seq1 = pF1KE0269.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KE0269/gi568815576f_35617872.tfa (gi568815576f:35617872_35828895), 211024 bp

>pF1KE0269 1299
>gi568815576f:35617872_35828895 (Chr22)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-142  (102697-102783)   100% ->
143-1126  (108340-109323)   100% ->
1127-1299  (110852-111024)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCATGTGGCAAACAAGGAAATTTGCAAGTTCCCGGTTCCAAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCATGTGGCAAACAAGGAAATTTGCAAGTTCCCGGTTCCAAGGTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCTG         GCTTGGGAGAAGGTTGTAAAGAAATGTGGCTTCGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCTGGTA...CAGGCTTGGGAGAAGGTTGTAAAGAAATGTGGCTTCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTAATCTACGGAGGTGAGGTCTGGGGGAAGTCCCCAGAACCTGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102733 AGGTAATCTACGGAGGTGAGGTCTGGGGGAAGTCCCCAGAACCTGAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 C         CCTCACTCGTGAACCTGTGCCAGAGTTGGAAAATTAACAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102783 CGTG...TAGCCTCACTCGTGAACCTGTGCCAGAGTTGGAAAATTAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTGATGTCAACTGTCCACAGTGATGAGGCTGGTATGCTGTCCTACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108380 TTTGATGTCAACTGTCCACAGTGATGAGGCTGGTATGCTGTCCTACTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTTTGAAGAGCTGATGCGATGTGACAAAGATTCCATGCCAGATGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108430 TGTTTGAAGAGCTGATGCGATGTGACAAAGATTCCATGCCAGATGGAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGTCAGAGGAGGAAAAATTGTTTCTCTCATATTTTCCTTTGCACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108480 CTGTCAGAGGAGGAAAAATTGTTTCTCTCATATTTTCCTTTGCACAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGCTAGAACAGAACATCAAAGAACTTAACACCCTTGCGGACCAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108530 TGAGCTAGAACAGAACATCAAAGAACTTAACACCCTTGCGGACCAAGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACACCACTCACGAGTTGCTTACCAAGACCAGCCTGGTGGCCAGCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 ACACCACTCACGAGTTGCTTACCAAGACCAGCCTGGTGGCCAGCTCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGCTGTTTCTGGGGTCATGAACATCCTGGGTTTGGCCCTAGCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 GGGGCTGTTTCTGGGGTCATGAACATCCTGGGTTTGGCCCTAGCACCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACAGCAGGAGGCAGTCTCATGCTCTCAGCAACTGGGACAGGGTTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 GACAGCAGGAGGCAGTCTCATGCTCTCAGCAACTGGGACAGGGTTGGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGCAGCTGCCATCACCAACATAGTAACAAATGTCTTAGAAAATAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108730 CAGCAGCTGCCATCACCAACATAGTAACAAATGTCTTAGAAAATAGAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATTCAGCAGCAAGAGACAAAGCCAGCCGACTGGGGCCTCTGACAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108780 AATTCAGCAGCAAGAGACAAAGCCAGCCGACTGGGGCCTCTGACAACATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACATGAGGCTTTCGGAGGAATAAATTGGTCTGAAATCGAGGCTGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108830 ACATGAGGCTTTCGGAGGAATAAATTGGTCTGAAATCGAGGCTGCTGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTTGTGTTAATAAGTGTGTAAAAGCTATCCAGGGCATCAAGGATCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108880 TTTGTGTTAATAAGTGTGTAAAAGCTATCCAGGGCATCAAGGATCTTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCTACCAGATGGCCAAATCCAACTCTGGCTTCATGGCTATGGTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108930 GCCTACCAGATGGCCAAATCCAACTCTGGCTTCATGGCTATGGTCAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTTTGTGGCCAAGAGACACATCCCTTTCTGGACGGCTAGAGGGGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108980 TTTTGTGGCCAAGAGACACATCCCTTTCTGGACGGCTAGAGGGGTGCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GAGCCTTTGAGGGCACAACTCTGGCCATGACCAATGGTGCCTGGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109030 GAGCCTTTGAGGGCACAACTCTGGCCATGACCAATGGTGCCTGGGTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGTGCTGCTGGGGCTGGCTTCTTACTTATGAAAGACATGAGCAGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109080 GGTGCTGCTGGGGCTGGCTTCTTACTTATGAAAGACATGAGCAGCTTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCAGAGCTGGAAGCACCTGGAGGATGGGGCAAGGACGGAGACAGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109130 GCAGAGCTGGAAGCACCTGGAGGATGGGGCAAGGACGGAGACAGCAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AACTGAGAGCACTTGCTAAGAAGCTGGAGCAGGAGCTGGACCGGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109180 AACTGAGAGCACTTGCTAAGAAGCTGGAGCAGGAGCTGGACCGGCTCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAGCACCACCGGCACCTGCCGCAGAAGGCGAGCCAGACCTGTTCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109230 CAGCACCACCGGCACCTGCCGCAGAAGGCGAGCCAGACCTGTTCCAGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCGGGGCAGGGCTGTTCGAGGATCCCGTGTGGTTAAACCAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109280 CCGGGGCAGGGCTGTTCGAGGATCCCGTGTGGTTAAACCAGAAGGTA...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127    GGTCTCGCTCACCTCTCCCCTGGCCTGTTGTGGAGCACCAGCCTAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110849 CAGGGTCTCGCTCACCTCTCCCCTGGCCTGTTGTGGAGCACCAGCCTAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTGGGCCCTGGCGTGGCACTGAGGACACCAAAGAGGACAGTCTCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110899 CTGGGCCCTGGCGTGGCACTGAGGACACCAAAGAGGACAGTCTCTGCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AAGGATGCTTGGCCACCAGCCAGCCCCACCAGCACCAGCAAGAAAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110949 AAGGATGCTTGGCCACCAGCCAGCCCCACCAGCACCAGCAAGAAAGGGGA

   1300     .    :    .    :    .
   1274 GACAGGCCCCGGGAAGACACCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 110999 GACAGGCCCCGGGAAGACACCGACAA