seq1 = pF1KE0119.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KE0119/gi568815596f_169379554.tfa (gi568815596f:169379554_169604579), 225026 bp

>pF1KE0119 1023
>gi568815596f:169379554_169604579 (Chr2)

1-59  (100001-100059)   100% ->
60-142  (102698-102780)   100% ->
143-208  (107516-107581)   100% ->
209-258  (108253-108302)   100% ->
259-386  (108434-108561)   100% ->
387-522  (113321-113456)   100% ->
523-618  (114188-114283)   100% ->
619-681  (118074-118136)   100% ->
682-816  (119933-120067)   100% ->
817-900  (123542-123625)   100% ->
901-924  (124750-124773)   100% ->
925-1023  (124928-125026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGCTGGATGCGCTTTGGGAGGATCGGGATGTCCGTTTCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGTGCTGGATGCGCTTTGGGAGGATCGGGATGTCCGTTTCGACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCGCGCA         GCAAATGAAAACAAGACCTGGAGAAGTCCTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCGCGCAGTG...TAGGCAAATGAAAACAAGACCTGGAGAAGTCCTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGATTGTTTAGATTCCATTGAAGACACCAAAGGAAATAATGGAGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102730 TTGATTGTTTAGATTCCATTGAAGACACCAAAGGAAATAATGGAGATAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 G         GTAGACTCTTGGTAACAAATTTAAGAATTCTCTGGCACTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102780 GGTG...TAGGTAGACTCTTGGTAACAAATTTAAGAATTCTCTGGCACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTGGCATTATCAAGAGTCAATGTTT         CTGTCGGTTACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107556 TTTGGCATTATCAAGAGTCAATGTTTGTA...TAGCTGTCGGTTACAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCATATTGAATATTACAACAAGGACTGCTAACTCT         AAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 108268 GCATATTGAATATTACAACAAGGACTGCTAACTCTGTA...CAGAAATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CGAGGCCAAACTGAAGCTCTCTATATACTAACAAAATGTAACAGTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108440 CGAGGCCAAACTGAAGCTCTCTATATACTAACAAAATGTAACAGTACTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTTTGAATTTATATTTACAAATTTGGTTCCTGGAAGCCCTAGACTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108490 TTTTGAATTTATATTTACAAATTTGGTTCCTGGAAGCCCTAGACTTTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTTCTGTGATGGCAGTACACAG         AGCTTATGAAACTTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108540 CTTCTGTGATGGCAGTACACAGGTA...TAGAGCTTATGAAACTTCTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATGTATCGTGATTTTAAATTAAGAAGTGCACTAATTCAGAACAAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113340 ATGTATCGTGATTTTAAATTAAGAAGTGCACTAATTCAGAACAAGCAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAGACTGTTGCCACAAGAACATGTATATGATAAAATAAATGGAGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113390 AAGACTGTTGCCACAAGAACATGTATATGATAAAATAAATGGAGTTTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATTTATCCAGTGATCAG         GGCAATTTAGGAACCTTTTTTATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113440 ATTTATCCAGTGATCAGGTA...CAGGGCAATTTAGGAACCTTTTTTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACCAATGTGAGAATTGTGTGGCATGCAAATATGAATGATAGTTTTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114212 ACCAATGTGAGAATTGTGTGGCATGCAAATATGAATGATAGTTTTAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAGTATACCATATCTGCAAATT         CGTTCAATAAAGATTAGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114262 CAGTATACCATATCTGCAAATTGTA...TAGCGTTCAATAAAGATTAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATTCAAAATTTGGTTTAGCTCTTGTCATAGAAAGCTCTCAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 118093 ATTCAAAATTTGGTTTAGCTCTTGTCATAGAAAGCTCTCAGCAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    682    AGTGGTGGATATGTTCTTGGCTTTAAAATAGATCCTGTGGAAAAACT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119930 TAGAGTGGTGGATATGTTCTTGGCTTTAAAATAGATCCTGTGGAAAAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ACAAGAATCAGTTAAGGAAATCAATTCACTTCACAAAGTCTATTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119980 ACAAGAATCAGTTAAGGAAATCAATTCACTTCACAAAGTCTATTCTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTCCCATATTTGGAGTTGATTATGAGATGGAAGAAAAG         CCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 120030 GTCCCATATTTGGAGTTGATTATGAGATGGAAGAAAAGGTA...CAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAGCCGCTCGAAGCTCTGACAGTCGAACAAATTCAAGATGATGTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123545 CAGCCGCTCGAAGCTCTGACAGTCGAACAAATTCAAGATGATGTAGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGACTCTGATGGTCACACGGATGCTTTTGTG         GCTTATTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123595 AGACTCTGATGGTCACACGGATGCTTTTGTGGTG...CAGGCTTATTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTGATGGCAATAAG         CAACAAGATCGTGAACCTGTATTTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 124760 CTGATGGCAATAAGGTA...AAGCAACAAGATCGTGAACCTGTATTTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GAAGAACTGGGGCTTGCAATAGAGAAATTGAAGGATGGATTCACCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124955 GAAGAACTGGGGCTTGCAATAGAGAAATTGAAGGATGGATTCACCCTACA

   1100     .    :    .    :
   1002 GGGACTTTGGGAAGTAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||
 125005 GGGACTTTGGGAAGTAATGAGT