seq1 = pF1KE0126.tfa, 375 bp
seq2 = pF1KE0126/gi568815582f_87292428.tfa (gi568815582f:87292428_87503094), 210667 bp

>pF1KE0126 375
>gi568815582f:87292428_87503094 (Chr16)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-96  (106388-106443)   100% ->
97-203  (109748-109854)   100% ->
204-375  (110496-110667)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTCGGAGAAGACCTTCAAGCAGCGCCGCACCTTCG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGCCGTCGGAGAAGACCTTCAAGCAGCGCCGCACCTTCGGTG...CAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACAAAGAGTAGAAGATGTCCGACTTATTCGAGAGCAGCATCCAACCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106389 ACAAAGAGTAGAAGATGTCCGACTTATTCGAGAGCAGCATCCAACCAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCCG         GTGATAATAGAACGATACAAGGGTGAGAAGCAGCTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106439 TCCCGGTA...CAGGTGATAATAGAACGATACAAGGGTGAGAAGCAGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCTGTTCTGGATAAAACAAAGTTCCTTGTACCTGACCATGTCAACATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109784 CCTGTTCTGGATAAAACAAAGTTCCTTGTACCTGACCATGTCAACATGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGCTCATCAAGATAATTAG         AAGGCGCTTACAGCTCAATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109834 TGAGCTCATCAAGATAATTAGGTA...TAGAAGGCGCTTACAGCTCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTAATCAGGCCTTCTTCCTGTTGGTGAACGGACACAGCATGGTCAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110516 CTAATCAGGCCTTCTTCCTGTTGGTGAACGGACACAGCATGGTCAGCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCCACACCAATCTCAGAGGTGTATGAGAGTGAGAAAGATGAAGATGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110566 TCCACACCAATCTCAGAGGTGTATGAGAGTGAGAAAGATGAAGATGGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGTACATGGTCTATGCCTCCCAGGAGACGTTCGGGATGAAATTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110616 CCTGTACATGGTCTATGCCTCCCAGGAGACGTTCGGGATGAAATTGTCAG

    400 
    374 TG
        ||
 110666 TG