seq1 = pF1KE0003.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KE0003/gi568815586f_43744652.tfa (gi568815586f:43744652_44488669), 744018 bp

>pF1KE0003 1542
>gi568815586f:43744652_44488669 (Chr12)

1-277  (100001-100277)   100% ->
278-410  (199559-199691)   100% ==
608-768  (554928-555088)   100% ->
769-898  (631944-632073)   100% ->
899-1542  (643375-644018)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTAAAGACTTTCGTTACTATTTCCAGCATCCCTGGTCTCGCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTAAAGACTTTCGTTACTATTTCCAGCATCCCTGGTCTCGCATGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGCTTACTTGGTGATCTTCTTTAACTTCTTAATATTTGCGGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGGCTTACTTGGTGATCTTCTTTAACTTCTTAATATTTGCGGAGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGTTTCTCATAGCCAAACAGAAGCCAATGTTATTGTTGTTGGAAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGTTTCTCATAGCCAAACAGAAGCCAATGTTATTGTTGTTGGAAACTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTTCATTTGTTACAAATAAATACCCTAGAGGAGTTGGCTGGAGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTTCATTTGTTACAAATAAATACCCTAGAGGAGTTGGCTGGAGGATTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGGTGCTTCTATGGCTACTTGCCATTCTCACAGGACTAATAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGGTGCTTCTATGGCTACTTGCCATTCTCACAGGACTAATAGCTGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AATTTCTGTTCCATCAGCGTTTGTTTG         GTCAGTTGCTCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100251 AATTTCTGTTCCATCAGCGTTTGTTTGGTA...CAGGTCAGTTGCTCCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTAAAAATGTTTCGAGAAGATCATGGGTCGTGGATGACAATGTTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199573 TTAAAAATGTTTCGAGAAGATCATGGGTCGTGGATGACAATGTTCTTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACAATTCTCTTTCTCTTCATATTTTCTCACATATACAACACGATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199623 CACAATTCTCTTTCTCTTCATATTTTCTCACATATACAACACGATTCTTC

    400     .    :    .
    392 TAATGGATGGGAACATGGG
        |||||||||||||||||||
 199673 TAATGGATGGGAACATGGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608 GGACAGTTCTTTTTACTCTGACGTCTGTGGTTGTACTTGTGATTACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 554928 GGACAGTTCTTTTTACTCTGACGTCTGTGGTTGTACTTGTGATTACAACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658 GACTGGATCAGCTGGGACAAGCTGAATCGGGGATTTTTGCCCAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 554978 GACTGGATCAGCTGGGACAAGCTGAATCGGGGATTTTTGCCCAGTGATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708 AGTTTCCAGAGCATTCCTTGCTTCTTTTATCTTGGTCTTTGACCTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 555028 AGTTTCCAGAGCATTCCTTGCTTCTTTTATCTTGGTCTTTGACCTTCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758 TTGTGATGCAG         GACTGGGAATTCCCACATTTCATGGGAGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 555078 TTGTGATGCAGGTA...CAGGACTGGGAATTCCCACATTTCATGGGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799 GTTGATGTAAATCTCCCTGGTTTGCACACCCCTCACATGCAGTTCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 631974 GTTGATGTAAATCTCCCTGGTTTGCACACCCCTCACATGCAGTTCAAGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849 TCCTTTCTTCCAGAAAATCTTCAAGGAGGAATATCGTATTCACATAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 632024 TCCTTTCTTCCAGAAAATCTTCAAGGAGGAATATCGTATTCACATAACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899          GCAAATGGTTTAACTATGGAATTATCTTCCTCGTCTTGATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 632074 GTG...CAGGCAAATGGTTTAACTATGGAATTATCTTCCTCGTCTTGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 TTGGATCTTAATATGTGGAAGAACCAAATATTTTATAAACCTCATGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643416 TTGGATCTTAATATGTGGAAGAACCAAATATTTTATAAACCTCATGAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 TGGGCAATATATCGGCCCGGGGCAGAAGATATATACAGTGAAAGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643466 TGGGCAATATATCGGCCCGGGGCAGAAGATATATACAGTGAAAGACTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 AAAGTTTAAAAGATTTGAACAGAACCAAGCTATCCTGGGAATGGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643516 AAAGTTTAAAAGATTTGAACAGAACCAAGCTATCCTGGGAATGGAGGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090 AATCACACTAACCCTCGGACTAATAAAACATATGTTGAGGGAGACATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643566 AATCACACTAACCCTCGGACTAATAAAACATATGTTGAGGGAGACATGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1140 CTTACACAGCAGGTTCATAGGAGCCAGTCTTGATGTCAAGTGTCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643616 CTTACACAGCAGGTTCATAGGAGCCAGTCTTGATGTCAAGTGTCTGGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1190 TTGTTCCAAGCCTGATAGCCTTTGTGTGGTTTGGATTCTTTATTTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643666 TTGTTCCAAGCCTGATAGCCTTTGTGTGGTTTGGATTCTTTATTTGGTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 TTTGGACGATTTTTGAAAAATGAGCCACGCATGGAGAATCAAGACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643716 TTTGGACGATTTTTGAAAAATGAGCCACGCATGGAGAATCAAGACAAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290 TTACACTCGCATGAAAAGAAAATCTCCATCAGAACATAGCAAAGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643766 TTACACTCGCATGAAAAGAAAATCTCCATCAGAACATAGCAAAGACATGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340 GAATCACTCGAGAAAACACCCAGGCTTCAGTAGAAGACCCCTTGAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643816 GAATCACTCGAGAAAACACCCAGGCTTCAGTAGAAGACCCCTTGAATGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1390 CCTTCTTTGGTTTGCATCAGGTCTGACTTCAATGAGATCGTCTACAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643866 CCTTCTTTGGTTTGCATCAGGTCTGACTTCAATGAGATCGTCTACAAGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1440 TTCCCACCTAACCTCGGAAAACTTGAGCTCACAGTTGAACGAATCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643916 TTCCCACCTAACCTCGGAAAACTTGAGCTCACAGTTGAACGAATCTACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1490 GTGCAACAGAAGCTGATCAAGACCCAACGACTTCTAAAAGTACACCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 643966 GTGCAACAGAAGCTGATCAAGACCCAACGACTTCTAAAAGTACACCTACG

    950 
   1540 AAC
        |||
 644016 AAC