seq1 = pF1KE0016.tfa, 2223 bp
seq2 = pF1KE0016/gi568815585r_100504997.tfa (gi568815585r:100504997_100768740), 263744 bp

>pF1KE0016 2223
>gi568815585r:100504997_100768740 (Chr13)

(complement)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-278  (104405-104520)   100% ->
279-495  (105561-105777)   100% ->
496-583  (112273-112360)   100% ->
584-684  (126430-126530)   100% ->
685-777  (130719-130811)   100% ->
778-942  (131039-131203)   100% ->
943-1145  (132007-132209)   100% ->
1146-1317  (133546-133717)   100% ->
1318-1449  (133805-133936)   100% ->
1450-1529  (142591-142670)   100% ->
1530-1637  (142849-142956)   100% ->
1638-1779  (143065-143206)   100% ->
1780-1894  (154311-154425)   100% ->
1895-2007  (156231-156343)   100% ->
2008-2077  (162314-162383)   100% ->
2078-2223  (163599-163744)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGTGTTGGACACTGATTTGGATCACATTCTTCCATCTTCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGTGTTGGACACTGATTTGGATCACATTCTTCCATCTTCTGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTCCATTCTGGGCTAAGTTAGTAGTGGGATCGGTTGCCATTGTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCTCCATTCTGGGCTAAGTTAGTAGTGGGATCGGTTGCCATTGTGTGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCACGCAGCTATGATGGAGACTTTGTCTTTGATGACTCAGAAGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCACGCAGCTATGATGGAGACTTTGTCTTTGATGACTCAGAAGCTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTTAACAATAAG         GACCTCCAAGCAGAAACGCCCCTGGGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTTAACAATAAGGTT...CAGGACCTCCAAGCAGAAACGCCCCTGGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGTGGCATCATGACTTCTGGGGCAGTAGACTGAGCAGCAACACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104434 CCTGTGGCATCATGACTTCTGGGGCAGTAGACTGAGCAGCAACACCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGTCCTACCGGCCTCTCACCGTCCTGACTTTCAG         GATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104484 ACAAGTCCTACCGGCCTCTCACCGTCCTGACTTTCAGGTA...CAGGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTACTACCTCTCGGGAGGCTTCCACCCCGTGGGCTTTCACGTGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105565 AACTACTACCTCTCGGGAGGCTTCCACCCCGTGGGCTTTCACGTGGTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATCCTCCTGCACAGTGGCATCTCTGTCCTCATGGTGGACGTCTTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105615 CATCCTCCTGCACAGTGGCATCTCTGTCCTCATGGTGGACGTCTTCTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTGTTTGGCGGCCTGCAGTACACCAGTAAAGGCCGGAGGCTGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105665 TTCTGTTTGGCGGCCTGCAGTACACCAGTAAAGGCCGGAGGCTGCACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCCCCAGGGCGTCCCTGCTGGCCGCGCTGCTGTTTGCTGTCCATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105715 GCCCCCAGGGCGTCCCTGCTGGCCGCGCTGCTGTTTGCTGTCCATCCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCACACCGAGTGT         GTTGCTGGTGTTGTCGGCCGTGCAGACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105765 GCACACCGAGTGTGTA...AAGGTTGCTGGTGTTGTCGGCCGTGCAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTGTGTGCCCTGTTCTTCTTGTTATCTTTCCTTGGCTACTGTAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112301 TCCTGTGTGCCCTGTTCTTCTTGTTATCTTTCCTTGGCTACTGTAAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTAGAGAAA         GTAACAAGGAGGGAGCGCATTCTTCCACCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112351 TTTAGAGAAAGTA...CAGGTAACAAGGAGGGAGCGCATTCTTCCACCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGGGTGCTGCTGAGTATCTTTCTGGGAGCAGTGGCCATGCTGTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126461 CTGGGTGCTGCTGAGTATCTTTCTGGGAGCAGTGGCCATGCTGTGCAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCAAGGGATCACTGTGCTG         GGTTTAAATGCGGTATTTGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 126511 AGCAAGGGATCACTGTGCTGGTG...TAGGGTTTAAATGCGGTATTTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCTTGGTGATAGGCAAATTCAATGTTCTGGAAATTGTCCAGAAGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130740 ATCTTGGTGATAGGCAAATTCAATGTTCTGGAAATTGTCCAGAAGGTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACATAAGGACAAGTCATTAGAG         AATCTCGGCATGCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130790 ACATAAGGACAAGTCATTAGAGGTG...CAGAATCTCGGCATGCTCAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGGGGGCCTCCTCTTCAGAATGACCCTGCTCACCTCTGGAGGGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131058 ACGGGGGCCTCCTCTTCAGAATGACCCTGCTCACCTCTGGAGGGGCTGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGCTCTACGTGCGCTGGAGGATCATGGGCACGGGCCCGCCGGCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131108 ATGCTCTACGTGCGCTGGAGGATCATGGGCACGGGCCCGCCGGCCTTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGGTGGACAACCCGGCCTCCTTTGCTGACAGCATGCTGGTGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131158 CGAGGTGGACAACCCGGCCTCCTTTGCTGACAGCATGCTGGTGAGGGTG.