seq1 = pF1KE0195.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KE0195/gi568815575r_154251292.tfa (gi568815575r:154251292_154388409), 137118 bp

>pF1KE0195 1230
>gi568815575r:154251292_154388409 (ChrX)

(complement)

11-740  (100001-100730)   100% ->
741-876  (115884-116019)   100% ->
877-1230  (116639-116992)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGGCGGAACACACCAGGAGCCCCAGCGCAACCCTCCCCTCCAATGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGCGGAACACACCAGGAGCCCCAGCGCAACCCTCCCCTCCAATGTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 TCATGCCGGTCCCTGTCATCCAGCGAAGACGGCCCCAGTGGCCCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCATGCCGGTCCCTGTCATCCAGCGAAGACGGCCCCAGTGGCCCTTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 CCTCGCAGATGGAGGCCTAGCCCACAACTTACAGGATAGTGTCAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCGCAGATGGAGGCCTAGCCCACAACTTACAGGATAGTGTCAGGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    161 GCATCCTCTACCTCTCAGAGCAGCTGAGAGTGGAGAAGGCCAGTCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCATCCTCTACCTCTCAGAGCAGCTGAGAGTGGAGAAGGCCAGTCGGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    211 GGCAACACTGTGAGCTACCTCAAGCTGGTATCCAAAGCAGACCGGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCAACACTGTGAGCTACCTCAAGCTGGTATCCAAAGCAGACCGGCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    261 GGTGCCGCACATCCAGCAGGCCTTTGAGAAGGTGAACCAGCGCGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGTGCCGCACATCCAGCAGGCCTTTGAGAAGGTGAACCAGCGCGCCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    311 CCACCATCGCCCAGATCGAGCACAGGCTCCACCAGTGTCACCAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCACCATCGCCCAGATCGAGCACAGGCTCCACCAGTGTCACCAGCAGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361 CAGGAGCTGGAGGAAGGCTGCAGGCCCGAGGGCTTACTGCTGATGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGGAGCTGGAGGAAGGCTGCAGGCCCGAGGGCTTACTGCTGATGGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411 AAGCGACCCAGCCAACTGCGAGCCACCCAGTGAGAAGGCCCTGCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAGCGACCCAGCCAACTGCGAGCCACCCAGTGAGAAGGCCCTGCTTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461 AGCCCCCCGAGCCAGGTGGGGAAGACGGGCCGGTCAACCTGCCTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCCCCCCGAGCCAGGTGGGGAAGACGGGCCGGTCAACCTGCCTCATGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511 AGCAGGCCCTTCATCTTGGAGAGTCGCTTCCAGAGCTTACAGCAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGCAGGCCCTTCATCTTGGAGAGTCGCTTCCAGAGCTTACAGCAGGGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561 GTGCTTAGAGACAGAGGATGTGGCCCAGCAACAAAACCTGCTGTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGCTTAGAGACAGAGGATGTGGCCCAGCAACAAAACCTGCTGTTGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611 AGGTAAAGGCAGAGCTGGAAGAAGCCAAGAGGTTCCACATCAGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGTAAAGGCAGAGCTGGAAGAAGCCAAGAGGTTCCACATCAGCCTCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GAGTCCTATCACAGCCTAAAGGAGAGGTCTCTGACTGACCTGCAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGTCCTATCACAGCCTAAAGGAGAGGTCTCTGACTGACCTGCAGCTGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 GCTGGAGTCCCTTCAGGAGGAGAAGTGTAG         GCAAGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100701 GCTGGAGTCCCTTCAGGAGGAGAAGTGTAGGTG...AAGGCAAGCATTGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 TGGAAGAACAGGTGAATGGTCGCCTGCAGGGACAGCTGAATGAGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115895 TGGAAGAACAGGTGAATGGTCGCCTGCAGGGACAGCTGAATGAGATTTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 AACCTCAAACACAATCTGGCCTGCAGCGAAGAGAGAATGGCCTATCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115945 AACCTCAAACACAATCTGGCCTGCAGCGAAGAGAGAATGGCCTATCTATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 CTATGAGAGAGCCAAGGAAATATGG         GAGATCACGGAGACCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115995 CTATGAGAGAGCCAAGGAAATATGGGTG...CAGGAGATCACGGAGACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TCAAGAGCCGAATATCCAAGCTGGAGATGCTACAGCAAGTCACCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116655 TCAAGAGCCGAATATCCAAGCTGGAGATGCTACAGCAAGTCACCCAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GAGGCAGCGGAGCACCTCCAAAGCCGTCCCCCGCAGATGTTGTTCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116705 GAGGCAGCGGAGCACCTCCAAAGCCGTCCCCCGCAGATGTTGTTCAAGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CCTGAGTCCGCGCCTCTCACTGGCAACCGTCCTCTTGGTCTTTGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116755 CCTGAGTCCGCGCCTCTCACTGGCAACCGTCCTCTTGGTCTTTGTCTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CCTTGTGTGCCTGCCCCTCGTCACTGATCAGCTCACGCCTGTGCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116805 CCTTGTGTGCCTGCCCCTCGTCACTGATCAGCTCACGCCTGTGCACCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACCATGCTGATGCTGATCGGGCTTGGGGTCCTGGCCTGGCAGAGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116855 ACCATGCTGATGCTGATCGGGCTTGGGGTCCTGGCCTGGCAGAGGTGGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CGCCATCCCTGCCACAGACTGGCAGGAATGGGTCCCCTCCAGGTGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116905 CGCCATCCCTGCCACAGACTGGCAGGAATGGGTCCCCTCCAGGTGTAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1193 TGTACTCCAAGGACTCTGGGCCTCCAGCAGATGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116955 TGTACTCCAAGGACTCTGGGCCTCCAGCAGATGGACCT