seq1 = pF1KE0305.tfa, 1956 bp
seq2 = pF1KE0305/gi568815578r_22984259.tfa (gi568815578r:22984259_23186151), 201893 bp

>pF1KE0305 1956
>gi568815578r:22984259_23186151 (Chr20)

(complement)

1-1934  (99960-101893)   99% ->
1935-1956  (102178-102199)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCTCCATGGGCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99960 ATGGCCACCTCCATGGGCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGGGGCGGGGACGGGAGCTGACACGGAGGCGGTGGTCTGCGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 GCCCGGGGCGGGGACGGGAGCTGACACGGAGGCGGTGGTCTGCGTGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCTGCTACACGGCCCACTCGGGCAAGCTGAGCGCTGCCGAGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 CCGCCTGCTACACGGCCCACTCGGGCAAGCTGAGCGCTGCCGAGGCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCACTGCAACCAGAACGGGGGCAACCTGGCCACTGTGAAGAGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 AACCACTGCAACCAGAACGGGGGCAACCTGGCCACTGTGAAGAGCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGGCCCAGCACGTCCAGCGAGTACTGGCCCAGCTCCTGAGGCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100160 GGAGGCCCAGCACGTCCAGCGAGTACTGGCCCAGCTCCTGAGGCGGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCCCTGACGGCGAGGATGAGCAAGTTCTGGATTGGGCTCCAGCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100210 CAGCCCTGACGGCGAGGATGAGCAAGTTCTGGATTGGGCTCCAGCGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGGCAAGTGCCTGGACCCTAGTCTGCCGCTGAAGGGCTTCAGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100260 AAGGGCAAGTGCCTGGACCCTAGTCTGCCGCTGAAGGGCTTCAGCTGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCGGGGGGGAGGACACGCCTTACTCTAACTGGCACAAGGAGCTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100310 GGGCGGGGGGGAGGACACGCCTTACTCTAACTGGCACAAGGAGCTCCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTCGTGCATCTCCAAGCGCTGTGTGTCTCTGCTGCTGGACCTGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100360 ACTCGTGCATCTCCAAGCGCTGTGTGTCTCTGCTGCTGGACCTGTCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGCTCCTTCCCAGCCGCCTCCCCAAGTGGTCTGAGGGCCCCTGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100410 CCGCTCCTTCCCAGCCGCCTCCCCAAGTGGTCTGAGGGCCCCTGTGGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCAGGCTCCCCCGGAAGTAACATTGAGGGCTTCGTGTGCAAGTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100460 CCCAGGCTCCCCCGGAAGTAACATTGAGGGCTTCGTGTGCAAGTTCAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCAAAGGCATGTGCCGGCCTCTGGCCCTGGGGGGCCCAGGTCAGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100510 TCAAAGGCATGTGCCGGCCTCTGGCCCTGGGGGGCCCAGGTCAGGTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACACCACCCCCTTCCAGACCACCAGTTCCTCCTTGGAGGCTGTGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100560 TACACCACCCCCTTCCAGACCACCAGTTCCTCCTTGGAGGCTGTGCCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCCTCTGCGGCCAATGTAGCCTGTGGGGAAGGTGACAAGGACGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100610 TGCCTCTGCGGCCAATGTAGCCTGTGGGGAAGGTGACAAGGACGAGACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGAGTCATTATTTCCTGTGCAAGGAGAAGGCCCCCGATGTGTTCGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 AGAGTCATTATTTCCTGTGCAAGGAGAAGGCCCCCGATGTGTTCGACTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCAGCTCGGGCCCCCTCTGTGTCAGCCCCAAGTATGGCTGCAACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100710 GGCAGCTCGGGCCCCCTCTGTGTCAGCCCCAAGTATGGCTGCAACTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAATGGGGGCTGCCACCAGGACTGCTTTGAAGGGGGGGATGGCTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100760 CAATGGGGGCTGCCACCAGGACTGCTTTGAAGGGGGGGATGGCTCCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTGCGGCTGCCGACCAGGATTCCGGCTGCTGGATGACCTGGTGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100810 TCTGCGGCTGCCGACCAGGATTCCGGCTGCTGGATGACCTGGTGACCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCTCTCGAAACCCTTGCAGCTCCAGCCCATGTCGTGGGGGGGCCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100860 GCCTCTCGAAACCCTTGCAGCTCCAGCCCATGTCGTGGGGGGGCCACGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGTCCTGGGACCCCATGGGAAAAACTACACGTGCCGCTGCCCCCAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100910 