seq1 = pF1KE0042.tfa, 1533 bp
seq2 = pF1KE0042/gi568815587f_45081762.tfa (gi568815587f:45081762_45324905), 243144 bp

>pF1KE0042 1533
>gi568815587f:45081762_45324905 (Chr11)

1-96  (14045-14140)   100% ->
97-221  (100000-100124)   100% ->
222-325  (100485-100588)   100% ->
326-588  (101100-101362)   100% ->
589-656  (122950-123017)   100% ->
657-844  (137809-137996)   100% ->
845-1533  (142456-143144)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGAAGATGGCAGAGCCAATTGCATCCCTGATGATCGTGGAGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14045 ATGTTGAAGATGGCAGAGCCAATTGCATCCCTGATGATCGTGGAGTGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTGCCTGAGATGCTCACCTCTCTTCCTTTACCAGAGAGAGAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  14095 GGCCTGCCTGAGATGCTCACCTCTCTTCCTTTACCAGAGAGAGAAAGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GACAGAATGACCGAGAACATGAAGGAGTGCTTGGCCCAGACCAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  14145 ..CAGGACAGAATGACCGAGAACATGAAGGAGTGCTTGGCCCAGACCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGCCGTGGGGGATATGGTGACGGTGGTGAAGACGGAGGTCTGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GCAGCCGTGGGGGATATGGTGACGGTGGTGAAGACGGAGGTCTGCTCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTCCGAGACCAGGAGTATGGCCAGCCCTG         CTCTAGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100095 ACTCCGAGACCAGGAGTATGGCCAGCCCTGGTG...CAGCTCTAGGAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGACTCCTCGGCCATGGAAGTTGAGCCCAAGAAACTGAAGGGGAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 CGGACTCCTCGGCCATGGAAGTTGAGCCCAAGAAACTGAAGGGGAAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACCTCATCGTGCCCAAAAGCTTCCAGCAAGTGGACTTCTGGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100546 GACCTCATCGTGCCCAAAAGCTTCCAGCAAGTGGACTTCTGGTGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   TCTGTGAGTCCTGCCAGGAGTACTTCGTGGATGAATGCCCAAACCATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 AGTCTGTGAGTCCTGCCAGGAGTACTTCGTGGATGAATGCCCAAACCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCCCCCGGTGTTTGTGTCTGACACACCGGTGCCCGTGGGCATCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 GCCCCCCGGTGTTTGTGTCTGACACACCGGTGCCCGTGGGCATCCCAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGGCGGCGCTCACCATCCCACAGGGCATGGAGGTGGTCAAGGACACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 CGGGCGGCGCTCACCATCCCACAGGGCATGGAGGTGGTCAAGGACACTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAGAGAGTGACGTGCGATGTGTAAACGAGGTCATCCCCAAGGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101248 TGGAGAGAGTGACGTGCGATGTGTAAACGAGGTCATCCCCAAGGGCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTCGGCCCCTATGAGGGGCAGATCTCCACCCAGGACAAATCAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 TCTTCGGCCCCTATGAGGGGCAGATCTCCACCCAGGACAAATCAGCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCTTCTCCTGGCTG         ATTGTGGACAAGAACAACCGCTATAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101348 TTCTTCTCCTGGCTGGTG...CAGATTGTGGACAAGAACAACCGCTATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTCCATAGATGGCTCAGACGAGACCAAAGCCAACTGGATGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 122976 GTCCATAGATGGCTCAGACGAGACCAAAGCCAACTGGATGAGGTG...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  GTACGTGGTCATCTCCCGGGAGGAGAGGGAGCAGAACCTGCTGGCGTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137808 GGTACGTGGTCATCTCCCGGGAGGAGAGGGAGCAGAACCTGCTGGCGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGCACAGTGAGCGCATCTACTTCCGGGCGTGCAGGGACATCCGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137858 CAGCACAGTGAGCGCATCTACTTCCGGGCGTGCAGGGACATCCGGCCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAGTGGCTGCGGGTCTGGTACAGCGAGGACTACATGAAGCGCCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137908 GGAGTGGCTGCGGGTCTGGTACAGCGAGGACTACATGAAGCGCCTGCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCATGTCCCAGGAAACCATTCACCGCAACCTGGCCAGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 137958 GCATGTCCCAGGAAACCATTCACCGCAACCTGGCCAGAGGTG...TAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAAGAGGTTGCAGAGGGAGAAGTCTGAGCAGGTTCTGGATAACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142458 GAGAAGAGGTTGCAGAGGGAGAAGTCTGAGCAGGTTCTGGATAACCCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGACCTGAGGGGTCCCATTCATCTCTCTGTGCTGAGACAGGGCAAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142508 AGACCTGAGGGGTCCCATTCATCTCTCTGTGCTGAGACAGGGCAAAAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCTACAAGCGTGGCTTTGATGAGGGGGATGTACACCCCCAAGCTAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142558 CCTACAAGCGTGGCTTTGATGAGGGGGATGTACACCCCCAAGCTAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGAAAATTGACCTGATTTTCAAGGATGTTCTGGAGGCCTCACTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142608 AAGAAAATTGACCTGATTTTCAAGGATGTTCTGGAGGCCTCACTGGAATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCGAAGGTGGAAGCCCACCAGTTGGCCCTGAGCACCTCACTGGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142658 TGCGAAGGTGGAAGCCCACCAGTTGGCCCTGAGCACCTCACTGGTCATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGAAAGTCCCCAAATACCAGGATGACGCCTACAGTCAGTGTGCAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142708 GGAAAGTCCCCAAATACCAGGATGACGCCTACAGTCAGTGTGCAACAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATGACCCATGGTGTGCAGAATATAGGCCAGACCCAGGGGGAGGGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142758 ATGACCCATGGTGTGCAGAATATAGGCCAGACCCAGGGGGAGGGGGACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAAGGTCCCCCAGGGGGTCTCCAAGGAGCCAGGCCAATTGGAGGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142808 GAAGGTCCCCCAGGGGGTCTCCAAGGAGCCAGGCCAATTGGAGGATGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AAGAGGAGCCTTCATCATTCAAGGCCGACAGTCCTGCCGAGGCCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142858 AAGAGGAGCCTTCATCATTCAAGGCCGACAGTCCTGCCGAGGCCTCCCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCATCTGACCCTCATGAACTTCCCACCACCTCTTTTTGCCCTAACTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142908 GCATCTGACCCTCATGAACTTCCCACCACCTCTTTTTGCCCTAACTGTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCGCCTAAAGAAGAAGGTTCGGGAGCTCCAGGCAGAATTAGACATGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142958 TCGCCTAAAGAAGAAGGTTCGGGAGCTCCAGGCAGAATTAGACATGCTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGTCTGGGAAACTTCCTGAGCCCCCCGTATTGCCACCACAGGTACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143008 AGTCTGGGAAACTTCCTGAGCCCCCCGTATTGCCACCACAGGTACTGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CTCCCAGAGTTCTCGGACCCTGCAGGTAAGTTGGTTTGGATGAGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143058 CTCCCAGAGTTCTCGGACCCTGCAGGTAAGTTGGTTTGGATGAGATTATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1497 GTCGGAGGGCAGAGTACGCAGTGGGCTGTGTGGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143108 GTCGGAGGGCAGAGTACGCAGTGGGCTGTGTGGAGGG