seq1 = pF1KE0160.tfa, 279 bp
seq2 = pF1KE0160/gi568815595r_42685274.tfa (gi568815595r:42685274_42894253), 208980 bp

>pF1KE0160 279
>gi568815595r:42685274_42894253 (Chr3)

(complement)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-232  (108092-108226)   100% ->
233-279  (108934-108980)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAACAGACACAGGTGTTTCCCTTCCTTCATATGAGGAAGATCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAACAGACACAGGTGTTTCCCTTCCTTCATATGAGGAAGATCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAAAACTCATTCGAAAAGCTAAAGAGGCACCATTCGTACCCGTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 ATCAAAACTCATTCGAAAAGCTAAAGAGGCACCATTCGTACCCGTTGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       GAATAGCGGGTTTTGCAGCAATTGTTGCATATGGATTATATAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGGAATAGCGGGTTTTGCAGCAATTGTTGCATATGGATTATATAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAAGAGCAGGGGAAATACTAAAATGTCCATTCATCTGATCCACATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108136 CTGAAGAGCAGGGGAAATACTAAAATGTCCATTCATCTGATCCACATGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGCAGCCCAAGGCTTTGTTGTAGGAGCAATGACTGTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108186 TGTGGCAGCCCAAGGCTTTGTTGTAGGAGCAATGACTGTTGGTA...TAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    233 GTATGGGCTATTCCATGTATCGGGAATTCTGGGCAAAACCTGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 108934 GTATGGGCTATTCCATGTATCGGGAATTCTGGGCAAAACCTAAGCCT