seq1 = pF1KE0043.tfa, 1632 bp
seq2 = pF1KE0043/gi568815580r_10571530.tfa (gi568815580r:10571530_10797800), 226271 bp

>pF1KE0043 1632
>gi568815580r:10571530_10797800 (Chr18)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-201  (101262-101409)   100% ->
202-416  (101513-101727)   100% ->
417-575  (106418-106576)   100% ->
576-723  (107999-108146)   100% ->
724-816  (116048-116140)   100% ->
817-989  (117430-117602)   100% ->
990-1118  (119926-120054)   100% ->
1119-1198  (122513-122592)   100% ->
1199-1382  (124928-125111)   100% ->
1383-1632  (126022-126271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAAGCTTCAAGAACATTTAATCAAAGCAAAAGCCTTTACCATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAAGCTTCAAGAACATTTAATCAAAGCAAAAGCCTTTACCATAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAA         GACGCTGGAGATCTATGTGCCCATCAAACAGTTCTTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGTG...CAGGACGCTGGAGATCTATGTGCCCATCAAACAGTTCTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAACCTCATCCACCCGGAGTATAGCGCCGTGACTGACGTGTATGTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101300 ACAACCTCATCCACCCGGAGTATAGCGCCGTGACTGACGTGTATGTACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTTCCTGGCTGACACTGTGGACTTCATCATCATTGTCTTCGGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101350 ATGTTCCTGGCTGACACTGTGGACTTCATCATCATTGTCTTCGGCTTTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCTTTGGG         AAACACTCAGCAGCTGCAGACATCACCTCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101400 GGCCTTTGGGGTA...CAGAAACACTCAGCAGCTGCAGACATCACCTCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACTGTCAGAGGACCAGGTCCCGGGGCCGTTTTTGGTGATGGTCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101544 CACTGTCAGAGGACCAGGTCCCGGGGCCGTTTTTGGTGATGGTCCTCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTTTGGAACCATGGTGGTGGACCGAGCCCTCTACCTCAGGAAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101594 CAGTTTGGAACCATGGTGGTGGACCGAGCCCTCTACCTCAGGAAGACTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTGGGAAAGGTCATCTTCCAGGTCATTCTTGTGTTCGGAATTCACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 ACTGGGAAAGGTCATCTTCCAGGTCATTCTTGTGTTCGGAATTCACTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGATGTTCTTCATCTTACCTGGTGTGACTGAGAG         GAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101694 GGATGTTCTTCATCTTACCTGGTGTGACTGAGAGGTA...TAGGAAATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCCAGAACCTGGTTGCCCAGCTTTGGTACTTTGTGAAATGTGTTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106425 AGCCAGAACCTGGTTGCCCAGCTTTGGTACTTTGTGAAATGTGTTTACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGGGTTGTCTGCTTACCAGATCCGTTGTGGCTACCCAACGCGAGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106475 CGGGTTGTCTGCTTACCAGATCCGTTGTGGCTACCCAACGCGAGTCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAACTTCCTCACCAAGAGCTACAATTACGTCAACCTCTTCTTATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106525 GGAACTTCCTCACCAAGAGCTACAATTACGTCAACCTCTTCTTATTCCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GG         GTTTCGCCTCGTGCCCTTTTTGACTGAGCTGAGGGCAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106575 GGGTA...CAGGTTTCGCCTCGTGCCCTTTTTGACTGAGCTGAGGGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATGGACTGGGTGTGGACGGACACAACTTTGAGCCTGTCCAGCTGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108038 GATGGACTGGGTGTGGACGGACACAACTTTGAGCCTGTCCAGCTGGATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGTGGAGGACATCTATGCTCACATATTCATCCTGAAGTGTTGGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108088 GTGTGGAGGACATCTATGCTCACATATTCATCCTGAAGTGTTGGCGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCGGAGAAG         CCTATTTTCACAATGAGTGCCCAACAAAGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108138 