seq1 = pF1KE0062.tfa, 1902 bp
seq2 = pF1KE0062/gi568815597f_241587492.tfa (gi568815597f:241587492_241901212), 313721 bp

>pF1KE0062 1902
>gi568815597f:241587492_241901212 (Chr1)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-184  (124311-124390)   100% ->
185-324  (135806-135945)   100% ->
325-451  (150872-150998)   100% ->
452-600  (154025-154173)   100% ->
601-724  (156902-157025)   100% ->
725-900  (162056-162231)   100% ->
901-1077  (169792-169968)   100% ->
1078-1165  (178727-178814)   100% ->
1166-1224  (192513-192571)   100% ->
1225-1334  (195781-195890)   100% ->
1335-1520  (200358-200543)   100% ->
1521-1626  (203100-203205)   100% ->
1627-1707  (207716-207796)   100% ->
1708-1821  (208766-208879)   100% ->
1822-1902  (213641-213721)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAATTAGATATATTTCAGCCCTAAATTGTTTTGGATCCTGCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAATTAGATATATTTCAGCCCTAAATTGTTTTGGATCCTGCTCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACAGTAATCATTCATTAGTTTTGGAATCCTTGAAGAGACTCGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACAGTAATCATTCATTAGTTTTGGAATCCTTGAAGAGACTCGAGGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTT         GCCTGTCAGAGAGTTTTCCATGCCAAGAGGAGCCAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTTGTA...CAGGCCTGTCAGAGAGTTTTCCATGCCAAGAGGAGCCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTTTTTGCTACTGTGTTAAGGCAAATGTGATTGTCACTGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124348 ACTTTTTGCTACTGTGTTAAGGCAAATGTGATTGTCACTGGAGGTG...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   GAGATGATAAGGTCATCCGGTTGTGGCACCCCAATATCAGCACCAAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135804 AGGAGATGATAAGGTCATCCGGTTGTGGCACCCCAATATCAGCACCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGTAGGGAAACTTGTAGGACACATGTTCAGTATCGCCGAGATCGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135854 CAGTAGGGAAACTTGTAGGACACATGTTCAGTATCGCCGAGATCGTAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGAAAAAGATCAACATGTCGTCAGCCTTTCCTCTGCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 135904 AATGAAAAAGATCAACATGTCGTCAGCCTTTCCTCTGCAAAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  GTTTTCCGGGTGTGGGATATACAAACTCTTTCACTATTACAAGTCTTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150871 GGTTTTCCGGGTGTGGGATATACAAACTCTTTCACTATTACAAGTCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGACAGCCAGGGAGGACCAGGAGACATGCAGATTTACTCTATGATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150921 ATGACAGCCAGGGAGGACCAGGAGACATGCAGATTTACTCTATGATATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGCCAATCATGGCATGCTTATTACGG         GATCTAGTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 150971 GATGCCAATCATGGCATGCTTATTACGGGTA...CAGGATCTAGTGTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGACATGTATCCTTTGACTAGGATGATACAAGATACAAAACAGGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154038 GGACATGTATCCTTTGACTAGGATGATACAAGATACAAAACAGGTTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACACTCATGAACGAGAAATCAATGTCATGCTTTACAACAAATATTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154088 ACACTCATGAACGAGAAATCAATGTCATGCTTTACAACAAATATTTTCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAAGTACTCACTATCTGCTCTGAATCCATAATTAGG         GTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 154138 CAAGTACTCACTATCTGCTCTGAATCCATAATTAGGGTA...TAGGTATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAACTCGAGACTGGGCTCCAAGTATACCAGATTTTAGAACCTCATGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156907 GGAACTCGAGACTGGGCTCCAAGTATACCAGATTTTAGAACCTCATGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCAATACTGAAGTGACTTCTGCAGCTGTCGATGAAAGTGGATTTCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156957 TCAATACTGAAGTGACTTCTGCAGCTGTCGATGAAAGTGGATTTCTTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCACAGGAGCGTATAATG         GAACAGTCAGAATCTGGGACTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 157007 GCCACAGGAGCGTATAATGGTC...CAGGAACAGTCAGAATCTGGGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGCAGTGGGCAGGAGATGAAGGTGTTGCCGGAGGGGAAAGACTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162078 TGGCAGTGGGCAGGAGATGAAGGTGTTGCCGGAGGGGAAAGACTGGAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGACGAGCACTGCCTACGACGCCTCATTTTCCTCAAAGCCCAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162128 AGGACGAGCACTGCCTACGACGCCTCATTTTCCTCAAAGCCCAAGAAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACCAGCAGCTGGTCCTGGCCTTGGAGCGCAACGGGACTATCAAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162178 