seq1 = pF1KE0243.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KE0243/gi568815587f_61231529.tfa (gi568815587f:61231529_61351278), 119750 bp

>pF1KE0243 1164
>gi568815587f:61231529_61351278 (Chr11)

1-56  (9699-9754)   100% ->
57-219  (10241-10403)   100% ->
220-337  (12637-12754)   100% ->
338-456  (13624-13742)   100% ->
457-656  (14418-14617)   100% ->
657-773  (16891-17007)   99% ->
774-918  (18141-18285)   98% ->
919-1017  (18388-18486)   100% ->
1018-1164  (19604-19750)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTGGCTGCTGCTGCTGGGTCTGGTGGCGCTCTCTGAGTGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9699 ATGAAGTGGCTGCTGCTGCTGGGTCTGGTGGCGCTCTCTGAGTGCATCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACAA         GGTCCCCCTCATCAGAAAGAAGTCCTTGAGGCGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
   9749 GTACAAGTG...CAGGGTCCCCCTCATCAGAAAGAAGTCCTTGAGGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGTCCGAGCGTGGCCTGCTGAAGGACTTCCTGAAGAAGCACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  10276 CCCTGTCCGAGCGTGGCCTGCTGAAGGACTTCCTGAAGAAGCACAACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCCAGCCAGAAAGTACTTCCCCCAGTGGGAGGCTCCCACCCTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  10326 AACCCAGCCAGAAAGTACTTCCCCCAGTGGGAGGCTCCCACCCTGGTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAACAGCCCCTGGAGAACTACCTGGAT         ATGGAGTACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  10376 TGAACAGCCCCTGGAGAACTACCTGGATGTG...CAGATGGAGTACTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACTATCGGCATCGGAACTCCTGCCCAGGATTTCACCGTCGTCTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12650 GCACTATCGGCATCGGAACTCCTGCCCAGGATTTCACCGTCGTCTTTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCGGCTCCTCCAACCTGTGGGTGCCCTCAGTCTACTGCTCCAGTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12700 ACCGGCTCCTCCAACCTGTGGGTGCCCTCAGTCTACTGCTCCAGTCTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCA         CCAACCACAACCGCTTCAACCCTGAGGATTCTTCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  12750 CTGCAGTA...CAGCCAACCACAACCGCTTCAACCCTGAGGATTCTTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTACCAGTCCACCAGCGAGACAGTCTCCATCACCTACGGCACCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  13660 CCTACCAGTCCACCAGCGAGACAGTCTCCATCACCTACGGCACCGGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGACAGGCATCCTCGGATACGACACTGTCCAG         GTTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  13710 ATGACAGGCATCCTCGGATACGACACTGTCCAGGTG...CAGGTTGGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCTCTGACACCAATCAGATCTTCGGCCTGAGCGAGACGGAACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14426 CATCTCTGACACCAATCAGATCTTCGGCCTGAGCGAGACGGAACCTGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTTCCTGTATTATGCTCCCTTCGATGGCATCCTGGGGCTGGCCTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14476 CCTTCCTGTATTATGCTCCCTTCGATGGCATCCTGGGGCTGGCCTACCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCATTTCCTCCTCCGGGGCCACACCCGTCTTTGACAACATCTGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14526 AGCATTTCCTCCTCCGGGGCCACACCCGTCTTTGACAACATCTGGAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCCTGGTTTCTCAGGACCTCTTCTCTGTCTACCTCAGCGC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  14576 GGGCCTGGTTTCTCAGGACCTCTTCTCTGTCTACCTCAGCGCGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  CGATGACCAGAGTGGCAGCGTGGTGATCTTTGGTGGCATTGACTCTTCT
        >||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16890 GCGATGACAAGAGTGGCAGCGTGGTGATCTTTGGTGGCATTGACTCTTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACTACACTGGAAGTCTGAACTGGGTGCCTGTTACCGTCGAGGGTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16940 TACTACACTGGAAGTCTGAACTGGGTGCCTGTTACCGTCGAGGGTTACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCAGATCACCGTGGACAG         CATCACCATGAACGGAGAGGCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||| |||
  16990 GCAGATCACCGTGGACAGGTG...CAGCATCACCATGAACGGAGAGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCGCCTGCGCTGAGGGCTGCCAGGCCATTGTTGACACCGGCACCTCTCTG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18164 TCGCCTGTGCTGAGGGCTGCCAGGCCATTGTTGACACCGGCACCTCTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGACCGGCCCAACCAGCCCCATTGCCAACATCCAGAGCGACATCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18214 CTGACCGGCCCAACCAGCCCCATTGCCAACATCCAGAGCGACATCGGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGCGAGAACTCAGATGGCGAC         ATGGTGGTCAGCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  18264 CAGCGAGAACTCAGATGGCGACGTG...CAGATGGTGGTCAGCTGCTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCATCAGCAGCCTGCCCGACATCGTCTTCACCATCAATGGAGTCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18407 CCATCAGCAGCCTGCCCGACATCGTCTTCACCATCAATGGAGTCCAGTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCGTGCCACCCAGTGCCTACATCCTGCAG         AGCGAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  18457 CCCGTGCCACCCAGTGCCTACATCCTGCAGGTG...CAGAGCGAGGGGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTGCATCAGTGGCTTCCAGGGCATGAACCTCCCCACCGAATCTGGAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  19615 CTGCATCAGTGGCTTCCAGGGCATGAACGTCCCCACCGAATCTGGAGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTGGATCCTGGGTGATGTCTTCATCCGCCAGTACTTTACCGTCTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19665 TTTGGATCCTGGGTGATGTCTTCATCCGCCAGTACTTTACCGTCTTCGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1129 AGGGCAAACAACCAGGTCGGCCTGGCCCCCGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
  19715 AGGGCAAACAACCAGGTCGGCCTGGCCCCTGTGGCT