seq1 = pF1KE0204.tfa, 621 bp
seq2 = pF1KE0204/gi568815593f_171320407.tfa (gi568815593f:171320407_171556802), 236396 bp

>pF1KE0204 621
>gi568815593f:171320407_171556802 (Chr5)

1-32  (99794-99825)   100% ->
33-69  (100001-100037)   100% ->
70-250  (115687-115867)   100% ->
251-357  (128741-128847)   100% ->
358-621  (136133-136396)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTCAGCGCCCTCCGCCTGCACTTGCCT         GTGTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  99794 ATGTATTCAGCGCCCTCCGCCTGCACTTGCCTGTA...CAGGTGTTTACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTCCTGCTGCTGTGCTTCCAGGTACAG         GTGCTGGTTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100010 CTTCCTGCTGCTGTGCTTCCAGGTACAGGTA...CAGGTGCTGGTTGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AGGAGAACGTGGACTTCCGCATCCACGTGGAGAACCAGACGCGGGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115700 AGGAGAACGTGGACTTCCGCATCCACGTGGAGAACCAGACGCGGGCTCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GACGATGTGAGCCGTAAGCAGCTGCGGCTGTACCAGCTCTACAGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115750 GACGATGTGAGCCGTAAGCAGCTGCGGCTGTACCAGCTCTACAGCCGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGTGGGAAACACATCCAGGTCCTGGGCCGCAGGATCAGTGCCCGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115800 CAGTGGGAAACACATCCAGGTCCTGGGCCGCAGGATCAGTGCCCGCGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGATGGGGACAAGTATG         CCCAGCTCCTAGTGGAGACAGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 115850 AGGATGGGGACAAGTATGGTA...AAGCCCAGCTCCTAGTGGAGACAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCTTCGGTAGTCAAGTCCGGATCAAGGGCAAGGAGACGGAATTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128764 ACCTTCGGTAGTCAAGTCCGGATCAAGGGCAAGGAGACGGAATTCTACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGCATGAACCGCAAAGGCAAGCTCGTGGGGAAG         CCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128814 GTGCATGAACCGCAAAGGCAAGCTCGTGGGGAAGGTG...CAGCCCGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCACCAGCAAGGAGTGTGTGTTCATCGAGAAGGTTCTGGAGAACAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136140 GCACCAGCAAGGAGTGTGTGTTCATCGAGAAGGTTCTGGAGAACAACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACGGCCCTGATGTCGGCTAAGTACTCCGGCTGGTACGTGGGCTTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136190 ACGGCCCTGATGTCGGCTAAGTACTCCGGCTGGTACGTGGGCTTCACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAGGGGCGGCCGCGGAAGGGCCCCAAGACCCGGGAGAACCAGCAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136240 GAAGGGGCGGCCGCGGAAGGGCCCCAAGACCCGGGAGAACCAGCAGGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCATTTCATGAAGCGCTACCCCAAGGGGCAGCCGGAGCTTCAGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136290 TGCATTTCATGAAGCGCTACCCCAAGGGGCAGCCGGAGCTTCAGAAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCAAGTACACGACGGTGACCAAGAGGTCCCGTCGGATCCGGCCCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136340 TTCAAGTACACGACGGTGACCAAGAGGTCCCGTCGGATCCGGCCCACACA

    650     .
    615 CCCTGCC
        |||||||
 136390 CCCTGCC