seq1 = pF1KE0302.tfa, 1428 bp
seq2 = pF1KE0302/gi568815593f_151358793.tfa (gi568815593f:151358793_151588251), 229459 bp

>pF1KE0302 1428
>gi568815593f:151358793_151588251 (Chr5)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-234  (104761-104851)   100% ->
235-323  (105722-105810)   100% ->
324-419  (106282-106377)   100% ->
420-504  (108407-108491)   100% ->
505-723  (108915-109133)   99% ->
724-822  (114881-114979)   100% ->
823-989  (117798-117964)   100% ->
990-1159  (120528-120697)   100% ->
1160-1428  (129191-129459)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACGCAGAGACTTCGGAATGAAGACTACCACGACTACAGCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACGCAGAGACTTCGGAATGAAGACTACCACGACTACAGCTCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGTGAGCCCTGAGGAGAGCCCGTCGGAAGGCCTCAACAACCTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGTGAGCCCTGAGGAGAGCCCGTCGGAAGGCCTCAACAACCTCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCGGGCTCCTACCAGCGCTTTGGTCAAAGCAATAGCACAAC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 CCCCGGGCTCCTACCAGCGCTTTGGTCAAAGCAATAGCACAACGTG...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   ATGGTTCCAGACCTTGATCCACCTGTTAAAAGGCAACATTGGCACAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104759 AGATGGTTCCAGACCTTGATCCACCTGTTAAAAGGCAACATTGGCACAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTCCTGGGACTCCCTCTGGCGGTGAAAAATGCAGGCATCGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104809 ACTCCTGGGACTCCCTCTGGCGGTGAAAAATGCAGGCATCGTGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    235   ATGGGTCCCATCAGCCTGCTGATCATAGGCATCGTGGCCGTGCACTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105720 AGATGGGTCCCATCAGCCTGCTGATCATAGGCATCGTGGCCGTGCACTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGGTATCCTGGTGAAATGTGCTCACCACTTCTGCCGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105770 ATGGGTATCCTGGTGAAATGTGCTCACCACTTCTGCCGCAGGTG...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGAATAAATCCTTTGTGGATTATGGTGATACTGTGATGTATGGACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106282 GCTGAATAAATCCTTTGTGGATTATGGTGATACTGTGATGTATGGACTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATCCAGCCCCTGCTCCTGGCTCCGGAACCACGCACACTGGGGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106332 AATCCAGCCCCTGCTCCTGGCTCCGGAACCACGCACACTGGGGAAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420      ACGTGTTGTGGACTTCTTCCTGATTGTCACCCAGCTGGGATTCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106382 ..CAGACGTGTTGTGGACTTCTTCCTGATTGTCACCCAGCTGGGATTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGTGTCTATTTTGTGTTTCTGGCTGACAACTTTAAACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108452 CTGTGTCTATTTTGTGTTTCTGGCTGACAACTTTAAACAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATAGAAGCGGCCAATGGGACCACCAATAACTGCCACAACAATGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108916 TGATAGAAGCGGCCAATGGGACCACCAATAACTGCCACAACAATGAGACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGATTCTGACGCCTACCATGGACTCGCGACTCTACATGCTCTCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108966 GTGATTCTGACGCCTACCATGGACTCGCGACTCTACATGCTCTCCTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCCTTCCTGGTGCTGCTGGTTTTCATCAGGAACCTCCGAGCCCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109016 GCCCTTCCTGGTGCTGCTGGTTTTCATCAGGAACCTCCGAGCCCTGTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTTCTCCCTGTTGGCCAACATCACCATGCTGGCCAGCTTGGTCATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 109066 TCTTCTCCCTGTTGGCCAACATCACCATGCTGGTCAGCTTGGTCATGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACCAGTTCATTGTTCAG         AGGATCCCAGACCCCAGCCACCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109116 TACCAGTTCATTGTTCAGGTA...CAGAGGATCCCAGACCCCAGCCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCCTTGGTGGCCCCTTGGAAGACCTACCCTCTCTTCTTTGGCACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114904 CCCCTTGGTGGCCCCTTGGAAGACCTACCCTCTCTTCTTTGGCACAGCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTTTTCATTTGAAGGCATTGGAATG         GTTCTGCCCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114954 TTTTTTCATTTGAAGGCATTGGAATGGTA...TAGGTTCTGCCCCTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACAAAATGAAGGATCCTCGGAAGTTCCCACTCATCCTGTACCTGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117813 AACAAAATGAAGGATCCTCGGAAGTTCCCACTCATCCTGTACCTGGGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTCATCGTCACCATCCTCTACATCAGCCTGGGGTGTCTGGGGTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117863 GGTCATCGTCACCATCCTCTACATCAGCCTGGGGTGTCTGGGGTACCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATTTGGAGCTAATATCCAAGGCAGCATAACCCTCAACCTGCCCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117913 AATTTGGAGCTAATATCCAAGGCAGCATAACCCTCAACCTGCCCAACTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TG         GTTGTACCAGTCAGTTAAGCTGCTGTACTCCATCGGGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117963 TGGTA...CAGGTTGTACCAGTCAGTTAAGCTGCTGTACTCCATCGGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTTTTCACCTACGCACTCCAGTTCTACGTCCCGGCTGAGATCATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120567 CTTTTTCACCTACGCACTCCAGTTCTACGTCCCGGCTGAGATCATCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCTTCTTTGTGTCCCGAGCGCCCGAGCACTGTGAGTTAGTGGTGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120617 CCTTCTTTGTGTCCCGAGCGCCCGAGCACTGTGAGTTAGTGGTGGACCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTTGTGCGCACAGTGCTGGTCTGCCTGACAT         GCATCTTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120667 TTTGTGCGCACAGTGCTGGTCTGCCTGACATGTG...CAGGCATCTTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATCCTCATCCCCCGCCTGGACCTGGTCATCTCCCTGGTGGGCTCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129201 CATCCTCATCCCCCGCCTGGACCTGGTCATCTCCCTGGTGGGCTCCGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCAGCAGCGCCCTGGCCCTCATCATCCCACCGCTCCTGGAGGTCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129251 GCAGCAGCGCCCTGGCCCTCATCATCCCACCGCTCCTGGAGGTCACCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTCTACTCAGAGGGCATGAGCCCCCTCACCATCTTTAAGGACGCCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129301 TTCTACTCAGAGGGCATGAGCCCCCTCACCATCTTTAAGGACGCCCTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGCATCCTGGGCTTCGTGGGCTTTGTGGTGGGGACCTATGAGGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129351 CAGCATCCTGGGCTTCGTGGGCTTTGTGGTGGGGACCTATGAGGCTCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGAGCTGATCCAGCCAAGCAATGCTCCCATCTTCATCAATTCCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129401 ATGAGCTGATCCAGCCAAGCAATGCTCCCATCTTCATCAATTCCACCTGT

   1500     .
   1420 GCCTTCATA
        |||||||||
 129451 GCCTTCATA