seq1 = pF1KE0125.tfa, 363 bp
seq2 = pF1KE0125/gi568815578f_34458869.tfa (gi568815578f:34458869_34659895), 201027 bp

>pF1KE0125 363
>gi568815578f:34458869_34659895 (Chr20)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-96  (100340-100395)   100% ->
97-203  (100479-100585)   100% ->
204-363  (100868-101027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTCAGACCGGCCTTTCAAGCAGCGGCGGAGCTTCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGCCCTCAGACCGGCCTTTCAAGCAGCGGCGGAGCTTCGGTG...CAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGACCGCTGTAAGGAGGTACAGCAGATCCGCGACCAGCACCCCAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100341 CGACCGCTGTAAGGAGGTACAGCAGATCCGCGACCAGCACCCCAGCAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCCG         GTGATCATCGAGCGCTACAAGGGTGAGAAGCAGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100391 TCCCGGTG...CAGGTGATCATCGAGCGCTACAAGGGTGAGAAGCAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCCGTCCTGGACAAGACCAAGTTTTTGGTCCCGGACCATGTCAACATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100515 CCCGTCCTGGACAAGACCAAGTTTTTGGTCCCGGACCATGTCAACATGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGAGTTGGTCAAGATCATCCG         GCGCCGCCTGCAGCTGAACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100565 CGAGTTGGTCAAGATCATCCGGTG...CAGGCGCCGCCTGCAGCTGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCACGCAGGCCTTCTTCCTGCTGGTGAACCAGCACAGCATGGTGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100888 CCACGCAGGCCTTCTTCCTGCTGGTGAACCAGCACAGCATGGTGAGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCCACGCCCATCGCGGACATCTACGAGCAGGAGAAAGACGAGGACGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100938 TCCACGCCCATCGCGGACATCTACGAGCAGGAGAAAGACGAGGACGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTCTATATGGTCTACGCCTCCCAGGAAACCTTCGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100988 CCTCTATATGGTCTACGCCTCCCAGGAAACCTTCGGCTTC