seq1 = pF1KE0195.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KE0195/gi568815575r_154176352.tfa (gi568815575r:154176352_154233613), 57262 bp

>pF1KE0195 1230
>gi568815575r:154176352_154233613 (ChrX)

(complement)

11-740  (20125-20854)   100% ->
741-876  (36032-36167)   100% ->
877-1230  (36787-37140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGGCGGAACACACCAGGAGCCCCAGCGCAACCCTCCCCTCCAATGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20125 AGGCGGAACACACCAGGAGCCCCAGCGCAACCCTCCCCTCCAATGTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 TCATGCCGGTCCCTGTCATCCAGCGAAGACGGCCCCAGTGGCCCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20175 TCATGCCGGTCCCTGTCATCCAGCGAAGACGGCCCCAGTGGCCCTTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 CCTCGCAGATGGAGGCCTAGCCCACAACTTACAGGATAGTGTCAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20225 CCTCGCAGATGGAGGCCTAGCCCACAACTTACAGGATAGTGTCAGGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    161 GCATCCTCTACCTCTCAGAGCAGCTGAGAGTGGAGAAGGCCAGTCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20275 GCATCCTCTACCTCTCAGAGCAGCTGAGAGTGGAGAAGGCCAGTCGGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    211 GGCAACACTGTGAGCTACCTCAAGCTGGTATCCAAAGCAGACCGGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20325 GGCAACACTGTGAGCTACCTCAAGCTGGTATCCAAAGCAGACCGGCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    261 GGTGCCGCACATCCAGCAGGCCTTTGAGAAGGTGAACCAGCGCGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20375 GGTGCCGCACATCCAGCAGGCCTTTGAGAAGGTGAACCAGCGCGCCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    311 CCACCATCGCCCAGATCGAGCACAGGCTCCACCAGTGTCACCAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20425 CCACCATCGCCCAGATCGAGCACAGGCTCCACCAGTGTCACCAGCAGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    361 CAGGAGCTGGAGGAAGGCTGCAGGCCCGAGGGCTTACTGCTGATGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20475 CAGGAGCTGGAGGAAGGCTGCAGGCCCGAGGGCTTACTGCTGATGGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411 AAGCGACCCAGCCAACTGCGAGCCACCCAGTGAGAAGGCCCTGCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20525 AAGCGACCCAGCCAACTGCGAGCCACCCAGTGAGAAGGCCCTGCTTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461 AGCCCCCCGAGCCAGGTGGGGAAGACGGGCCGGTCAACCTGCCTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20575 AGCCCCCCGAGCCAGGTGGGGAAGACGGGCCGGTCAACCTGCCTCATGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511 AGCAGGCCCTTCATCTTGGAGAGTCGCTTCCAGAGCTTACAGCAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20625 AGCAGGCCCTTCATCTTGGAGAGTCGCTTCCAGAGCTTACAGCAGGGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561 GTGCTTAGAGACAGAGGATGTGGCCCAGCAACAAAACCTGCTGTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20675 GTGCTTAGAGACAGAGGATGTGGCCCAGCAACAAAACCTGCTGTTGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611 AGGTAAAGGCAGAGCTGGAAGAAGCCAAGAGGTTCCACATCAGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20725 AGGTAAAGGCAGAGCTGGAAGAAGCCAAGAGGTTCCACATCAGCCTCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 GAGTCCTATCACAGCCTAAAGGAGAGGTCTCTGACTGACCTGCAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20775 GAGTCCTATCACAGCCTAAAGGAGAGGTCTCTGACTGACCTGCAGCTGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 GCTGGAGTCCCTTCAGGAGGAGAAGTGTAG         GCAAGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  20825 GCTGGAGTCCCTTCAGGAGGAGAAGTGTAGGTG...AAGGCAAGCATTGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 TGGAAGAACAGGTGAATGGTCGCCTGCAGGGACAGCTGAATGAGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36043 TGGAAGAACAGGTGAATGGTCGCCTGCAGGGACAGCTGAATGAGATTTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 AACCTCAAACACAATCTGGCCTGCAGCGAAGAGAGAATGGCCTATCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36093 AACCTCAAACACAATCTGGCCTGCAGCGAAGAGAGAATGGCCTATCTATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 CTATGAGAGAGCCAAGGAAATATGG         GAGATCACGGAGACCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  36143 CTATGAGAGAGCCAAGGAAATATGGGTG...CAGGAGATCACGGAGACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TCAAGAGCCGAATATCCAAGCTGGAGATGCTACAGCAAGTCACCCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36803 TCAAGAGCCGAATATCCAAGCTGGAGATGCTACAGCAAGTCACCCAACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GAGGCAGCGGAGCACCTCCAAAGCCGTCCCCCGCAGATGTTGTTCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36853 GAGGCAGCGGAGCACCTCCAAAGCCGTCCCCCGCAGATGTTGTTCAAGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CCTGAGTCCGCGCCTCTCACTGGCAACCGTCCTCTTGGTCTTTGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36903 CCTGAGTCCGCGCCTCTCACTGGCAACCGTCCTCTTGGTCTTTGTCTCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CCTTGTGTGCCTGCCCCTCGTCACTGATCAGCTCACGCCTGTGCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  36953 CCTTGTGTGCCTGCCCCTCGTCACTGATCAGCTCACGCCTGTGCACCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 ACCATGCTGATGCTGATCGGGCTTGGGGTCCTGGCCTGGCAGAGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37003 ACCATGCTGATGCTGATCGGGCTTGGGGTCCTGGCCTGGCAGAGGTGGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CGCCATCCCTGCCACAGACTGGCAGGAATGGGTCCCCTCCAGGTGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37053 CGCCATCCCTGCCACAGACTGGCAGGAATGGGTCCCCTCCAGGTGTAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1193 TGTACTCCAAGGACTCTGGGCCTCCAGCAGATGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37103 TGTACTCCAAGGACTCTGGGCCTCCAGCAGATGGACCT