seq1 = pF1KE0064.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KE0064/gi568815597f_152659589.tfa (gi568815597f:152659589_152861325), 201737 bp

>pF1KE0064 1737
>gi568815597f:152659589_152861325 (Chr1)

1-1737  (100001-101737)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGACCAGCAGCAGATCCAGTGCCGCCTGCCGCTCCAACAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGACCAGCAGCAGATCCAGTGCCGCCTGCCGCTCCAACAGTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCAAGGGTCCCTCCTTCTGCTCCTCTCAATCCCCCTTTGCCCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCAAGGGTCCCTCCTTCTGCTCCTCTCAATCCCCCTTTGCCCAGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGTGGTGGTTCAAGCCCCTTGTGAGATGCAAATTGTGGACTGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGTGGTGGTTCAAGCCCCTTGTGAGATGCAAATTGTGGACTGCCCTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCATGCCCAGTTCAAGTTTGCCAGGTGTCAGACCAGGCTCCATGCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCATGCCCAGTTCAAGTTTGCCAGGTGTCAGACCAGGCTCCATGCCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAGACCACACAGGTGAAGTGCCAGTCTAAGACCAAGCAGGTGAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCAGACCACACAGGTGAAGTGCCAGTCTAAGACCAAGCAGGTGAAGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGCTCAATGTCAGTCTAAGACCACCCAGGTGAAGGGCCAGGCTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGCTCAATGTCAGTCTAAGACCACCCAGGTGAAGGGCCAGGCTGCATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAATCTCAAACTTCCTCTGTTCAAAGCCAGGCTCCATGCCAATCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAATCTCAAACTTCCTCTGTTCAAAGCCAGGCTCCATGCCAATCTGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCCTACGTGCAGTGCGAAGCGTCACAACCTGTTCAGACTTGCTTCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCCTACGTGCAGTGCGAAGCGTCACAACCTGTTCAGACTTGCTTCGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AATGTGCTCCAGTTTGTTATACAGAAACTTGTTATGTAGAATGCCCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AATGTGCTCCAGTTTGTTATACAGAAACTTGTTATGTAGAATGCCCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGAACTATGTACCCTGTCCAGCTCCTCAGCCTGTCCAGATGTATAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGAACTATGTACCCTGTCCAGCTCCTCAGCCTGTCCAGATGTATAGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGTCCTGCAGTGTGCCAGCCTCAGGGAAGATTCTCCACCCAGTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCGTCCTGCAGTGTGCCAGCCTCAGGGAAGATTCTCCACCCAGTGCCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATCAAGGCTCCTATAGCAGTTGTGGCCCCCAGTTTCAGTCAAGGGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATCAAGGCTCCTATAGCAGTTGTGGCCCCCAGTTTCAGTCAAGGGCTACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCAACAACTACACCCCCCAGTTCCAGTTGAGGCCTTCCTACAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCAACAACTACACCCCCCAGTTCCAGTTGAGGCCTTCCTACAGCAGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTCCCTCAGTATCGGTCCCGGACTTCATTTAGTCCCTGTGTGCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTCCCTCAGTATCGGTCCCGGACTTCATTTAGTCCCTGTGTGCCCCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCAGACCCAGGGCTCCTATGGGAGCTTCACTGAACAGCACCGCTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCAGACCCAGGGCTCCTATGGGAGCTTCACTGAACAGCACCGCTCTCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCACCAGCAGATGCCTTCCTCCTCCTCGGCGGCTGCAGCTTTTCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCACCAGCAGATGCCTTCCTCCTCCTCGGCGGCTGCAGCTTTTCCCCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCTGTTCCCCACCAAGACGTTTTGAGCCCTGCTCCAGCAGCTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCTGTTCCCCACCAAGACGTTTTGAGCCCTGCTCCAGCAGCTACCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CACTAAGACCCTCTGAAGGTTTCCCTAACTACTGCACCCCACCCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CACTAAGACCCTCTGAAGGTTTCCCTAACTACTGCACCCCACCCCGCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTGAACCCATATATAACAGTCGCTGTCCTCGCCGCCCCATTTCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCTGAACCCATATATAACAGTCGCTGTCCTCGCCGCCCCATTTCAAGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTCTCAGAGACGTGGCCCCAAGTGCCGAATCGAGATTTCCTCCCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTCTCAGAGACGTGGCCCCAAGTGCCGAATCGAGATTTCCTCCCCGTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCCCCAGGCAGGTTCCCCCACAGAGGTGTCCTGTTGAGATTCCTCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCCCCAGGCAGGTTCCCCCACAGAGGTGTCCTGTTGAGATTCCTCCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGACGCCGCTCCCAGAGCTGTGGCCCGCAGCCCTCCTGGGGCGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGACGCCGCTCCCAGAGCTGTGGCCCGCAGCCCTCCTGGGGCGCCTCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCCTGAGCTGAGGCCACACGTAGAGCCACGTCCACTCCCAAGCTTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCCTGAGCTGAGGCCACACGTAGAGCCACGTCCACTCCCAAGCTTCTGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CACCACGGCGTCTTGACCAGTGTCCAGAGTCACCACTGCAGCGATGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CACCACGGCGTCTTGACCAGTGTCCAGAGTCACCACTGCAGCGATGTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CCTCCTGCTCCACGTCCACGTCTGCGCCCAGAACCATGCATAAGTCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CCTCCTGCTCCACGTCCACGTCTGCGCCCAGAACCATGCATAAGTCTAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 ACCACGCCCGCGTCCTCTACCACGACAACTTTCAGAACCTTGTTTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 ACCACGCCCGCGTCCTCTACCACGACAACTTTCAGAACCTTGTTTGTATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CAGAACCACTTCCAGCACTACGTCCAACACCGCGGCCAGTTCCCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CAGAACCACTTCCAGCACTACGTCCAACACCGCGGCCAGTTCCCCTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CGCCCAGGGCAGTGTGAGATTCCAGAGCCACGTCCATGCCTGCAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CGCCCAGGGCAGTGTGAGATTCCAGAGCCACGTCCATGCCTGCAGCCCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGAGCACCCAGAGCCTTGTCCACGACCAGAGCCAATTCCCCTGCCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TGAGCACCCAGAGCCTTGTCCACGACCAGAGCCAATTCCCCTGCCGGCGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCTGCCCAAGCCCGGAGCCCTGCAGGGAGACTTGGCGCAGCCCCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CCTGCCCAAGCCCGGAGCCCTGCAGGGAGACTTGGCGCAGCCCCAGCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TGCTGGGGCCCAAATCCAGTTCCATACCCAGGAGACCTAGGCTGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TGCTGGGGCCCAAATCCAGTTCCATACCCAGGAGACCTAGGCTGTCATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GTCTAGTCCACACCGCCTAGACACCGAAGCTCCCTACTGTGGCCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GTCTAGTCCACACCGCCTAGACACCGAAGCTCCCTACTGTGGCCCATCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GTTACAACCAGGGGCAAGAGAGTGGTGCTGGCTGTGGGCCTGGTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GTTACAACCAGGGGCAAGAGAGTGGTGCTGGCTGTGGGCCTGGTGATGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TTTCCAGAGCGGAGGGGTCAGGATGGCCATGGAGACCAAGGCAATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TTTCCAGAGCGGAGGGGTCAGGATGGCCATGGAGACCAAGGCAATGCCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1701 TGCTGGAGTGAAAGGGGAAGCAAAGAGTGCTTATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 TGCTGGAGTGAAAGGGGAAGCAAAGAGTGCTTATTTT