seq1 = pF1KE0001.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KE0001/gi568815582f_84738496.tfa (gi568815582f:84738496_85006639), 268144 bp

>pF1KE0001 1491
>gi568815582f:84738496_85006639 (Chr16)

1-240  (100001-100240)   100% ->
241-359  (107291-107409)   100% ->
360-492  (110890-111022)   99% ->
493-608  (112073-112188)   100% ->
609-709  (116234-116334)   100% ->
710-853  (128402-128545)   100% ->
854-914  (130356-130416)   100% ->
915-981  (133947-134013)   100% ->
982-1112  (134497-134627)   100% ->
1113-1156  (135425-135468)   100% ->
1157-1229  (138943-139015)   100% ->
1230-1305  (142014-142089)   100% ->
1306-1439  (150735-150868)   100% ->
1440-1491  (168093-168144)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTGCGTCCTGGGTGGTGTCATCCCCTTGGGGCTGCTGTTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTGCGTCCTGGGTGGTGTCATCCCCTTGGGGCTGCTGTTCCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGGATCCCAAGGCTACCTCCTGCCCAACGTCACTCTCTTAGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCGGATCCCAAGGCTACCTCCTGCCCAACGTCACTCTCTTAGAGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCAGCAAATACCAGCACAACGAGTCTCACTCCCGGGTCCGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCAGCAAATACCAGCACAACGAGTCTCACTCCCGGGTCCGCAGAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCCCAGGGAGGACAAGGAGGAGATCCTCATGCTGCACAACAAGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCCCAGGGAGGACAAGGAGGAGATCCTCATGCTGCACAACAAGCTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCCAGGTGCAGCCTCAGGCCTCCAACATGGAGTACATG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100201 GGGCCAGGTGCAGCCTCAGGCCTCCAACATGGAGTACATGGTG...CAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGGGATGACGAACTGGAGAAGTCTGCTGCAGCGTGGGCCAGTCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107292 CCTGGGATGACGAACTGGAGAAGTCTGCTGCAGCGTGGGCCAGTCAGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTGGGAGCACGGGCCCACCAGTCTGCTGGTGTCCATCGGGCAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107342 ATCTGGGAGCACGGGCCCACCAGTCTGCTGGTGTCCATCGGGCAGAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGCGCTCACTGGGGCAG         GTATCGCTCTCCGGGGTTCCATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107392 GGGCGCTCACTGGGGCAGGTA...CAGGTATCGCTCTCCGGGGTTCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCAGTCCTGGTATGACGAGGTGAAGGACTACACCTACCCCTACCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110913 TGCAGTCCTGGTATGACGAGGTGAAGGACTACACCTACCCCTACCCGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGTGCAACCCCTGGTGTCCAGAGAGGTGCTCGGGGCCTATGTGCACGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 110963 GAGTGCAACCCCTGGTGTCCAGAGAGGTGCTCGGGGCCCATGTGCACGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTACACACAG         ATAGTTTGGGCCACCACCAACAAGATCGGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111013 CTACACACAGGTA...CAGATAGTTTGGGCCACCACCAACAAGATCGGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGCTGTGAACACCTGCCGGAAGATGACTGTCTGGGGAGAAGTTTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112104 GTGCTGTGAACACCTGCCGGAAGATGACTGTCTGGGGAGAAGTTTGGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACGCGGTCTACTTTGTCTGCAATTATTCTCCAAA         GGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112154 AACGCGGTCTACTTTGTCTGCAATTATTCTCCAAAGTA...CAGGGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGGATTGGAGAAGCCCCCTACAAGAATGGCCGGCCCTGCTCTGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116240 CTGGATTGGAGAAGCCCCCTACAAGAATGGCCGGCCCTGCTCTGAGTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACCCAGCTATGGAGGCAGCTGCAGGAACAACTTGTGTTACCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116290 CACCCAGCTATGGAGGCAGCTGCAGGAACAACTTGTGTTACCGAGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710     AAGAAACCTACACTCCAAAACCTGAAACGGACGAGATGAATGAGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116340 .AAGAAGAAACCTACACTCCAAAACCTGAAACGGACGAGATGAATGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAAACGGCTCCCATTCCTGAAGAAAACCATGTTTGGCTCCAACCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128448 GGAAACGGCTCCCATTCCTGAAGAAAACCATGTTTGGCTCCAACCGAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGATGAGACCCACCAAGCCCAAGAAAACCTCTGCGGTCAACTACATGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 128498 TGATGAGACCCACCAAGCCCAAGAAAACCTCTGCGGTCAACTACATGAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854        CCCAAGTCGTCAGATGTGACACCAAGATGAAGGACAGGTGCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128548 G...TAGCCCAAGTCGTCAGATGTGACACCAAGATGAAGGACAGGTGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGGGTCCACGTGTAACAG         GTACCAGTGCCCAGCAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 130399 AGGGTCCACGTGTAACAGGTG...CAGGTACCAGTGCCCAGCAGGCTGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAACCACAAGGCGAAGATCTTTGGAACTCTGTTCTATGAAAGC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 133970 TGAACCACAAGGCGAAGATCTTTGGAACTCTGTTCTATGAAAGCGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982    TCGTCTAGCATATGCCGCGCCGCCATCCACTACGGGATCCTGGATGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134494 CAGTCGTCTAGCATATGCCGCGCCGCCATCCACTACGGGATCCTGGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAGGGAGGCCTGGTGGATATCACCAGGAACGGGAAGGTCCCCTTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134544 CAAGGGAGGCCTGGTGGATATCACCAGGAACGGGAAGGTCCCCTTCTTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAAGTCTGAGAGACACGGCGTGCAGTCCCTCAG         CAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 134594 TGAAGTCTGAGAGACACGGCGTGCAGTCCCTCAGGTA...CAGCAAATAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAACCTTCCAGCTCATTCATGGTGTCAAAAGTGAAAG         TGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 135432 AAACCTTCCAGCTCATTCATGGTGTCAAAAGTGAAAGGTA...CAGTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGATTTGGACTGCTACACGACCGTTGCTCAGCTGTGCCCGTTTGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138947 GGATTTGGACTGCTACACGACCGTTGCTCAGCTGTGCCCGTTTGAAAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGCAACTCACTGCCCAAG         AATCCATTGTCCGGCACACTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 138997 CAGCAACTCACTGCCCAAGGTA...CAGAATCCATTGTCCGGCACACTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAAGACGAACCTTCCTACTGGGCTCCGGTGTTTGGAACCAACATCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142036 AAAGACGAACCTTCCTACTGGGCTCCGGTGTTTGGAACCAACATCTATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAT         ACCTCAAGCATCTGCAAGACAGCCGTGCACGCGGGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142086 AGATGTG...CAGACCTCAAGCATCTGCAAGACAGCCGTGCACGCGGGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCATCAGCAACGAGAGTGGGGGTGACGTGGACGTGATGCCCGTGGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150772 TCATCAGCAACGAGAGTGGGGGTGACGTGGACGTGATGCCCGTGGATAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAGAAGACCTACGTGGGCTCGCTCAGGAATGGAGTTCAGTCTGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 150822 AAGAAGACCTACGTGGGCTCGCTCAGGAATGGAGTTCAGTCTGAAAGGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1440       CCTGGGGACTCCTCGGGATGGAAAGGCCTTCCGGATCTTTGCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150872 ...CAGCCTGGGGACTCCTCGGGATGGAAAGGCCTTCCGGATCTTTGCTG

   1600     .
   1484 TCAGGCAG
        ||||||||
 168137 TCAGGCAG