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943      GCCGTAAACTACAATTACTACTATTCATTGAATGCCTGGCTGCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131208 ..CAGGCCGTAAACTACAATTACTACTATTCATTGAATGCCTGGCTGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGTGTCCCTGGTGGCTGTGTTTTGATTGGTCAATGGGCTGCATCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132052 CTGTGTCCCTGGTGGCTGTGTTTTGATTGGTCAATGGGCTGCATCCCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATTAAGTCCATCAGCGACTGGAGGGTAATTGCACTTGCAGCACTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132102 CATTAAGTCCATCAGCGACTGGAGGGTAATTGCACTTGCAGCACTCTGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCTGCCTAATTGGCCTGATATGCCAAGCCCTGTGCTCTGAAGACGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132152 TCTGCCTAATTGGCCTGATATGCCAAGCCCTGTGCTCTGAAGACGGCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAGAGAAG         GATCCTTACTCTGGGCCTGGGATTTCTCGTTAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 132202 AAGAGAAGGTA...CAGGATCCTTACTCTGGGCCTGGGATTTCTCGTTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCATTTCTCCCCGCGAGTAACCTGTTCTTCCGAGTGGGCTTCGTGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133579 CCCATTTCTCCCCGCGAGTAACCTGTTCTTCCGAGTGGGCTTCGTGGTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAGAGCGTGTCCTCTACCTCCCCAGCGTTGGGTACTGTGTGCTGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133629 CAGAGCGTGTCCTCTACCTCCCCAGCGTTGGGTACTGTGTGCTGCTGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTTGGATTCGGAGCCCTGAGCAAACATACCAAGAAAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 133679 TTTGGATTCGGAGCCCTGAGCAAACATACCAAGAAAAAGGTA...AAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACTCATTGCCGCTGTCGTGCTGGGAATCTTATTCATCAACACGCTGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133807 ACTCATTGCCGCTGTCGTGCTGGGAATCTTATTCATCAACACGCTGAGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GTGTGCTGCGCAGCGGCGAGTGGCGGAGTGAGGAACAGCTTTTCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133857 GTGTGCTGCGCAGCGGCGAGTGGCGGAGTGAGGAACAGCTTTTCAGAAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCTCTGTCTGTGTGTCCCCTCAATGCTAAG         GTTCACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 133907 GCTCTGTCTGTGTGTCCCCTCAATGCTAAGGTA...CAGGTTCACTACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATTGGCAAAAACCTGGCTGATAAAGGCAACCAGACAGCTGCCATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142602 CATTGGCAAAAACCTGGCTGATAAAGGCAACCAGACAGCTGCCATCAGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACTACCGGGAAGCTGTAAG         ATTAAATCCCAAGTATGTTCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 142652 ACTACCGGGAAGCTGTAAGGTA...CAGATTAAATCCCAAGTATGTTCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCCATGAATAATCTTGGAAATATCTTAAAAGAAAGGAATGAGCTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142871 GCCATGAATAATCTTGGAAATATCTTAAAAGAAAGGAATGAGCTACAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGCTGAGGAGCTGCTGTCTTTGGCTGTTCAAATACA         GCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 142921 AGCTGAGGAGCTGCTGTCTTTGGCTGTTCAAATACAGTA...TAGGCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ACTTTGCCGCTGCGTGGATGAATCTAGGCATAGTGCAGAATAGCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143070 ACTTTGCCGCTGCGTGGATGAATCTAGGCATAGTGCAGAATAGCCTGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CGGTTTGAAGCAGCAGAGCAAAGTTACCGGACAGCAATTAAACACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143120 CGGTTTGAAGCAGCAGAGCAAAGTTACCGGACAGCAATTAAACACAGAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GAAATACCCAGACTGTTACTACAACCTCGGGCGTCTG         TATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 143170 GAAATACCCAGACTGTTACTACAACCTCGGGCGTCTGGTA...CAGTATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CAGATCTCAATCGCCACGTGGATGCCTTGAATGCGTGGAGAAATGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154315 CAGATCTCAATCGCCACGTGGATGCCTTGAATGCGTGGAGAAATGCCACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GTGCTGAAACCAGAGCACAGCCTGGCCTGGAACAACATGATTATACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154365 GTGCTGAAACCAGAGCACAGCCTGGCCTGGAACAACATGATTATACTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CGACAATACAG         GTAATTTAGCCCAAGCTGAAGCAGTTGGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 154415 CGACAATACAGGTA...CAGGTAATTTAGCCCAAGCTGAAGCAGTTGGAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GAGAGGCACTGGAATTAATACCTAATGATCACTCTCTCATGTTCTCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156261 GAGAGGCACTGGAATTAATACCTAATGATCACTCTCTCATGTTCTCGTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GCAAACGTGCTGGGGAAATCCCAGAAATACAAG         GAATCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 156311 GCAAACGTGCTGGGGAAATCCCAGAAATACAAGGTG...TAGGAATCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 AGCTTTATTCCTCAAGGCAATTAAAGCAAATCCAAATGCTGCAAGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162322 AGCTTTATTCCTCAAGGCAATTAAAGCAAATCCAAATGCTGCAAGTTACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ATGGTAATTTGG         CTGTGCTTTATCATCGTTGGGGACATCTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 162372 ATGGTAATTTGGGTA...CAGCTGTGCTTTATCATCGTTGGGGACATCTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GACTTGGCCAAGAAACACTATGAAATCTCCTTGCAGCTTGACCCCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163628 GACTTGGCCAAGAAACACTATGAAATCTCCTTGCAGCTTGACCCCACGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 ATCAGGAACTAAGGAGAATTACGGTCTGCTGAGAAGAAAGCTAGAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163678 ATCAGGAACTAAGGAGAATTACGGTCTGCTGAGAAGAAAGCTAGAACTAA

   2350     .    :    .
   2207 TGCAAAAGAAAGCTGTC
        |||||||||||||||||
 163728 TGCAAAAGAAAGCTGTC