seq1 = pF1KE0200.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KE0200/gi568815590f_127638244.tfa (gi568815590f:127638244_127840955), 202712 bp

>pF1KE0200 1362
>gi568815590f:127638244_127840955 (Chr8)

1-30  (98351-98380)   96% ->
31-802  (100005-100776)   100% ->
803-1362  (102153-102712)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTTTTTCGGGTAGTGGAAAACCAG         CAGCCTCCCGC
         |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  98351 CTGGATTTTTTTCGGGTAGTGGAAAACCAGGTA...CAGCAGCCTCCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACGATGCCCCTCAACGTTAGCTTCACCAACAGGAACTATGACCTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 GACGATGCCCCTCAACGTTAGCTTCACCAACAGGAACTATGACCTCGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGACTCGGTGCAGCCGTATTTCTACTGCGACGAGGAGGAGAACTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100066 ACGACTCGGTGCAGCCGTATTTCTACTGCGACGAGGAGGAGAACTTCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCAGCAGCAGCAGAGCGAGCTGCAGCCCCCGGCGCCCAGCGAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100116 CAGCAGCAGCAGCAGAGCGAGCTGCAGCCCCCGGCGCCCAGCGAGGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGAAGAAATTCGAGCTGCTGCCCACCCCGCCCCTGTCCCCTAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100166 CTGGAAGAAATTCGAGCTGCTGCCCACCCCGCCCCTGTCCCCTAGCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTCCGGGCTCTGCTCGCCCTCCTACGTTGCGGTCACACCCTTCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100216 GCTCCGGGCTCTGCTCGCCCTCCTACGTTGCGGTCACACCCTTCTCCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGGGAGACAACGACGGCGGTGGCGGGAGCTTCTCCACGGCCGACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100266 CGGGGAGACAACGACGGCGGTGGCGGGAGCTTCTCCACGGCCGACCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGATGGTGACCGAGCTGCTGGGAGGAGACATGGTGAACCAGAGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100316 GGAGATGGTGACCGAGCTGCTGGGAGGAGACATGGTGAACCAGAGTTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTGCGACCCGGACGACGAGACCTTCATCAAAAACATCATCATCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100366 TCTGCGACCCGGACGACGAGACCTTCATCAAAAACATCATCATCCAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTATGTGGAGCGGCTTCTCGGCCGCCGCCAAGCTCGTCTCAGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 TGTATGTGGAGCGGCTTCTCGGCCGCCGCCAAGCTCGTCTCAGAGAAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCTCCTACCAGGCTGCGCGCAAAGACAGCGGCAGCCCGAACCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100466 GGCCTCCTACCAGGCTGCGCGCAAAGACAGCGGCAGCCCGAACCCCGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCGGCCACAGCGTCTGCTCCACCTCCAGCTTGTACCTGCAGGATCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100516 GCGGCCACAGCGTCTGCTCCACCTCCAGCTTGTACCTGCAGGATCTGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCGCCGCCTCAGAGTGCATCGACCCCTCGGTGGTCTTCCCCTACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100566 GCCGCCGCCTCAGAGTGCATCGACCCCTCGGTGGTCTTCCCCTACCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAACGACAGCAGCTCGCCCAAGTCCTGCGCCTCGCAAGACTCCAGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 CAACGACAGCAGCTCGCCCAAGTCCTGCGCCTCGCAAGACTCCAGCGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCTCTCCGTCCTCGGATTCTCTGCTCTCCTCGACGGAGTCCTCCCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 TCTCTCCGTCCTCGGATTCTCTGCTCTCCTCGACGGAGTCCTCCCCGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGCAGCCCCGAGCCCCTGGTGCTCCATGAGGAGACACCGCCCACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 GGCAGCCCCGAGCCCCTGGTGCTCCATGAGGAGACACCGCCCACCACCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGCGACTCTG         AGGAGGAACAAGAAGATGAGGAAGAAATCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100766 CAGCGACTCTGGTA...AAGAGGAGGAACAAGAAGATGAGGAAGAAATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATGTTGTTTCTGTGGAAAAGAGGCAGGCTCCTGGCAAAAGGTCAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102183 ATGTTGTTTCTGTGGAAAAGAGGCAGGCTCCTGGCAAAAGGTCAGAGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGATCACCTTCTGCTGGAGGCCACAGCAAACCTCCTCACAGCCCACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102233 GGATCACCTTCTGCTGGAGGCCACAGCAAACCTCCTCACAGCCCACTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCTCAAGAGGTGCCACGTCTCCACACATCAGCACAACTACGCAGCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102283 CCTCAAGAGGTGCCACGTCTCCACACATCAGCACAACTACGCAGCGCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCTCCACTCGGAAGGACTATCCTGCTGCCAAGAGGGTCAAGTTGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102333 CCTCCACTCGGAAGGACTATCCTGCTGCCAAGAGGGTCAAGTTGGACAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GTCAGAGTCCTGAGACAGATCAGCAACAACCGAAAATGCACCAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102383 GTCAGAGTCCTGAGACAGATCAGCAACAACCGAAAATGCACCAGCCCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GTCCTCGGACACCGAGGAGAATGTCAAGAGGCGAACACACAACGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102433 GTCCTCGGACACCGAGGAGAATGTCAAGAGGCGAACACACAACGTCTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGCGCCAGAGGAGGAACGAGCTAAAACGGAGCTTTTTTGCCCTGCGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 AGCGCCAGAGGAGGAACGAGCTAAAACGGAGCTTTTTTGCCCTGCGTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CAGATCCCGGAGTTGGAAAACAATGAAAAGGCCCCCAAGGTAGTTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 CAGATCCCGGAGTTGGAAAACAATGAAAAGGCCCCCAAGGTAGTTATCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TAAAAAAGCCACAGCATACATCCTGTCCGTCCAAGCAGAGGAGCAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102583 TAAAAAAGCCACAGCATACATCCTGTCCGTCCAAGCAGAGGAGCAAAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TCATTTCTGAAGAGGACTTGTTGCGGAAACGACGAGAACAGTTGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102633 TCATTTCTGAAGAGGACTTGTTGCGGAAACGACGAGAACAGTTGAAACAC

   1350     .    :    .    :    .    :
   1333 AAACTTGAACAGCTACGGAACTCTTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 102683 AAACTTGAACAGCTACGGAACTCTTGTGCG