seq1 = pF1KE0027.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KE0027/gi568815597f_155645829.tfa (gi568815597f:155645829_155850134), 204306 bp

>pF1KE0027 1710
>gi568815597f:155645829_155850134 (Chr1)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-220  (100177-100312)   100% ->
221-290  (100791-100860)   98% ->
291-366  (100968-101043)   100% ->
367-421  (101301-101355)   100% ->
422-560  (101441-101579)   100% ->
561-678  (101735-101852)   100% ->
679-813  (101934-102068)   99% ->
814-966  (102149-102299)   97% ->
967-1099  (102572-102703)   98% ->
1100-1283  (102778-102960)   99% ->
1284-1388  (103499-103603)   100% ->
1389-1498  (103694-103803)   100% ->
1499-1710  (104095-104306)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCGGGGCCCGGGAGGTGCTCACACTGCAGTTGGGACATTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCGGGGCCCGGGAGGTGCTCACACTGCAGTTGGGACATTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGTTTCGTGGGCGCGCACTGGTGGAACCAGCAG         GATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CGGTTTCGTGGGCGCGCACTGGTGGAACCAGCAGGTG...CAGGATGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCTGGGCCGAGCGACCGATTCCAAGGAGCCCCCGGGAGAGCTGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100184 CGCTGGGCCGAGCGACCGATTCCAAGGAGCCCCCGGGAGAGCTGTGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACGTCCTGTATCGTACGGGCCGGACGCTGCACGGCCAGGAGACCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100234 GACGTCCTGTATCGTACGGGCCGGACGCTGCACGGCCAGGAGACCTACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCGCGACTCATCCTCATGGATCTGAAGG         GTAGTTTGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100284 GCCGCGACTCATCCTCATGGATCTGAAGGGTG...CAGGTAGTTTGAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTAAAAGAGGAAGGTGGGCTCTACAGGGACAAACAGTTGGATGCTGCA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100803 CCCTAAAAGAGGAAGGTGGACTCTACAGGGACAAACAGTTGGATGCTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATAGCATG         GCAGGGGAAGCTCACCACACACAAAGAGGAACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100853 ATAGCATGGTG...CAGGCAGGGGAAGCTCACCACACACAAAGAGGAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTATCCCAAGAACCCTTATCTCCAAGACTTTCTGAGTGCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101001 CTATCCCAAGAACCCTTATCTCCAAGACTTTCTGAGTGCAGAGGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   GGAGTGCTGAGTAGTGATGGTGTCTGGAGGGTCAAATCCATTCCCAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 AGGGAGTGCTGAGTAGTGATGGTGTCTGGAGGGTCAAATCCATTCCCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGCAAAG         GTTCCTCACCACTCCCCACCGCTACAACTCCAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 GGCAAAGGTG...CAGGTTCCTCACCACTCCCCACCGCTACAACTCCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACCACTTATCCCTACAGAGGCCAGCATCAGGGTCTGGTCAGACTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101475 ACCACTTATCCCTACAGAGGCCAGCATCAGGGTCTGGTCAGACTTCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGTCCATCTCCATCCCCGGAGCATCTGTATGATTCAGAAGTACAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101525 GAGTCCATCTCCATCCCCGGAGCATCTGTATGATTCAGAAGTACAACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGG         GGAAGCAGGTCGGCTGGAGGCTTTTGGCCAAGGGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101575 GATGGGTA...CAGGGAAGCAGGTCGGCTGGAGGCTTTTGGCCAAGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGTGTCCTAAAGGAACCCAAGTACCAGGAAGAGCTGGAGGACAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101771 AAGTGTCCTAAAGGAACCCAAGTACCAGGAAGAGCTGGAGGACAGGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTTCTACGTGGAGGAATGTGACTACTTGCAG         GGCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101821 ATTTCTACGTGGAGGAATGTGACTACTTGCAGGTA...CAGGGCTTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATCCTGTGTGACCTGCACGATGGCTTCTCTGGGGTAGGCGCGAAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 ATCCTGTGTGACCTGCACGATGGCTTCTCTGGGGTAGGCGCGAAGGCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAGCTGCTACAAGATGAATATTCAGGGCGGGGAATAATAACCTGGGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 101993 AGAGCTGCTACAAGATGAATATTCAGGGCGGGGAATAATAACTTGGGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGCTACCTGGTCCCTACCATCGTGGG         GAGGCCCAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102043 TGCTACCTGGTCCCTACCATCGTGGGGTG...GAGGAGGCCCAGAGAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCTATCGTCTATTAAACACAGCTTTTGGTCTCGTGCACCTGACTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102164 ATCTATCGTCTATTAAACACAGCTTTTGGTCTCGTGCACCTGACTGCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGCTCTCTTGTCTGCCCCTTGTCCTTGGGTGGGAGCCTGGGCCTGCGAC
        ||||||||--||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102214 CAGCTCTC  GTCTGCCCCTTGTCCTTGGGTGGGAGCCTGGGCCTGCGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCGAGCCACCTGTCAGCTTCCCTTACCTGCATTATGAT         GCC
        | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102262 CTGAGCCACCTGTCAACTTCCCTTACCTGCATTATGATGTA...CAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACTCTGCCCTTCCACTGCAGTGCCATCCTGGCTACAGCCCTGGACACAGT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102575 ATTCTGCCCTTCCACTGCAGTGCCATCCTGGCTACAGCCCTGGACACAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CACTGTTCCTTATCGCCTGTGTTCCTCTCCAGTTTCCATGGTTCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102625 CACTGTTCCTTATCGCCTGTGTTCCTCTCCAGTTTCCATGGTTCATCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGACATGCTGAGCTTCTGTGGGAAAAAGG         TGGTGACAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||->>>...>>>|||||||||||
 102675 CTGACATGCTGAGCTTCTGTGGGAAAAAG GTA...AAGTGGTGACAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGAGCAATCATCCCTTTCCCCTTGGCTCCAGGCCAGTCCCTTCCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102789 GGAGCAATCATCCCTTTCCCCTTGGCTCCAGGCCAGTCCCTTCCTGATTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCTGATGCAGTTTGGAGGAGCCACCCCATGGACCCCACTGTCTGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102839 CCTGATGCAGTTTGGAGGAGCCACCCCATGGACCCCACTGTCTGCATGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGGAGCCTTCTGGAACACGTTGCTTTGCCCAGTCAGTGGTGCTGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|
 102889 GGGAGCCTTCTGGAACACGTTGCTTTGCCCAGTCAGTGGTGCTGAGGG T

