seq1 = pF1KE0027.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KE0027/gi568815597f_155510249.tfa (gi568815597f:155510249_155714270), 204022 bp

>pF1KE0027 1710
>gi568815597f:155510249_155714270 (Chr1)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-220  (100177-100312)   100% ->
221-290  (100791-100860)   98% ->
291-366  (100968-101043)   100% ->
367-421  (101301-101355)   100% ->
422-560  (101441-101579)   100% ->
561-678  (101735-101852)   100% ->
679-813  (101934-102068)   100% ->
814-966  (102170-102322)   100% ->
967-1098  (102596-102727)   100% ->
1099-1283  (102801-102985)   100% ->
1284-1388  (103214-103318)   100% ->
1389-1498  (103409-103518)   100% ->
1499-1710  (103811-104022)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCGGGGCCCGGGAGGTGCTCACACTGCAGTTGGGACATTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCGGGGCCCGGGAGGTGCTCACACTGCAGTTGGGACATTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGTTTCGTGGGCGCGCACTGGTGGAACCAGCAG         GATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CGGTTTCGTGGGCGCGCACTGGTGGAACCAGCAGGTG...CAGGATGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCTGGGCCGAGCGACCGATTCCAAGGAGCCCCCGGGAGAGCTGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100184 CGCTGGGCCGAGCGACCGATTCCAAGGAGCCCCCGGGAGAGCTGTGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACGTCCTGTATCGTACGGGCCGGACGCTGCACGGCCAGGAGACCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100234 GACGTCCTGTATCGTACGGGCCGGACGCTGCACGGCCAGGAGACCTACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCGCGACTCATCCTCATGGATCTGAAGG         GTAGTTTGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100284 GCCGCGACTCATCCTCATGGATCTGAAGGGTG...CAGGTAGTTTGAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTAAAAGAGGAAGGTGGGCTCTACAGGGACAAACAGTTGGATGCTGCA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100803 CCCTAAAAGAGGAAGGTGGACTCTACAGGGACAAACAGTTGGATGCTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATAGCATG         GCAGGGGAAGCTCACCACACACAAAGAGGAACT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100853 ATAGCATGGTG...CAGGCAGGGGAAGCTCACCACACACAAAGAGGAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTATCCCAAGAACCCTTATCTCCAAGACTTTCTGAGTGCAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101001 CTATCCCAAGAACCCTTATCTCCAAGACTTTCTGAGTGCAGAGGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   GGAGTGCTGAGTAGTGATGGTGTCTGGAGGGTCAAATCCATTCCCAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 AGGGAGTGCTGAGTAGTGATGGTGTCTGGAGGGTCAAATCCATTCCCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGCAAAG         GTTCCTCACCACTCCCCACCGCTACAACTCCAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 GGCAAAGGTG...CAGGTTCCTCACCACTCCCCACCGCTACAACTCCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ACCACTTATCCCTACAGAGGCCAGCATCAGGGTCTGGTCAGACTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101475 ACCACTTATCCCTACAGAGGCCAGCATCAGGGTCTGGTCAGACTTCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGTCCATCTCCATCCCCGGAGCATCTGTATGATTCAGAAGTACAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101525 GAGTCCATCTCCATCCCCGGAGCATCTGTATGATTCAGAAGTACAACCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGG         GGAAGCAGGTCGGCTGGAGGCTTTTGGCCAAGGGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101575 GATGGGTA...CAGGGAAGCAGGTCGGCTGGAGGCTTTTGGCCAAGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAGTGTCCTAAAGGAACCCAAGTACCAGGAAGAGCTGGAGGACAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101771 AAGTGTCCTAAAGGAACCCAAGTACCAGGAAGAGCTGGAGGACAGGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTTCTACGTGGAGGAATGTGACTACTTGCAG         GGCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101821 ATTTCTACGTGGAGGAATGTGACTACTTGCAGGTA...CAGGGCTTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATCCTGTGTGACCTGCACGATGGCTTCTCTGGGGTAGGCGCGAAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101943 ATCCTGTGTGACCTGCACGATGGCTTCTCTGGGGTAGGCGCGAAGGCGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAGCTGCTACAAGATGAATATTCAGGGCGGGGAATAATAACCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101993 