TCGGAGAAGGTA...CAGCCTATTTTCACAATGAGTGCCCAACAAAGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTGAAAGTTATGGACCAGCAGAGCTTTAACAAATTTATACAAGCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116080 GTTGAAAGTTATGGACCAGCAGAGCTTTAACAAATTTATACAAGCTTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTAGGGACACC         GGTGCTATGCAATTTCTGGAAAATTATGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116130 CTAGGGACACCGTA...CAGGGTGCTATGCAATTTCTGGAAAATTATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGAAGACATAACAGTAGCAGAACTGGAAGGAAACTCAAATTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117460 AAAGAAGACATAACAGTAGCAGAACTGGAAGGAAACTCAAATTCTTTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GACCATCAGCCCACCCAGTAAGCAGAAAATGATACACGAACTCCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117510 GACCATCAGCCCACCCAGTAAGCAGAAAATGATACACGAACTCCTGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCAATAGTAGCTTCTCTGTTGTTTTTTCATGGAGTATTCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117560 CCAATAGTAGCTTCTCTGTTGTTTTTTCATGGAGTATTCAGAGGTA...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990   AAACTTAAGTCTGGGTGCAAAATCGGAAATAGCAACAGATAAGCTTTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119924 AGAAACTTAAGTCTGGGTGCAAAATCGGAAATAGCAACAGATAAGCTTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTTTCCTCTTAAAAATATTACTCGAAAGAATATCGCTAAAATGATAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119974 TTTTCCTCTTAAAAATATTACTCGAAAGAATATCGCTAAAATGATAGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCAACAGCACAGAAAGTTCAAAAACACCAGT         GACCATAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120024 GCAACAGCACAGAAAGTTCAAAAACACCAGTGTA...CAGGACCATAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGATTTATCCATATTATGTGAAAGCACCTAGTGATTCTAACTCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122523 AAGATTTATCCATATTATGTGAAAGCACCTAGTGATTCTAACTCAAAACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TATAAAGCAACTTTTATCTG         AAAATAATTTCATGGATATTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 122573 TATAAAGCAACTTTTATCTGGTA...TAGAAAATAATTTCATGGATATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCATCATTTTGTCCAGAGACAATACAACTAAATATAACAGTGAGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124949 CCATCATTTTGTCCAGAGACAATACAACTAAATATAACAGTGAGTGGTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTTCTCAACCTGACTGGAAACAGAATATACAATCCGAACTCTCAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124999 GTTCTCAACCTGACTGGAAACAGAATATACAATCCGAACTCTCAGGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGAACTGGTGGTCTTCAATGACAAAGTCAGTCCCCCAAGTCTGGGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125049 GGAACTGGTGGTCTTCAATGACAAAGTCAGTCCCCCAAGTCTGGGGTTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGCTGGCTATGG         TATTATGGGATTATATGCTTCAGTTGTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 125099 TGGCTGGCTATGGGTA...CAGTATTATGGGATTATATGCTTCAGTTGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTTGTGATTGGGAAATTTGTCCGTGAATTCTTCAGTGGGATTTCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126050 CTTGTGATTGGGAAATTTGTCCGTGAATTCTTCAGTGGGATTTCTCACTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATCATGTTTGAAGAGCTTCCAAATGTGGATCGAATTTTGAAGTTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126100 CATCATGTTTGAAGAGCTTCCAAATGTGGATCGAATTTTGAAGTTGTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAGATATTTTTTTAGTTCGAGAGACAGGAGAACTGGAGCTAGAAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126150 CAGATATTTTTTTAGTTCGAGAGACAGGAGAACTGGAGCTAGAAGAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CTCTATGCCAAATTAATATTCCTATATCGCTCACCAGAGACAATGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126200 CTCTATGCCAAATTAATATTCCTATATCGCTCACCAGAGACAATGATCAA

   1700     .    :    .    :
   1611 ATGGACTAGAGAAAAAACAAAT
        ||||||||||||||||||||||
 126250 ATGGACTAGAGAAAAAACAAAT