CACCAGCAGCTGGTCCTGGCCTTGGAGCGCAACGGGACTATCAAAATGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAG         GGTAAGGAAGATGATATCTACCTCATGGTGATCTGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162228 CCAGGTT...AAGGGTAAGGAAGATGATATCTACCTCATGGTGATCTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTGCCTGATGTTGTGCCTTTCCTACAAGATGGGAAACATGCTGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169829 AGCTGCCTGATGTTGTGCCTTTCCTACAAGATGGGAAACATGCTGTGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGAGAATGTCTACTAGAGACAGGAACATGGCTATTCCTTTCCCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169879 CTGAGAATGTCTACTAGAGACAGGAACATGGCTATTCCTTTCCCAGATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGAGTTGATAGTTGAGAGGAACTTTTCTCAACCTACTGAT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 169929 CGAGTTGATAGTTGAGAGGAACTTTTCTCAACCTACTGATGTA...CAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCCCACCATGGATTTATTACGAGTGAACTGCATTGATTTACTACAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178728 ATCCCACCATGGATTTATTACGAGTGAACTGCATTGATTTACTACAAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAGGATATAATTTGATAGCAGCTGGAACCTTAAATG         AAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 178778 GAAGGATATAATTTGATAGCAGCTGGAACCTTAAATGGTG...CAGAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACATGTTATCCTTTGCAATATTAGCTCTTTCCTGGATCCACCTCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192517 ACATGTTATCCTTTGCAATATTAGCTCTTTCCTGGATCCACCTCATGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAAAG         AAATTCAAGCAGCTGCTTTCCTGGCGTGCTCATTCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192567 AAAAGGTA...TAGAAATTCAAGCAGCTGCTTTCCTGGCGTGCTCATTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTGGAAATTATTCAAGTAATCTATGTAGAAGAAAAACAAGTGGTACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195817 TTGGAAATTATTCAAGTAATCTATGTAGAAGAAAAACAAGTGGTACTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCCTCCATCGATGGCTCAGTAAG         GCTCTGGCATGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 195867 TGCCTCCATCGATGGCTCAGTAAGGTA...CAGGCTCTGGCATGCCCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATGGACATTATTGTGGATATTTTGGACAGCGAAGGCTCTTTGAATTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200375 ATGGACATTATTGTGGATATTTTGGACAGCGAAGGCTCTTTGAATTATCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAGACAAGAGATTTCATTTTGCCTTGTGATGTTACTGAATATCCCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200425 CAGACAAGAGATTTCATTTTGCCTTGTGATGTTACTGAATATCCCATAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AATAAAAGAAGAAAGCAAGTTCACAGAGAAGCAAAAATATGAATATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200475 AATAAAAGAAGAAAGCAAGTTCACAGAGAAGCAAAAATATGAATATCCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGATATTTGACCGGGAAAA         ATGGAGAAAAATGAGCTCAGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 200525 TGATATTTGACCGGGAAAAGTA...CAGATGGAGAAAAATGAGCTCAGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TCTCTACTTTTCAAACGCACACCTCCCAAGGCCTTTGAAGTGGAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203122 TCTCTACTTTTCAAACGCACACCTCCCAAGGCCTTTGAAGTGGAACAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TTTCAAGTTTTTCAAGTCTCTTTCTTCTCCTAAG         ATTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 203172 TTTCAAGTTTTTCAAGTCTCTTTCTTCTCCTAAGGTA...CAGATTCGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GATATCCCTTGGAAGGTTTCGTGACTGAAAACAGAGAGGCAGGGATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207723 GATATCCCTTGGAAGGTTTCGTGACTGAAAACAGAGAGGCAGGGATTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTCGGCTCTCTGCCTATATACAGT         ATATCAAGCCCCACTAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 207773 TTCGGCTCTCTGCCTATATACAGTGTG...CAGATATCAAGCCCCACTAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TCTAAGATTTCTTCCACTGATTGGCGTAGAAGCCCAAAAGGACTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208783 TCTAAGATTTCTTCCACTGATTGGCGTAGAAGCCCAAAAGGACTCTTCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATGGCATTACAGGAAAGAAGAAGGGAGGTCATGTTCAACGTGAAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 208833 ATGGCATTACAGGAAAGAAGAAGGGAGGTCATGTTCAACGTGAAAAAGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1822       GCACCACGAAGAAGAAGTTTGAAAAAAAATTTAGTCCCACAAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208883 ...CAGGCACCACGAAGAAGAAGTTTGAAAAAAAATTTAGTCCCACAAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1866 AAATCTGGCTTCTTCCTTCTTCCCAGCTATACCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213685 AAATCTGGCTTCTTCCTTCTTCCCAGCTATACCCAAG