seq1 = pF1KE0126.tfa, 375 bp
seq2 = pF1KE0126/gi568815586f_116475943.tfa (gi568815586f:116475943_116676317), 200375 bp

>pF1KE0126 375
>gi568815586f:116475943_116676317 (Chr12)

1-375  (100001-100375)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTCGGAGAAGACCTTCAAGCAGCGCCGCACCTTCGAACAAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTCGGAGAAGACCTTCAAGCAGCGGCGCACCTTCGAACAAAGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGATGTCCGACTTATTCGAGAGCAGCATCCAACCAAAATCCCGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGATGTCCGACTTATTCGAGAGCAGCATCCAACCAAAATCCCGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAATAGAACGATACAAGGGTGAGAAGCAGCTTCCTGTTCTGGATAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAATAGAACGATACAAGGGTGAGAAGCAGCTTCCTGTTCTGGATAAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGTTCCTTGTACCTGACCATGTCAACATGAGTGAGCTCATCAAGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGTTCCTTGTACCTGACCATGTCAACATGAGTGAGCTCATCAAGATAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGAAGGCGCTTACAGCTCAATGCTAATCAGGCCTTCTTCCTGTTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGAAGGCGCTTACAGCTCAATGCTAATCAGGCCTTCTTCCTGTTGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGGACACAGCATGGTCAGCGTCTCCACACCAATCTCAGAGGTGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGGACACAGCATGGTCAGCGTCTCCACACCAATCTCAGAGGTGTATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGTGAGAAAGATGAAGATGGATTCCTGTACATGGTCTATGCCTCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100301 AGTGAGAAAGATGAAGATGGATTCCTGTACATGGTCTGTGCCTCCCAGGA

    350     .    :    .    :    .
    351 GACGTTCGGGATGAAATTGTCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||
 100351 GACGTTCGGGATGAAATTGTCAGTG