AGAGCTGCTACAAGATGAATATTCAGGGCGGGGAATAATAACCTGGGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGCTACCTGGTCCCTACCATCGTGGG         GAGGCCCAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102043 TGCTACCTGGTCCCTACCATCGTGGGGTG...CAGGAGGCCCAGAGAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCTATCGTCTATTAAACACAGCTTTTGGTCTCGTGCACCTGACTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102185 ATCTATCGTCTATTAAACACAGCTTTTGGTCTCGTGCACCTGACTGCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGCTCTCTTGTCTGCCCCTTGTCCTTGGGTGGGAGCCTGGGCCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102235 CAGCTCTCTTGTCTGCCCCTTGTCCTTGGGTGGGAGCCTGGGCCTGCGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CCGAGCCACCTGTCAGCTTCCCTTACCTGCATTATGAT         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102285 CCGAGCCACCTGTCAGCTTCCCTTACCTGCATTATGATGTA...CAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACTCTGCCCTTCCACTGCAGTGCCATCCTGGCTACAGCCCTGGACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102599 ACTCTGCCCTTCCACTGCAGTGCCATCCTGGCTACAGCCCTGGACACAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CACTGTTCCTTATCGCCTGTGTTCCTCTCCAGTTTCCATGGTTCATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102649 CACTGTTCCTTATCGCCTGTGTTCCTCTCCAGTTTCCATGGTTCATCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGACATGCTGAGCTTCTGTGGGAAAAAG         GTGGTGACAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102699 CTGACATGCTGAGCTTCTGTGGGAAAAAGGTA...TAGGTGGTGACAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGAGCAATCATCCCTTTCCCCTTGGCTCCAGGCCAGTCCCTTCCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102813 GGAGCAATCATCCCTTTCCCCTTGGCTCCAGGCCAGTCCCTTCCTGATTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCTGATGCAGTTTGGAGGAGCCACCCCATGGACCCCACTGTCTGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102863 CCTGATGCAGTTTGGAGGAGCCACCCCATGGACCCCACTGTCTGCATGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GGGAGCCTTCTGGAACACGTTGCTTTGCCCAGTCAGTGGTGCTGAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102913 GGGAGCCTTCTGGAACACGTTGCTTTGCCCAGTCAGTGGTGCTGAGGGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATAGACAGAGCATGCCACACAAG         CCAGCTCACCCCAGGGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102963 ATAGACAGAGCATGCCACACAAGGTG...CAGCCAGCTCACCCCAGGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ACCTCCACCCTCTGCCCTTCATGCATGTACCACTGGGGAAGAAATCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103232 ACCTCCACCCTCTGCCCTTCATGCATGTACCACTGGGGAAGAAATCTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CTCAGTATTTACAACAGCAGCAGCCTGGAGTCATGAG         TTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103282 CTCAGTATTTACAACAGCAGCAGCCTGGAGTCATGAGGTC...CAGTTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TCCCATCTGCTGCTGACTCCCTGCAGGGTGGCTCCTCCTTACCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103413 TCCCATCTGCTGCTGACTCCCTGCAGGGTGGCTCCTCCTTACCCCCACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTTCTCAAGCTGCAGTCCACCGGGTATGGTTCTGGATGGTTCCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103463 CTTCTCAAGCTGCAGTCCACCGGGTATGGTTCTGGATGGTTCCCCCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGCAG         CAGTGGAGAGCATCCCAGTGTTTGGGGCACTGTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103513 GAGCAGGTA...CAGCAGTGGAGAGCATCCCAGTGTTTGGGGCACTGTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCTCTTCGTCCCTGCACCAGACCCTGGAAGCCTTGGCCAGAGACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103846 TCCTCTTCGTCCCTGCACCAGACCCTGGAAGCCTTGGCCAGAGACCTCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAAACTCGACTTGCGGCGCTGGGCCAGCTTCATGGATGCTGGAGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103896 CAAACTCGACTTGCGGCGCTGGGCCAGCTTCATGGATGCTGGAGTGGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACGATGACGTAGCAGAGCTGCTGCAGGAGCTACAAAGCCTGGCCCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103946 ACGATGACGTAGCAGAGCTGCTGCAGGAGCTACAAAGCCTGGCCCAGTGC

   1800     .    :    .    :    .
   1684 TACCAGGGTGGTGACAGCCTCGTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 103996 TACCAGGGTGGTGACAGCCTCGTGGAC