seq1 = pF1KE0265.tfa, 390 bp
seq2 = pF1KE0265/gi568815597f_149851504.tfa (gi568815597f:149851504_149987318), 135815 bp

>pF1KE0265 390
>gi568815597f:149851504_149987318 (Chr1)

1-362  (35472-35833)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGTCGTGGCAAGCAAGGAGGCAAGGCCCGCGCCAAGGCCAAGTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  35472 ATGTCTGGTCGTGGCAAACAAGGAGGCAAGGCCCGCGCCAAGGCCAAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCTCGTCCCGCGCTGGCCTTCAGTTCCCGGTAGGGCGAGTGCATCGCT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
  35522 GCGCTCGTCCCGCGCTGGCCTCCAGTTCCCGGTAGGGCGAGTGCACCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCGCAAAGGCAACTACGCGGAGCGAGTGGGGGCCGGCGCGCCCGTC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  35572 TGCTGCGCAAAGGCAACTACGCGGAGCGGGTGGGGGCCGGCGCGCCCGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACATGGCTGCGGTCCTCGAGTATCTGACCGCCGAGATCCTGGAGCTGGC
        |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  35622 TACATGGCGGCGGTCCTCGAGTACCTGACCGCCGAGATCCTGGAGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCAACGCGGCTCGGGACAACAAGAAGACGCGCATCATCCCTCGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35672 GGGCAACGCGGCTCGGGACAACAAGAAGACGCGCATCATCCCTCGTCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCAGCTGGCCATCCGCAACGACGAGGAACTGAACAAGCTGCTGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  35722 TCCAGCTGGCCATCCGCAACGACGAGGAACTGAACAAGCTGCTGGGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCACCATCGCCCAGGGCGGCGTCTTGCCTAACATCCAGGCCGTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |
  35772 GTCACCATCGCCCAGGGCGGCGTTTTGCCTAACATCCAGGCCGTTCTGTT

    350     .    :
    351 CCCTAAGAAGAC
         || ||||| ||
  35822 ACCAAAGAAAAC