seq1 = pF1KE0102.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KE0102/gi568815581r_44220004.tfa (gi568815581r:44220004_44423562), 203559 bp

>pF1KE0102 1077
>gi568815581r:44220004_44423562 (Chr17)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-145  (100220-100279)   100% ->
146-190  (100711-100755)   100% ->
191-324  (101011-101144)   100% ->
325-392  (101796-101863)   100% ->
393-517  (102005-102129)   100% ->
518-691  (102332-102505)   100% ->
692-801  (102832-102941)   100% ->
802-883  (103127-103208)   100% ->
884-964  (103287-103367)   100% ->
965-1077  (103447-103559)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGACCAGGACCCTGCGGGCATCAGCCCCCTCCAGCAAATGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGACCAGGACCCTGCGGGCATCAGCCCCCTCCAGCAAATGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGGCACCGGGGCTGTGGTTACCTCTCTCTTCA         TGACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CTCAGGCACCGGGGCTGTGGTTACCTCTCTCTTCAGTA...CAGTGACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGGACGTGGTGAAGGTTCGCCTGCAGTCTCAGCGGCCCTCCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100226 CCCTGGACGTGGTGAAGGTTCGCCTGCAGTCTCAGCGGCCCTCCATGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCG         AGCTGATGCCTTCCTCCAGACTGTGGAGCCTCTCCTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100276 AGCGGTG...TAGAGCTGATGCCTTCCTCCAGACTGTGGAGCCTCTCCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACCAAAT         TGCCCTCCTCTCTCCAATCCACAGGGAAGTGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100748 TACCAAATGTG...CAGTGCCCTCCTCTCTCCAATCCACAGGGAAGTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCCTGTATTGCAATGGTGTCCTGGAGCCTCTGTACCTGTGCCCAAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101044 TCCTGTATTGCAATGGTGTCCTGGAGCCTCTGTACCTGTGCCCAAATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCCGCTGTGCCACCTGGTTTCAAGACCCTACCCGCTTCACTGGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101094 GCCCGCTGTGCCACCTGGTTTCAAGACCCTACCCGCTTCACTGGCACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 G         GATGCCTTCGTGAAGATCGTGAGGCACGAGGGCACCAGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101144 GGTG...CAGGATGCCTTCGTGAAGATCGTGAGGCACGAGGGCACCAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCTCTGGAGCGGCCTCCCCGCCACCCT         GGTGATGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101836 CCCTCTGGAGCGGCCTCCCCGCCACCCTGTG...CAGGGTGATGACTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCAGCTACCGCCATCTACTTCACTGCCTATGACCAACTGAAGGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102018 CCAGCTACCGCCATCTACTTCACTGCCTATGACCAACTGAAGGCCTTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTGTGGTCGAGCCCTGACCTCTGACCTCTACGCACCCATGGTGGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102068 GTGTGGTCGAGCCCTGACCTCTGACCTCTACGCACCCATGGTGGCTGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGCTGGCCCGCC         TGGGCACCGTGACTGTGATCAGCCCCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102118 CGCTGGCCCGCCGTG...CAGTGGGCACCGTGACTGTGATCAGCCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAGCTTATGCGGACAAAGCTGCAGGCTCAGCATGTGTCGTACCGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102361 GAGCTTATGCGGACAAAGCTGCAGGCTCAGCATGTGTCGTACCGGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGGTGCCTGTGTTCGAACTGCAGTGGCTCAGGGTGGCTGGCGCTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102411 GGGTGCCTGTGTTCGAACTGCAGTGGCTCAGGGTGGCTGGCGCTCACTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGCTGGGCTGGGGCCCCACTGCCCTTCGAGATGTGCCCTTCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102461 GGCTGGGCTGGGGCCCCACTGCCCTTCGAGATGTGCCCTTCTCAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692     CCCTGTACTGGTTCAACTATGAGCTGGTGAAGAGCTGGCTCAATGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 .AAGCCCTGTACTGGTTCAACTATGAGCTGGTGAAGAGCTGGCTCAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTTCAGGCCGAAGGACCAGACTTCTGTGGGCATGAGCTTTGTGGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102878 GTTCAGGCCGAAGGACCAGACTTCTGTGGGCATGAGCTTTGTGGCTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCATCTCAGGGACG         GTGGCTGCAGTGCTGACTCTACCCTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102928 GCATCTCAGGGACGGTG...CAGGTGGCTGCAGTGCTGACTCTACCCTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACGTGGTAAAGACCCAACGCCAGGTCGCTCTGGGAGCGATGGAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103154 GACGTGGTAAAGACCCAACGCCAGGTCGCTCTGGGAGCGATGGAGGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAGAG         TGAACCCCCTGCATGTGGACTCCACCTGGCTGCTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103204 GAGAGGTG...CAGTGAACCCCCTGCATGTGGACTCCACCTGGCTGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGCGGAGGATCCGGGCCGAGTCGGGCACCAAGGGACTCTTTGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103323 TGCGGAGGATCCGGGCCGAGTCGGGCACCAAGGGACTCTTTGCAGGTC..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965     GCTTCCTTCCTCGGATCATCAAGGCTGCCCCCTCCTGTGCCATCAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103373 .CAGGCTTCCTTCCTCGGATCATCAAGGCTGCCCCCTCCTGTGCCATCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GATCAGCACCTATGAGTTCGGCAAAAGCTTCTTCCAGAGGCTGAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103493 GATCAGCACCTATGAGTTCGGCAAAAGCTTCTTCCAGAGGCTGAACCAGG

   1150     .    :    .
   1061 ACCGGCTTCTGGGCGGC
        |||||||||||||||||
 103543 ACCGGCTTCTGGGCGGC