seq1 = pF1KE0282.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KE0282/gi568815581f_50619733.tfa (gi568815581f:50619733_50850658), 230926 bp

>pF1KE0282 1296
>gi568815581f:50619733_50850658 (Chr17)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-166  (117228-117294)   100% ->
167-206  (120574-120613)   100% ->
207-351  (121370-121514)   100% ->
352-426  (121925-121999)   100% ->
427-531  (123974-124078)   100% ->
532-693  (124920-125081)   100% ->
694-977  (125988-126271)   100% ->
978-1138  (126810-126970)   100% ->
1139-1296  (130769-130926)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTCGGCCGCGCAGTTGTTGGATGAGTTAATGGGCCGGGACCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTCGGCCGCGCAGTTGTTGGATGAGTTAATGGGCCGGGACCGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTAGCCCCGGACGAGAAGCGCAGCAACGTGCGGTGGGACCACGAGAGC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CCTAGCCCCGGACGAGAAGCGCAGCAACGTGCGGTGGGACCACGAGAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GTTTGTAAATATTATCTCTGTGGTTTTTGTCCTGCGGAATTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...TAGGTTTGTAAATATTATCTCTGTGGTTTTTGTCCTGCGGAATTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACAAATACACGTTCTGATCTTG         GTCCGTGTGAAAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 117270 TTCACAAATACACGTTCTGATCTTGGTA...CAGGTCCGTGTGAAAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCATGATGAAAATCTACGAAAACA         GTATGAGAAGAGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120590 TCATGATGAAAATCTACGAAAACAGTA...CAGGTATGAGAAGAGCTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTTTCATGAAAGTTGGCTATGAGAGAGATTTTTTGCGATACTTACAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121387 GTTTCATGAAAGTTGGCTATGAGAGAGATTTTTTGCGATACTTACAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTACTTGCAGAAGTAGAACGTAGGATCAGACGAGGCCATGCTCGTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121437 TTACTTGCAGAAGTAGAACGTAGGATCAGACGAGGCCATGCTCGTTTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTATCTCAAAACCAGCAGTCTTCTGGG         GCCGCTGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121487 ATTATCTCAAAACCAGCAGTCTTCTGGGGTA...TAGGCCGCTGGCCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGGCAAAAATGAAGAAAAAATTCAGGTTCTAACAGACAAAATTGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121938 CAGGCAAAAATGAAGAAAAAATTCAGGTTCTAACAGACAAAATTGATGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTCTGCAACAG         ATTGAAGAATTAGGGTCTGAAGGAAAAGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 121988 CTTCTGCAACAGGTG...AAGATTGAAGAATTAGGGTCTGAAGGAAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGAAGAAGCCCAGGGGATGATGAAATTAGTTGAGCAATTAAAAGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124003 AGAAGAAGCCCAGGGGATGATGAAATTAGTTGAGCAATTAAAAGAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGAACTGCTAAGGTCCACAACGTCG         ACAATTGAAAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124053 GAGAACTGCTAAGGTCCACAACGTCGGTG...TAGACAATTGAAAGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCTGCACAAGAAAAACAAATGGAAGTTTGTGAAGTATGTGGAGCCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124935 GCTGCACAAGAAAAACAAATGGAAGTTTGTGAAGTATGTGGAGCCTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AATAGTAGGAGATGCCCAGTCCCGGGTAGATGACCATTTGATGGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124985 AATAGTAGGAGATGCCCAGTCCCGGGTAGATGACCATTTGATGGGAAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACACATGGGCTATGCCAAAATTAAAGCTACTGTAGAAGAATTAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 125035 AACACATGGGCTATGCCAAAATTAAAGCTACTGTAGAAGAATTAAAAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694       GAAAAGTTAAGGAAAAGAACCGAAGAACCTGATCGTGATGAGCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125085 ...TAGGAAAAGTTAAGGAAAAGAACCGAAGAACCTGATCGTGATGAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCTAAAAAAGGAGAAGCAAGAAAGAGAAGAAAGAGAAAAAGAACGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126032 TCTAAAAAAGGAGAAGCAAGAAAGAGAAGAAAGAGAAAAAGAACGGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGAAAGGGAAGAAAGAGAAAGGAAAAGACGAAGGGAAGAGGAAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126082 GAGAAAGGGAAGAAAGAGAAAGGAAAAGACGAAGGGAAGAGGAAGAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAAAAAGAAAGGGCTCGTGACAGAGAAAGAAGAAAGAGAAGTCGTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126132 GAAAAAGAAAGGGCTCGTGACAGAGAAAGAAGAAAGAGAAGTCGTTCACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAGTAGACACTCAAGCCGAACATCAGACAGAAGATGCAGCAGGTCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126182 AAGTAGACACTCAAGCCGAACATCAGACAGAAGATGCAGCAGGTCTCGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCACAAAAGGTCACGAAGTAGAGAAAGAAGGCGGAGCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 126232 ACCACAAAAGGTCACGAAGTAGAGAAAGAAGGCGGAGCAGGTA...AAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTAGAGATCGACGAAGAAGCAGAAGCCATGATCGATCAGAAAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126811 AGTAGAGATCGACGAAGAAGCAGAAGCCATGATCGATCAGAAAGAAAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAGATCTCGAAGTCGGGATCGAAGAAGATCAAAAAGCCGGGATCGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126861 CAGATCTCGAAGTCGGGATCGAAGAAGATCAAAAAGCCGGGATCGAAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CATATAAGCACAGGAGCAAAAGTCGGGACAGAGAACAAGATAGAAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126911 CATATAAGCACAGGAGCAAAAGTCGGGACAGAGAACAAGATAGAAAATCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGGAGAAAG         AAAAGAGGGGATCTGATGATAAAAAAAGTAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126961 AAGGAGAAAGGTT...CAGAAAAGAGGGGATCTGATGATAAAAAAAGTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGTGAAGTCCGGTAGTCGAGAAAAGCAGAGTGAAGACACAAACACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130800 TGTGAAGTCCGGTAGTCGAGAAAAGCAGAGTGAAGACACAAACACTGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CGAAGGAAAGTGATACTAAGAATGAGGTCAATGGGACCAGTGAAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130850 CGAAGGAAAGTGATACTAAGAATGAGGTCAATGGGACCAGTGAAGACATT

   1350     .    :    .    :    .
   1270 AAATCTGAAGGTGACACTCAGTCCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||
 130900 AAATCTGAAGGTGACACTCAGTCCAAT