seq1 = pF1KB9987.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KB9987/gi568815592r_111459408.tfa (gi568815592r:111459408_111692096), 232689 bp

>pF1KB9987 1722
>gi568815592r:111459408_111692096 (Chr6)

(complement)

1-19  (90883-90901)   100% ->
20-856  (100003-100839)   100% ->
857-1049  (111708-111900)   99% ->
1050-1228  (116276-116454)   100% ->
1229-1317  (119114-119202)   100% ->
1318-1386  (124405-124473)   100% ->
1387-1503  (125537-125653)   100% ->
1504-1578  (129058-129132)   100% ->
1579-1722  (132546-132689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCCTCAGCTTCAAG         AAACTAGAATGAACCGAAGCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  90883 ATGCCTCCTCAGCTTCAAGGTG...CAGAAACTAGAATGAACCGAAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCCTGTGGAGGTTGATGAATCAGAACCATACCCAAGTCAGTTGCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 TCCTGTGGAGGTTGATGAATCAGAACCATACCCAAGTCAGTTGCTGAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAATCCCAGAATATTCCCCGGAAGAGGAATCAGAACCACCTGCTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 CAATCCCAGAATATTCCCCGGAAGAGGAATCAGAACCACCTGCTCCAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAAGGAACATGGCACCCAACAGCTTGTCTGCACCCACAATGCTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100125 ATAAGGAACATGGCACCCAACAGCTTGTCTGCACCCACAATGCTTCACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCCTCCGGAGACTTTTCTCAAGCTCACTCAACCCTGAAACTTGCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100175 TTCCTCCGGAGACTTTTCTCAAGCTCACTCAACCCTGAAACTTGCAAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCAGCGGCCTGTATCCCGGCAGGTCACCTGCCTGCGCACTCAAGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100225 ACCAGCGGCCTGTATCCCGGCAGGTCACCTGCCTGCGCACTCAAGTTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGACAGTGAAGACAGTTTCTGCAGGAGACACCCAGGCCTGGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100275 GAGGACAGTGAAGACAGTTTCTGCAGGAGACACCCAGGCCTGGGCAAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTCCCTTCTGGGTGCTCTGCAGTCAGCGAGCCTGCGTCTGAGTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100325 TTTCCCTTCTGGGTGCTCTGCAGTCAGCGAGCCTGCGTCTGAGTCTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGGAGCCCTCCCTGCAGAGCATCAGTTTTCATTTATGGAAAAACGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100375 TTGGAGCCCTCCCTGCAGAGCATCAGTTTTCATTTATGGAAAAACGTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAATGGCTGGTATCTCAGCTTTCAGCGGCTTCTCCTGACACTGGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100425 CAATGGCTGGTATCTCAGCTTTCAGCGGCTTCTCCTGACACTGGCCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCAGACAAATCAGACCAAAGTTTACCTAATGCCTCAGCAGACTCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100475 CTCAGACAAATCAGACCAAAGTTTACCTAATGCCTCAGCAGACTCCTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCGGTAGCCAGGAGATGGTGCAACGGCCCCAGCCTCACAGGAACCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100525 GCGGTAGCCAGGAGATGGTGCAACGGCCCCAGCCTCACAGGAACCGAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCCTGGATCTGCCAACCATAGACACGGGATATGATTCCCAGCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100575 GGCCTGGATCTGCCAACCATAGACACGGGATATGATTCCCAGCCCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGTCCTGGGCATCAGGCAGCTGGAAAGGCCCCTGCCCCTCACCTCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100625 TGTCCTGGGCATCAGGCAGCTGGAAAGGCCCCTGCCCCTCACCTCCGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTTACCCCCAGGACCTCCCCAGACCTCTCAGGTCCAGGGAGTTCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100675 GTTACCCCCAGGACCTCCCCAGACCTCTCAGGTCCAGGGAGTTCCCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTGAACCTCAGAGGTATCCAGCATGTGCACAGATGCTGCCTCCCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100725 TTTGAACCTCAGAGGTATCCAGCATGTGCACAGATGCTGCCTCCCAATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TTCCCCACATGCTCCATGGAACTATCATTACCATTGTCCTGGAAGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 