seq1 = pF1KE0105.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KE0105/gi568815575r_34530316.tfa (gi568815575r:34530316_34757029), 226714 bp

>pF1KE0105 543
>gi568815575r:34530316_34757029 (ChrX)

(complement)

1-226  (100001-100226)   99% ->
227-367  (117643-117783)   100% ->
368-543  (126539-126714)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCGGCGGGCAGCGGCATGGAGGAGGTGCGCGTGTCGGTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCGGCGGGCAGCGGCATGGAGGAGGTGCGCGTGTCGGTGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCTTGAAGCTGGTCGGGCTGGTGTGCATCTTCCTGGCGCTGTGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCTTGAAGCTGGTCGGGCTGGTGTGCATCTTCCTGGCGCTGTGTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGGGGGCGGTGCTGAGCCCGGCCTGGGTCACAGCTGACCACCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGGGGGCGGTGCTGAGCCCGGCCTGGGTCACAGCTGACCACCAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCTGTCGTTGTGGGAGTCCTGCCGCAAACCCGCCAGCTTGGACATCTG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100151 TACCTGTCGTTGTGGGAGTCCTGCCGGAAACCCGCCAGCTTGGACATCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACTGCGAGTCCACGCTCAGCAGCG         ATTGGCAGATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 GCACTGCGAGTCCACGCTCAGCAGCGGTG...CAGATTGGCAGATTGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCTGGCTTTACTCCTGGGCGGCGCTGCCATCATTCTCATTGCATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117658 CTCTGGCTTTACTCCTGGGCGGCGCTGCCATCATTCTCATTGCATTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGGTTTGATTTCTATCTGCGTGGGATCTCGAAGGCGTTTCTATAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117708 GTGGGTTTGATTTCTATCTGCGTGGGATCTCGAAGGCGTTTCTATAGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTTGCGGTCATGCTTTTTGCAGCAG         TTGTTTTACAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117758 TGTTGCGGTCATGCTTTTTGCAGCAGGTA...CAGTTGTTTTACAGGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGCCTGGTCCTTTACCCAATCAAGTTCATTGAAACTGTGAGCTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126554 GCAGCCTGGTCCTTTACCCAATCAAGTTCATTGAAACTGTGAGCTTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTTACCATGAGTTCAACTGGGGTTATGGCCTGGCCTGGGGTGCAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126604 ATTTACCATGAGTTCAACTGGGGTTATGGCCTGGCCTGGGGTGCAACTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATTTTCGTTTGGGGGTGCCATCCTTTATTGCCTGAACCCTAAGAACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126654 ATTTTCGTTTGGGGGTGCCATCCTTTATTGCCTGAACCCTAAGAACTATG

    550     .    :
    533 AAGACTACTAC
        |||||||||||
 126704 AAGACTACTAC