seq1 = pF1KE0061.tfa, 2811 bp
seq2 = pF1KE0061/gi568815593f_140734384.tfa (gi568815593f:140734384_141109835), 375452 bp

>pF1KE0061 2811
>gi568815593f:140734384_141109835 (Chr5)

1-2355  (100001-102355)   100% ->
2356-2414  (244566-244624)   100% ->
2415-2503  (248092-248180)   100% ->
2504-2811  (275244-275551)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGCCCGAATGGATACGACCCAGGGGGCCGACATCTACTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTGCCCGAATGGATACGACCCAGGGGGCCGACATCTACTGCTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATTATAATTCTAGCAGCTTGGGAGGCAGGGAGAGGCCAGCTCCACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATTATAATTCTAGCAGCTTGGGAGGCAGGGAGAGGCCAGCTCCACTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGTCCCCGAGGAGGCTAAACATGGCAACTTCGTGGGCCGCATCGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGTCCCCGAGGAGGCTAAACATGGCAACTTCGTGGGCCGCATCGCGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCTGGGGCTGGAGCTGGCGGAGCTGGTGCCGCGCCTGTTCCGGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACCTGGGGCTGGAGCTGGCGGAGCTGGTGCCGCGCCTGTTCCGGGCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGCAAATTCCGTGGGGATCTTCTGGAGGTAAATCTGCAGAATGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTGCAAATTCCGTGGGGATCTTCTGGAGGTAAATCTGCAGAATGGCATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTTGTGAATTCTCGGATCGACCGCGAGGAGCTGTGCGGGCGGAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTTGTGAATTCTCGGATCGACCGCGAGGAGCTGTGCGGGCGGAGCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGTGCAGCATCCACCTGGAGGTGATCGTGGAAAGGCCGCTGCAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGTGCAGCATCCACCTGGAGGTGATCGTGGAAAGGCCGCTGCAGGTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCATGTGGACGTGGAGGTGAAGGACATTAACGACAACCCTCCGGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCATGTGGACGTGGAGGTGAAGGACATTAACGACAACCCTCCGGTGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGCGACACAAAGGAATCTGTTCATCGCGGAATCCAGGCCGCTTGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGCGACACAAAGGAATCTGTTCATCGCGGAATCCAGGCCGCTTGACTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGTTTCCACTAGAGGGCGCGTCCGATGCAGATATCGGGGAGAACGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGTTTCCACTAGAGGGCGCGTCCGATGCAGATATCGGGGAGAACGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCACTTACAGACTGAGCCCCAATGAGTATTTCTTCCTGGACGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTCACTTACAGACTGAGCCCCAATGAGTATTTCTTCCTGGACGTGCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAGCAACCAGCAGGTAAAACCTCTTGGACTTGTATTACGGAAACTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAGCAACCAGCAGGTAAAACCTCTTGGACTTGTATTACGGAAACTTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACAGAGAAGAAACTCCGGAGCTTCATTTATTGCTCACGGCCACCGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACAGAGAAGAAACTCCGGAGCTTCATTTATTGCTCACGGCCACCGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGCAAACCCGAGCTGACTGGCACCGTTCAATTACTCATCACGGTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGGCAAACCCGAGCTGACTGGCACCGTTCAATTACTCATCACGGTACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAACAATGACAATGCCCCAGTGTTCGACAGAACCCTGTATACGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAACAATGACAATGCCCCAGTGTTCGACAGAACCCTGTATACGGTGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTACCAGAAAACGTTTCTATCGGAACGCTGGTGATTCACCCCAATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTACCAGAAAACGTTTCTATCGGAACGCTGGTGATTCACCCCAATGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGATTTAGACGAAGGCTTGAATGGGGATATTATTTACTCCTTCTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGATTTAGACGAAGGCTTGAATGGGGATATTATTTACTCCTTCTCCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGTTTCTCCAGATATAAAATCCAAGTTCCACATGGACCCCTTAAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGTTTCTCCAGATATAAAATCCAAGTTCCACATGGACCCCTTAAGTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCAATCACAGTGATAGGACATATGGATTTTGAAGAAAGTAGAGCACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCAATCACAGTGATAGGACATATGGATTTTGAAGAAAGTAGAGCACACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GATCCCAGTCGAGGCTGTCGATAAAGGCTTCCCACCCCTGGCTGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GATCCCAGTCGAGGCTGTCGATAAAGGCTTCCCACCCCTGGCTGGTCATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTACAGTTCTTGTGGAAGTTGTGGATGTAAATGACAATGCTCCACAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GTACAGTTCTTGTGGAAGTTGTGGATGTAAATGACAATGCTCCACAGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACTCTCACTTCCCTGTCTCTCCCTATTCCAGAGGACGCCCAACCAGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACTCTCACTTCCCTGTCTCTCCCTATTCCAGAGGACGCCCAACCAGGTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGTCATCACATTGATTAGCGTGTTTGACCGAGATTTTGGAGTCAACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGTCATCACATTGATTAGCGTGTTTGACCGAGATTTTGGAGTCAACGGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGGTTACCTGCTCCCTGACGCCCCGCGTTCCCTTCAAGTTGGTGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGGTTACCTGCTCCCTGACGCCCCGCGTTCCCTTCAAGTTGGTGTCCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTCAAGAATTACTATTCATTGGTGCTGGACAGCGCTCTGGACCGCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TTCAAGAATTACTATTCATTGGTGCTGGACAGCGCTCTGGACCGCGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TGTGTCCGCCTATGAGCTGGTGGTTACCGCGCGGGACGGGGGCTCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TGTGTCCGCCTATGAGCTGGTGGTTACCGCGCGGGACGGGGGCTCGCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTCTGTGGGCCACTGCTAGCGTGTCCGTGGAGGTGGCCGACGTGAACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTCTGTGGGCCACTGCTAGCGTGTCCGTGGAGGTGGCCGACGTGAACGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 AACGCCCCGGCGTTCGCGCAGCCCGAGTATACGGTGTTCGTGAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 AACGCCCCGGCGTTCGCGCAGCCCGAGTATACGGTGTTCGTGAAGGAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CAACCCGCCGGGCTGCCACATCTTCACTGTGTCGGCGGGGGACGCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAACCCGCCGGGCTGCCACATCTTCACTGTGTCGGCGGGGGACGCGGACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CGCAGAAGAACGCGCTGGTGTCCTACTCGCTGGTGGAGCTGCGGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CGCAGAAGAACGCGCTGGTGTCCTACTCGCTGGTGGAGCTGCGGGTGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GAGCGCGCGCTGTCGAGCTACGTGTCAGTGCACGCGGAGAGCGGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GAGCGCGCGCTGTCGAGCTACGTGTCAGTGCACGCGGAGAGCGGCAAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GTACGCGCTGCAGCCGTTGGACCACGAGGAGCTGGAGCTGTTGCAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GTACGCGCTGCAGCCGTTGGACCACGAGGAGCTGGAGCTGTTGCAGTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 AGGTGAGCGCGCGCGATGCGGGCGTGCCGCCTCTGGGCAGCAACGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 AGGTGAGCGCGCGCGATGCGGGCGTGCCGCCTCTGGGCAGCAACGTGACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CTGCAGGTGTTCGTGCTGGACGAGAACGACAACGCGCCGGCACTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CTGCAGGTGTTCGTGCTGGACGAGAACGACAACGCGCCGGCACTGCTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GCCTCGGGTGGGTGGCACTGGTGGCGCAGTGAGAGAGCTTGTGCCGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GCCTCGGGTGGGTGGCACTGGTGGCGCAGTGAGAGAGCTTGTGCCGCGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 CTGTGGGCGCGGGCCATGTGGTGGCGAAGGTACGTGCAGTTGACGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 CTGTGGGCGCGGGCCATGTGGTGGCGAAGGTACGTGCAGTTGACGCTGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TCAGGCTACAACGCGTGGCTTTCGTATGAGTTGCAACCGGTGGCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TCAGGCTACAACGCGTGGCTTTCGTATGAGTTGCAACCGGTGGCGGCCGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TGCGAGCATCCCGTTCCGCGTGGGGCTGTACACTGGTGAGATCAGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 