seq1 = pF1KE0123.tfa, 867 bp
seq2 = pF1KE0123/gi568815581r_17918552.tfa (gi568815581r:17918552_18139013), 220462 bp

>pF1KE0123 867
>gi568815581r:17918552_18139013 (Chr17)

(complement)

1-133  (100001-100133)   100% ->
134-178  (110355-110399)   100% ->
179-324  (110637-110782)   100% ->
325-422  (112598-112695)   100% ->
423-503  (114310-114390)   100% ->
504-616  (117157-117269)   99% ->
617-732  (117776-117891)   100% ->
733-867  (120328-120462)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAGGAGCTGCCTCCGGCTGCGGGACGGGGGACGCCGTCTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAGGAGCTGCCTCCGGCTGCGGGACGGGGGACGCCGTCTCCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGGCCGGCGGGTGGCCCCAGCGCTTCTATGAGTCCGGGGCCAACCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGGCCGGCGGGTGGCCCCAGCGCTTCTATGAGTCCGGGGCCAACCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCTCCAGCCCGGGCTTACGCCCCGCCGACAG         AAAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100101 CGTCTCCAGCCCGGGCTTACGCCCCGCCGACAGGTA...CAGAAAGGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGTTTTATCAGAATGTCAGCATCACACAGGGTGAAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110363 AGGTTTTATCAGAATGTCAGCATCACACAGGGTGAAGGTG...AAGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTTGAGATAAACCTGGACCACAGGAAGCTGAAAACTCCCCAAGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110641 CTTTGAGATAAACCTGGACCACAGGAAGCTGAAAACTCCCCAAGCCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTTACCGTCCCCAGCGAGGCCCTGGCCATTGCAGTGGCTACTGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110691 TCTTTACCGTCCCCAGCGAGGCCCTGGCCATTGCAGTGGCTACTGAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATTCCCAGCAGGATACCATCAAGTACTACACCATGCACCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110741 GATTCCCAGCAGGATACCATCAAGTACTACACCATGCACCTGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  ACCACATTGTGCAACACATCATTGGACAACCCAACCCAGAGAAACAAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112597 GACCACATTGTGCAACACATCATTGGACAACCCAACCCAGAGAAACAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCAGCTGATCCGGGCAGCCGTGAAGTTTCTGGACACCGACACCATCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112647 ATCAGCTGATCCGGGCAGCCGTGAAGTTTCTGGACACCGACACCATCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423         CTACAGGGTGGAGGAGCCCGAGACATTAGTGGAACTTCAAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112697 TA...TAGCTACAGGGTGGAGGAGCCCGAGACATTAGTGGAACTTCAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAATGAGTGGGATCCAATCATCGAATGGGCTGAGAAAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114352 GAATGAGTGGGATCCAATCATCGAATGGGCTGAGAAAAGGTA...CAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACGGCGTGGAGATCAGTTCCTCCACCAGCATAATGGGACCCAGCATCCCT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 117159 ACGGCGTGGAGATCAGCTCCTCCACCAGCATAATGGGACCCAGCATCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCAAAACTCGGGAGGTGCTCGTCAGCCACCTGGCATCTTACAACACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117209 GCCAAAACTCGGGAGGTGCTCGTCAGCCACCTGGCATCTTACAACACATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCTTTACAAG         GGATTGAGTTTGTAGCTGCCCAGCTCAAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117259 GGCTTTACAAGGCA...CAGGGATTGAGTTTGTAGCTGCCCAGCTCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCATGGTGCTAACCTTGGGCCTGATTGACCTGCGCCTGACAGTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117806 CCATGGTGCTAACCTTGGGCCTGATTGACCTGCGCCTGACAGTGGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCGTGCTGCTGTCACGCCTGGAGGAGGAGTACCAG         ATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117856 GCCGTGCTGCTGTCACGCCTGGAGGAGGAGTACCAGGTG...CAGATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAGTGGGGCAACATTGAGTGGGCCCATGACTATGAGCTGCAGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120333 GAAGTGGGGCAACATTGAGTGGGCCCATGACTATGAGCTGCAGGAGCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGGCCCGCACCGCCGCCGGCACCCTCTTCATCCATCTCTGCTCCGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120383 GGGCCCGCACCGCCGCCGGCACCCTCTTCATCCATCTCTGCTCCGAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :
    838 ACCACAGTCAAGCACAAGCTCCTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 120433 ACCACAGTCAAGCACAAGCTCCTGAAGGAG