seq1 = pF1KE0035.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KE0035/gi568815596r_18455194.tfa (gi568815596r:18455194_18660572), 205379 bp

>pF1KE0035 1008
>gi568815596r:18455194_18660572 (Chr2)

(complement)

1-393  (100001-100393)   100% ->
394-1008  (104765-105379)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGTGGCCACTGCGGCGGCAGTACTGGCCGCTCTGGGCGGGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGTGGCCACTGCGGCGGCAGTACTGGCCGCTCTGGGCGGGGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGCTGGCGGCCCGCCGGTTCGTGGGGCCCAGGGTCCAGCGGCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGGCTGGCGGCCCGCCGGTTCGTGGGGCCCAGGGTCCAGCGGCTGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGCGGGGACCCCGGCCTCATGCACGGGAAGACTGTGCTGATCACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGGCGGGGACCCCGGCCTCATGCACGGGAAGACTGTGCTGATCACCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGAACAGCGGCCTGGGCCGCGCCACGGCCGCCGAGCTACTGCGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGAACAGCGGCCTGGGCCGCGCCACGGCCGCCGAGCTACTGCGCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCGCGGGTGATCATGGGCTGCCGGGACCGCGCGCGCGCCGAGGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCGCGGGTGATCATGGGCTGCCGGGACCGCGCGCGCGCCGAGGAGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGTCAGCTCCGCCGCGAGCTCCGCCAGGCCGCGGAGTGCGGCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGGTCAGCTCCGCCGCGAGCTCCGCCAGGCCGCGGAGTGCGGCCCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTGGCGTCAGCGGGGTGGGCGAGCTCATAGTCCGGGAGCTGGACCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTGGCGTCAGCGGGGTGGGCGAGCTCATAGTCCGGGAGCTGGACCTCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCGCTGCGCTCGGTGCGCGCCTTCTGCCAGGAAATGCTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100351 CTCGCTGCGCTCGGTGCGCGCCTTCTGCCAGGAAATGCTCCAGGTG...A

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394   GAAGAGCCTAGGCTGGATGTCTTGATCAATAACGCAGGGATCTTCCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104763 AGGAAGAGCCTAGGCTGGATGTCTTGATCAATAACGCAGGGATCTTCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGCCCTTACATGAAGACTGAAGATGGGTTTGAGATGCAGTTCGGAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104813 TGCCCTTACATGAAGACTGAAGATGGGTTTGAGATGCAGTTCGGAGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCATCTGGGGCACTTTCTACTCACCAATCTTCTCCTTGGACTCCTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104863 CCATCTGGGGCACTTTCTACTCACCAATCTTCTCCTTGGACTCCTCAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTTCAGCTCCCAGCAGGATTGTGGTAGTTTCTTCCAAACTTTATAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104913 GTTCAGCTCCCAGCAGGATTGTGGTAGTTTCTTCCAAACTTTATAAATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGAGACATCAATTTTGATGACTTGAACAGTGAACAAAGCTATAATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104963 GGAGACATCAATTTTGATGACTTGAACAGTGAACAAAGCTATAATAAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTTTGTTATAGCCGGAGCAAACTGGCTAACATTCTTTTTACCAGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105013 CTTTTGTTATAGCCGGAGCAAACTGGCTAACATTCTTTTTACCAGGGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TAGCCCGCCGCTTAGAAGGCACAAATGTCACCGTCAATGTGTTGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105063 TAGCCCGCCGCTTAGAAGGCACAAATGTCACCGTCAATGTGTTGCATCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGTATTGTACGGACAAATCTGGGGAGGCACATACACATTCCACTGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105113 GGTATTGTACGGACAAATCTGGGGAGGCACATACACATTCCACTGTTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAAACCACTCTTCAATTTGGTGTCATGGGCTTTTTTCAAAACTCCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105163 CAAACCACTCTTCAATTTGGTGTCATGGGCTTTTTTCAAAACTCCAGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AAGGTGCCCAGACTTCCATTTATTTGGCCTCTTCACCTGAGGTAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105213 AAGGTGCCCAGACTTCCATTTATTTGGCCTCTTCACCTGAGGTAGAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGTCAGGAAGATACTTTGGGGATTGTAAAGAGGAAGAACTGTTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105263 GTGTCAGGAAGATACTTTGGGGATTGTAAAGAGGAAGAACTGTTGCCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGCTATGGATGAATCTGTTGCAAGAAAACTCTGGGATATCAGTGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105313 AGCTATGGATGAATCTGTTGCAAGAAAACTCTGGGATATCAGTGAAGTGA

   1000     .    :    .
    992 TGGTTGGCCTGCTAAAA
        |||||||||||||||||
 105363 TGGTTGGCCTGCTAAAA