seq1 = pF1KB9975.tfa, 1593 bp
seq2 = pF1KB9975/gi568815579f_703559.tfa (gi568815579f:703559_910823), 207265 bp

>pF1KB9975 1593
>gi568815579f:703559_910823 (Chr19)

1-39  (95847-95885)   89% ->
40-115  (100003-100078)   100% ->
116-288  (100478-100650)   100% ->
289-435  (100734-100880)   100% ->
436-606  (100974-101144)   100% ->
607-717  (101271-101381)   100% ->
718-892  (101455-101629)   100% ->
893-1041  (102850-102998)   100% ->
1042-1075  (104311-104344)   100% ->
1076-1168  (104802-104894)   100% ->
1169-1385  (104988-105204)   100% ->
1386-1463  (106985-107062)   100% ->
1464-1593  (107136-107265)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGCATTGTCCCAGATATAGCCGTTGGTACAAAG         CG
         |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
  95847 CTCTACAGCATTGTCCCAGATATAGCCGTTGGTACAAAGGTA...CAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGGATCTGACGAGCTTTTCTCTACTTGTGTCACTAACGGACCGTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100005 GGGATCTGACGAGCTTTTCTCTACTTGTGTCACTAACGGACCGTTTATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGCAGCAACTCGGCTTCTGCAG         CAAACGGAAATGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100055 TGAGCAGCAACTCGGCTTCTGCAGGTA...CAGCAAACGGAAATGACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGAAGTTCAAAGGTGACAGCCGAAGTGCAGGCGTCCCCTCTAGAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100495 AAGAAGTTCAAAGGTGACAGCCGAAGTGCAGGCGTCCCCTCTAGAGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACATCCGGAAGCTCCCCATCGACGTCACGGAGGGGGAAGTCATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 CCACATCCGGAAGCTCCCCATCGACGTCACGGAGGGGGAAGTCATCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGGCTGCCCTTTGGGAAGGTCACCAACCTCCTGATGCTGAAGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100595 TGGGGCTGCCCTTTGGGAAGGTCACCAACCTCCTGATGCTGAAGGGGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCAG         GCCTTCATCGAGATGAACACGGAGGAGGCTGCCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100645 AACCAGGTA...CAGGCCTTCATCGAGATGAACACGGAGGAGGCTGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCATGGTGAACTACTACACCTCGGTGACCCCTGTGCTGCGCGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100769 CACCATGGTGAACTACTACACCTCGGTGACCCCTGTGCTGCGCGGCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCATCTACATCCAGTTCTCCAACCACAAGGAGCTGAAGACCGACAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100819 CCATCTACATCCAGTTCTCCAACCACAAGGAGCTGAAGACCGACAGCTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCAACCAGGCG         CGGGCCCAGGCGGCCCTGCAGGCGGTGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100869 CCCAACCAGGCGGTG...CAGCGGGCCCAGGCGGCCCTGCAGGCGGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCGGTCCAGTCGGGGAACCTGGCCTTGGCTGCCTCGGCGGCGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101003 CTCGGTCCAGTCGGGGAACCTGGCCTTGGCTGCCTCGGCGGCGGCCGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGCAGGGATGGCGATGGCCGGGCAGAGCCCCGTGCTCAGGATCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101053 ACGCAGGGATGGCGATGGCCGGGCAGAGCCCCGTGCTCAGGATCATCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAACCTCTTCTACCCTGTGACCCTGGATGTGCTGCACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101103 GAGAACCTCTTCTACCCTGTGACCCTGGATGTGCTGCACCAGGTG...