TGCGAGCATCCCGTTCCGCGTGGGGCTGTACACTGGTGAGATCAGCACGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CACGAGCCCTAGATGAGACGGACGCACCGCGCCACCGCCTTCTGGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CACGAGCCCTAGATGAGACGGACGCACCGCGCCACCGCCTTCTGGTGCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 GTGAAGGACCACGGGGAGCCCTCGCTGACAGCCACAGCCACCGTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 GTGAAGGACCACGGGGAGCCCTCGCTGACAGCCACAGCCACCGTGCTGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 GTCGCTGGTGGAAAGCGGCCAGGCACCAAAGGCGTCGTCGCGGGCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 GTCGCTGGTGGAAAGCGGCCAGGCACCAAAGGCGTCGTCGCGGGCATCGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 TGGGCATTGCAGGCCCAGAGACCGAGCTGGTGGATGTCAACGTGTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 TGGGCATTGCAGGCCCAGAGACCGAGCTGGTGGATGTCAACGTGTACCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 ATCATCGCCATCTGCGCGGTGTCCAGTCTGTTGGTGCTTACCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 ATCATCGCCATCTGCGCGGTGTCCAGTCTGTTGGTGCTTACCCTGCTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GTACACGGCGTTGCGGTGCTCAGCGCCGTCCTCTGAGGGCGCATGTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GTACACGGCGTTGCGGTGCTCAGCGCCGTCCTCTGAGGGCGCATGTAGTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TGGTAAAGCCCACTCTGGTGTGCTCCAGCGCGGTGGGGAGCTGGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TGGTAAAGCCCACTCTGGTGTGCTCCAGCGCGGTGGGGAGCTGGTCATTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 TCCCAGCAGAGGCGGCAGAGGGTGTGCTCTGGGGAGGGCCCACCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 TCCCAGCAGAGGCGGCAGAGGGTGTGCTCTGGGGAGGGCCCACCCAAGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 AGACCTCATGGCCTTCAGTCCCAGCCTTCCTCAGGGTCCATCCTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 AGACCTCATGGCCTTCAGTCCCAGCCTTCCTCAGGGTCCATCCTCTACAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 ACAAT         CCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 ACAATGTG...CAGCCACGACAGCCCAACCCTGACTGGCGTTACTCTGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392 TCCCTGAGAGCAGGCATGCACAG         CTCTGTGCACCTAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 244602 TCCCTGAGAGCAGGCATGCACAGGTA...CAGCTCTGTGCACCTAGAGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 GGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248110 GGCTGGCATTCTACGGGCTGGTCCAGGAGGGCCTGATCAGCAGTGGCCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 CAGTATCCAGTGCAACACCAG         AACCAGAGGCAGGAGAAGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 248160 CAGTATCCAGTGCAACACCAGGTA...CAGAACCAGAGGCAGGAGAAGTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2524 TCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275264 TCCCCTCCAGTCGGTGCGGGTGTCAACAGCAACAGCTGGACCTTTAAATA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2574 CGGACCAGGCAACCCCAAACAATCCGGTCCCGGTGAGTTGCCCGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275314 CGGACCAGGCAACCCCAAACAATCCGGTCCCGGTGAGTTGCCCGACAAAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2624 TCATTATCCCAGGATCTCCTGCAATCATCTCCATCCGGCAGGAGCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275364 TCATTATCCCAGGATCTCCTGCAATCATCTCCATCCGGCAGGAGCCTACT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2674 AACAGCCAAATTGACAAAAGTGACTTCATAACCTTCGGCAAAAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275414 AACAGCCAAATTGACAAAAGTGACTTCATAACCTTCGGCAAAAAGGAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2724 GACCAAGAAAAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGTAACAAGACCCAGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275464 GACCAAGAAAAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGTAACAAGACCCAGGAGAAAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .
   2774 AAGAGAAAGGGAACAGCACGACTGACAACAGTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275514 AAGAGAAAGGGAACAGCACGACTGACAACAGTGACCAG