seq1 = pF1KE0099.tfa, 801 bp
seq2 = pF1KE0099/gi568815587r_116735811.tfa (gi568815587r:116735811_116937387), 201577 bp

>pF1KE0099 801
>gi568815587r:116735811_116937387 (Chr11)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-200  (100231-100387)   100% ->
201-801  (100977-101577)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGCTGCGGTGCTGACCTTGGCCGTGCTCTTCCTGACGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGAAAGCTGCGGTGCTGACCTTGGCCGTGCTCTTCCTGACGGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GGAGCCAGGCTCGGCATTTCTGGCAGCAAGATGAACCCCCCCAGAGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100229 AGGGAGCCAGGCTCGGCATTTCTGGCAGCAAGATGAACCCCCCCAGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGGGATCGAGTGAAGGACCTGGCCACTGTGTACGTGGATGTGCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100279 CCTGGGATCGAGTGAAGGACCTGGCCACTGTGTACGTGGATGTGCTCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGCGGCAGAGACTATGTGTCCCAGTTTGAAGGCTCCGCCTTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100329 GACAGCGGCAGAGACTATGTGTCCCAGTTTGAAGGCTCCGCCTTGGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGCTAAA         CCTAAAGCTCCTTGACAACTGGGACAGCGTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100379 ACAGCTAAAGTA...CAGCCTAAAGCTCCTTGACAACTGGGACAGCGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTCCACCTTCAGCAAGCTGCGCGAACAGCTCGGCCCTGTGACCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 CCTCCACCTTCAGCAAGCTGCGCGAACAGCTCGGCCCTGTGACCCAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCTGGGATAACCTGGAAAAGGAGACAGAGGGCCTGAGGCAGGAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 TTCTGGGATAACCTGGAAAAGGAGACAGAGGGCCTGAGGCAGGAGATGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGATCTGGAGGAGGTGAAGGCCAAGGTGCAGCCCTACCTGGACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 CAAGGATCTGGAGGAGGTGAAGGCCAAGGTGCAGCCCTACCTGGACGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAGAAGAAGTGGCAGGAGGAGATGGAGCTCTACCGCCAGAAGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 TCCAGAAGAAGTGGCAGGAGGAGATGGAGCTCTACCGCCAGAAGGTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCGCTGCGCGCAGAGCTCCAAGAGGGCGCGCGCCAGAAGCTGCACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 CCGCTGCGCGCAGAGCTCCAAGAGGGCGCGCGCCAGAAGCTGCACGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAAGAGAAGCTGAGCCCACTGGGCGAGGAGATGCGCGACCGCGCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 GCAAGAGAAGCTGAGCCCACTGGGCGAGGAGATGCGCGACCGCGCGCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCATGTGGACGCGCTGCGCACGCATCTGGCCCCCTACAGCGACGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101309 CCCATGTGGACGCGCTGCGCACGCATCTGGCCCCCTACAGCGACGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGCCAGCGCTTGGCCGCGCGCCTTGAGGCTCTCAAGGAGAACGGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101359 CGCCAGCGCTTGGCCGCGCGCCTTGAGGCTCTCAAGGAGAACGGCGGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGACTGGCCGAGTACCACGCCAAGGCCACCGAGCATCTGAGCACGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101409 CAGACTGGCCGAGTACCACGCCAAGGCCACCGAGCATCTGAGCACGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCGAGAAGGCCAAGCCCGCGCTCGAGGACCTCCGCCAAGGCCTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101459 GCGAGAAGGCCAAGCCCGCGCTCGAGGACCTCCGCCAAGGCCTGCTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GTGCTGGAGAGCTTCAAGGTCAGCTTCCTGAGCGCTCTCGAGGAGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 GTGCTGGAGAGCTTCAAGGTCAGCTTCCTGAGCGCTCTCGAGGAGTACAC

    800     .    :    .
    783 TAAGAAGCTCAACACCCAG
        |||||||||||||||||||
 101559 TAAGAAGCTCAACACCCAG