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  ATTTTCTCCAAGTTCGGCACAGTGTTGAAGATCATCACCTTCACCAAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101270 GATTTTCTCCAAGTTCGGCACAGTGTTGAAGATCATCACCTTCACCAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAACCAGTTCCAGGCCCTGCTGCAGTATGCGGACCCCGTGAGCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101320 ACAACCAGTTCCAGGCCCTGCTGCAGTATGCGGACCCCGTGAGCGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACGCCAAGCTG         TCGCTGGACGGGCAGAACATCTACAACGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101370 CACGCCAAGCTGGTG...CAGTCGCTGGACGGGCAGAACATCTACAACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGCTGCACGCTGCGCATCGACTTTTCCAAGCTCACCAGCCTCAACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101484 CTGCTGCACGCTGCGCATCGACTTTTCCAAGCTCACCAGCCTCAACGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTACAACAATGACAAGAGCCGTGACTACACACGCCCAGACCTGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101534 AGTACAACAATGACAAGAGCCGTGACTACACACGCCCAGACCTGCCTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGGGACAGCCAGCCCTCGCTGGACCAGACCATGGCCGCGGCCTTCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101584 GGGGACAGCCAGCCCTCGCTGGACCAGACCATGGCCGCGGCCTTCGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893      GCCTTTCCGTTCCGAACGTCCACGGCGCCCTGGCCCCCCTGGCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101634 ..CAGGCCTTTCCGTTCCGAACGTCCACGGCGCCCTGGCCCCCCTGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCCCTCGGCGGCGGCGGCAGCTGCGGCGGCAGGTCGGATCGCCATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102895 TCCCCTCGGCGGCGGCGGCAGCTGCGGCGGCAGGTCGGATCGCCATCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGCCTGGCGGGGGCAGGAAATTCTGTATTGCTGGTCAGCAACCTCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102945 GGCCTGGCGGGGGCAGGAAATTCTGTATTGCTGGTCAGCAACCTCAACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAG         AGAGTCACACCCCAAAGCCTCTTTATTCTTTTCG   
        ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102995 AGAGGTA...AAGAGAGTCACACCCCAAAGCCTCTTTATTCTTTTCGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076       GCGTCTACGGTGACGTGCAGCGCGTGAAGATCCTGTTCAATAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104348 ...AAGGCGTCTACGGTGACGTGCAGCGCGTGAAGATCCTGTTCAATAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGGAGAACGCCCTAGTGCAGATGGCGGACGGCAACCAGGCCCAGCTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104846 AAGGAGAACGCCCTAGTGCAGATGGCGGACGGCAACCAGGCCCAGCTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169         CCATGAGCCACCTGAACGGGCACAAGCTGCACGGGAAGCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104896 TA...CAGCCATGAGCCACCTGAACGGGCACAAGCTGCACGGGAAGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCGCATCACGCTCTCGAAGCACCAGAACGTGCAGCTGCCCCGCGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105030 TCCGCATCACGCTCTCGAAGCACCAGAACGTGCAGCTGCCCCGCGAGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGGAGGACCAGGGCCTGACCAAGGACTACGGCAACTCACCCCTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105080 CAGGAGGACCAGGGCCTGACCAAGGACTACGGCAACTCACCCCTGCACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTTCAAGAAGCCGGGCTCCAAGAACTTCCAGAACATATTCCCGCCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105130 CTTCAAGAAGCCGGGCTCCAAGAACTTCCAGAACATATTCCCGCCCTCGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCACGCTGCACCTCTCCAACATCCC         GCCCTCAGTCTCCGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105180 CCACGCTGCACCTCTCCAACATCCCGTG...CAGGCCCTCAGTCTCCGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGGATCTCAAGGTCCTGTTTTCCAGCAATGGGGGCGTCGTCAAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107001 GAGGATCTCAAGGTCCTGTTTTCCAGCAATGGGGGCGTCGTCAAAGGATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAAGTTCTTCCA         GAAGGACCGCAAGATGGCACTGATCCAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107051 CAAGTTCTTCCAGTG...CAGGAAGGACCGCAAGATGGCACTGATCCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGGGCTCCGTGGAGGAGGCGGTCCAGGCCCTCATTGACCTGCACAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107165 TGGGCTCCGTGGAGGAGGCGGTCCAGGCCCTCATTGACCTGCACAACCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GACCTCGGGGAGAACCACCACCTGCGGGTCTCCTTCTCCAAGTCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107215 GACCTCGGGGAGAACCACCACCTGCGGGTCTCCTTCTCCAAGTCCACCAT

   1700 
   1593 C
        |
 107265 C