGACAGCAGTCACGCTCACAGTGCCCATCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCTGTTCCCG         GTGCGCCGCGCCATCCAGCAGATGCTGTTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104509 TCTGTTCCCGGTG...CAGGTGCGCCGCGCCATCCAGCAGATGCTGTTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CAAACCAGGAGTTCAGCTGGCTGCGGCATGTGCTTATTGCCGTTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104636 CAAACCAGGAGTTCAGCTGGCTGCGGCATGTGCTTATTGCCGTTGGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CTCACTTGTATCAACCTGCTGGTCATCTTTGCCCCCAACATCCTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104686 CTCACTTGTATCAACCTGCTGGTCATCTTTGCCCCCAACATCCTGGGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTTTGGGGTCATCG         GTGCCACATCTGCCCCATTCCTCATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104736 CTTTGGGGTCATCGGTG...CAGGTGCCACATCTGCCCCATTCCTCATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TCATCTTCCCTGCCATCTTCTACTTCCGAATCATGCCCACGGAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105709 TCATCTTCCCTGCCATCTTCTACTTCCGAATCATGCCCACGGAGAAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CCTGCAAGATCCACCCCCAAAATCCTG         GCCCTGTGTTTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105759 CCTGCAAGATCCACCCCCAAAATCCTGGTG...CAGGCCCTGTGTTTTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TATGCTTGGCTTCTTGCTGATGACCATGAGCTTGAGCTTCATCATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105888 TATGCTTGGCTTCTTGCTGATGACCATGAGCTTGAGCTTCATCATCATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1475 ACTGGGCCTCAGGGACCAGCCGGCATGGAGGAAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105938 ACTGGGCCTCAGGGACCAGCCGGCATGGAGGAAACCAC