TTCCCCACATGCTCCATGGAACTATCATTACCATTGTCCTGGAAGTCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATCACCAGGTGCCAT         ATGGCCATGACTACCCTCGAGCAGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100825 ATCACCAGGTGCCATGTA...CAGATGGCCATGACTACCCTCGAGCAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TACCAGCAAGTGATCCAGCCGGCTCTGCCTGGGCAGCCCCTGCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111734 TACCAGCAAGTGATCCAGCCGGCTCTGCCTGGGCAGCCCCTGCCTGGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAGTGTGAGAGGCCTGCACCCTGTGCAGAAGGTTATCCTGAATTATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111784 CAGTGTGAGAGGCCTGCACCCTGTGCAGAAGGTTATCCTGAATTATCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCCCCTGGGACCAAGAAGAGAGGCCCGCACAGAGAGACTGCTCCTTTCCG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111834 GCCCCTGGGACCACGAAGAGAGGCCCGCACAGAGAGACTGCTCCTTTCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGGCTTCCAAGGCACCA         GGACCAGCCACATCACCAGCCACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111884 GGGCTTCCAAGGCACCAGTA...TAGGGACCAGCCACATCACCAGCCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TAATAGAGCTGGTGCTCCTGGGGAGTCCTTGGAGTGCCCTGCAGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116300 TAATAGAGCTGGTGCTCCTGGGGAGTCCTTGGAGTGCCCTGCAGAGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GACCACAGGTTCCCCAGCCTCCGTCCCCAGCTGCTGTGCCTAGACCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116350 GACCACAGGTTCCCCAGCCTCCGTCCCCAGCTGCTGTGCCTAGACCCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGCAACCCTCCAGCCAGAGGAACTCTAAAAACAAGCAATTTGCCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116400 AGCAACCCTCCAGCCAGAGGAACTCTAAAAACAAGCAATTTGCCAGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ATTGC         GGAAAGTCTTTATCACTTATTCGATGGACACAGCTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116450 ATTGCGTA...TAGGGAAAGTCTTTATCACTTATTCGATGGACACAGCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGGAGGTGGTGAAATTCGTGAACTTTTTGTTGGTAAATGGCTTCCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119150 TGGAGGTGGTGAAATTCGTGAACTTTTTGTTGGTAAATGGCTTCCAAACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GCA         ATTGACATATTTGAGGATAGAATCCGAGGCATTGATAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119200 GCAGTA...CAGATTGACATATTTGAGGATAGAATCCGAGGCATTGATAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CATTAAATGGATGGAGCGCTACCTTAGGGAT         AAGACCGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124443 CATTAAATGGATGGAGCGCTACCTTAGGGATGTA...CAGAAGACCGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGATAATCGTAGCAATCAGCCCCAAATACAAACAGGACGTGGAAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125547 TGATAATCGTAGCAATCAGCCCCAAATACAAACAGGACGTGGAAGGCGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GAGTCGCAGCTGGACGAGGATGAGCATGGCTTACATACTAAGTACATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125597 GAGTCGCAGCTGGACGAGGATGAGCATGGCTTACATACTAAGTACATTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TCGAATG         ATGCAGATTGAGTTCATAAAACAAGGAAGCATGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125647 TCGAATGGTG...CAGATGCAGATTGAGTTCATAAAACAAGGAAGCATGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ATTTCAGATTCATCCCTGTGCTCTTCCCAAATGCTAAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 129092 ATTTCAGATTCATCCCTGTGCTCTTCCCAAATGCTAAGAAGGTA...TAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAGCATGTGCCCACCTGGCTTCAGAACACTCATGTCTACAGCTGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132546 GAGCATGTGCCCACCTGGCTTCAGAACACTCATGTCTACAGCTGGCCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GAATAAAAAAAACATCCTGCTGCGGCTGCTGAGAGAGGAAGAGTATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132596 GAATAAAAAAAACATCCTGCTGCGGCTGCTGAGAGAGGAAGAGTATGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CTCCTCCACGGGGGCCTCTGCCCACCCTTCAGGTGGTTCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132646 CTCCTCCACGGGGGCCTCTGCCCACCCTTCAGGTGGTTCCCTTG