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATAGACAGAGCATGCCACACAAG         CCAGCTCACCCCAGGGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102938 ATAGACAGAGCATGCCACACAAGGTG...CAGCCAGCTCACCCCAGGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACCTCCACCCTCTGCCCTTCATGCATGTACCACTGGGGAAGAAATCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103517 ACCTCCACCCTCTGCCCTTCATGCATGTACCACTGGGGAAGAAATCTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTCAGTATTTACAACAGCAGCAGCCTGGAGTCATGAG         TTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103567 CTCAGTATTTACAACAGCAGCAGCCTGGAGTCATGAGGTC...CAGTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TCCCATCTGCTGCTGACTCCCTGCAGGGTGGCTCCTCCTTACCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103698 TCCCATCTGCTGCTGACTCCCTGCAGGGTGGCTCCTCCTTACCCCCACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTTCTCAAGCTGCAGTCCACCGGGTATGGTTCTGGATGGTTCCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103748 CTTCTCAAGCTGCAGTCCACCGGGTATGGTTCTGGATGGTTCCCCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGCAG         CAGTGGAGAGCATCCCAGTGTTTGGGGCACTGTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103798 GAGCAGGTA...CAGCAGTGGAGAGCATCCCAGTGTTTGGGGCACTGTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCTCTTCGTCCCTGCACCAGACCCTGGAAGCCTTGGCCAGAGACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 TCCTCTTCGTCCCTGCACCAGACCCTGGAAGCCTTGGCCAGAGACCTCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAAACTCGACTTGCGGCGCTGGGCCAGCTTCATGGATGCTGGAGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 CAAACTCGACTTGCGGCGCTGGGCCAGCTTCATGGATGCTGGAGTGGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACGATGACGTAGCAGAGCTGCTGCAGGAGCTACAAAGCCTGGCCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104230 ACGATGACGTAGCAGAGCTGCTGCAGGAGCTACAAAGCCTGGCCCAGTGC

   1800     .    :    .    :    .
   1684 TACCAGGGTGGTGACAGCCTCGTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 104280 TACCAGGGTGGTGACAGCCTCGTGGAC