CGTCCTGGGACCCCATGGGAAAAACTACACGTGCCGCTGCCCCCAAGGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCAGCTGGACTCGAGTCAGCTGGACTGTGTGGACGTGGATGAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100960 ACCAGCTGGACTCGAGTCAGCTGGACTGTGTGGACGTGGATGAATGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GACTCCCCCTGTGCCCAGGAGTGTGTCAACACCCCTGGGGGCTTCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101010 GACTCCCCCTGTGCCCAGGAGTGTGTCAACACCCCTGGGGGCTTCCGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGAATGCTGGGTTGGCTATGAGCCGGGCGGTCCTGGAGAGGGGGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101060 CGAATGCTGGGTTGGCTATGAGCCGGGCGGTCCTGGAGAGGGGGCCTGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGGATGTGGATGAGTGTGCTCTGGGTCGCTCGCCTTGCGCCCAGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101110 AGGATGTGGATGAGTGTGCTCTGGGTCGCTCGCCTTGCGCCCAGGGCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACCAACACAGATGGCTCATTTCACTGCTCCTGTGAGGAGGGCTACGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101160 ACCAACACAGATGGCTCATTTCACTGCTCCTGTGAGGAGGGCTACGTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GGCCGGGGAGGACGGGACTCAGTGCCAGGACGTGGATGAGTGTGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101210 GGCCGGGGAGGACGGGACTCAGTGCCAGGACGTGGATGAGTGTGTGGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CGGGGGGCCCCCTCTGCGACAGCTTGTGCTTCAACACACAAGGGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101260 CGGGGGGCCCCCTCTGCGACAGCTTGTGCTTCAACACACAAGGGTCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CACTGTGGCTGCCTGCCAGGCTGGGTGCTGGCCCCAAATGGGGTCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101310 CACTGTGGCTGCCTGCCAGGCTGGGTGCTGGCCCCAAATGGGGTCTCTTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CACCATGGGGCCTGTGTCTCTGGGACCACCATCTGGGCCCCCCGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101360 CACCATGGGGCCTGTGTCTCTGGGACCACCATCTGGGCCCCCCGATGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGGACAAAGGAGAGAAAGAAGGGAGCACCGTGCCCCGTGCTGCAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101410 AGGACAAAGGAGAGAAAGAAGGGAGCACCGTGCCCCGTGCTGCAACAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AGTCCCACAAGGGGCCCCGAGGGCACCCTCAAGGCTACACCCACCACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 101460 AGTCCCACAAGGGGCCCCGAGGGCACCCCCAAGGCTACACCCACCACAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TAGACCTTCGCTGTCATCTGACGCCCCCATCACATCTGCCCCACTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101510 TAGACCTTCGCTGTCATCTGACGCCCCCATCACATCTGCCCCACTCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TGCTGGCCCCCAGTGGGTCCCCAGGCGTCTGGAGGGAGCCCAGCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101560 TGCTGGCCCCCAGTGGGTCCCCAGGCGTCTGGAGGGAGCCCAGCATCCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CACGCCACAGCTGCCTCTGGCCCCCAGGAGCCTGCAGGTGGGGACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101610 CACGCCACAGCTGCCTCTGGCCCCCAGGAGCCTGCAGGTGGGGACTCCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CGTGGCCACACAAAACAACGATGGCACTGACGGGCAAAAGCTGCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101660 CGTGGCCACACAAAACAACGATGGCACTGACGGGCAAAAGCTGCTTTTAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 TCTACATCCTAGGCACCGTGGTGGCCATCCTACTCCTGCTGGCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101710 TCTACATCCTAGGCACCGTGGTGGCCATCCTACTCCTGCTGGCCCTGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CTGGGGCTACTGGTCTATCGCAAGCGGAGAGCGAAGAGGGAGGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101760 CTGGGGCTACTGGTCTATCGCAAGCGGAGAGCGAAGAGGGAGGAGAAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GGAGAAGAAGCCCCAGAATGCGGCAGACAGTTACTCCTGGGTTCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101810 GGAGAAGAAGCCCCAGAATGCGGCAGACAGTTACTCCTGGGTTCCAGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 GAGCTGAGAGCAGGGCCATGGAGAACCAGTACAG         TCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101860 GAGCTGAGAGCAGGGCCATGGAGAACCAGTACAGGTA...TAGTCCGACA

   1950     .    :    .
   1942 CCTGGGACAGACTGC
        |||||||||||||||
 102185 CCTGGGACAGACTGC