seq1 = pF1KB9971.tfa, 1662 bp
seq2 = pF1KB9971/gi568815592f_160021936.tfa (gi568815592f:160021936_160258579), 236644 bp

>pF1KB9971 1662
>gi568815592f:160021936_160258579 (Chr6)

1-411  (100001-100411)   99% ->
412-515  (108169-108272)   100% ->
516-670  (110297-110451)   100% ->
671-839  (112022-112190)   100% ->
840-954  (114285-114399)   100% ->
955-1061  (114609-114715)   100% ->
1062-1276  (117718-117932)   100% ->
1277-1385  (121606-121714)   100% ->
1386-1498  (132863-132975)   100% ->
1499-1598  (134040-134139)   100% ->
1599-1662  (136581-136644)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCACCGTGGATGACATTCTGGAGCAGGTTGGGGAGTCTGGCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCACCGTGGATGACATTCTGGAGCAGGTTGGGGAGTCTGGCTGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGAAGCAAGCCTTCCTCATCTTATGCCTGCTGTCGGCTGCCTTTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGAAGCAAGCCTTCCTCATCTTATGCCTGCTGTCGGCTGCCTTTGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCTGTGTGGGCATCGTCTTCCTGGGTTTCACACCTGACCACCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATCTGTGTGGGCATCGTCTTCCTGGGTTTCACACCTGACCACCACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAGTCCTGGGGTGGCTGAGCTGAGCCAGTGCTGTGGCTGGAGCCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100151 CAGAGTCCTGGGGTGGCTGAGCTGAGCCAGCGCTGTGGCTGGAGCCCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGGAGCTGAACTATACAGTGCCAGGCCTGGGGCCCGCGGGCGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGGAGCTGAACTATACAGTGCCAGGCCTGGGGCCCGCGGGCGAGGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTTGGCCAGTGCAGGCGCTATGAAGTGGACTGGAACCAGAGCGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTTGGCCAGTGCAGGCGCTATGAAGTGGACTGGAACCAGAGCGCCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCTGTGTAGACCCCCTGGCTAGCCTGGCCACCAACAGGAGCCACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCTGTGTAGACCCCCTGGCTAGCCTGGCCACCAACAGGAGCCACCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGGTCCCTGCCAGGATGGCTGGGTGTATGACACGCCCGGCTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGGTCCCTGCCAGGATGGCTGGGTGTATGACACGCCCGGCTCTTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGTCACTGAG         TTCAACCTGGTGTGTGCTGACTCCTGGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGTCACTGAGGTA...CAGTTCAACCTGGTGTGTGCTGACTCCTGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGGACCTCTTTCAGTCCTGTTTGAATGCGGGCTTCTTGTTTGGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108199 CTGGACCTCTTTCAGTCCTGTTTGAATGCGGGCTTCTTGTTTGGCTCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGGTGTTGGCTACTTTGCAGACAG         GTTTGGCCGTAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108249 CGGTGTTGGCTACTTTGCAGACAGGTA...AAGGTTTGGCCGTAAGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTCTCCTGGGAACTGTGCTGGTCAACGCGGTGTCGGGCGTGCTCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110314 GTCTCCTGGGAACTGTGCTGGTCAACGCGGTGTCGGGCGTGCTCATGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTCTCGCCCAACTACATGTCCATGCTGCTCTTCCGCCTGCTGCAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110364 TTCTCGCCCAACTACATGTCCATGCTGCTCTTCCGCCTGCTGCAGGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGTCAGCAAGGGCAACTGGATGGCTGGCTACACCCTAA         TCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110414 GGTCAGCAAGGGCAACTGGATGGCTGGCTACACCCTAAGTA...CAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGAATTTGTTGGCTCGGGCTCCAGAAGAACGGTGGCGATCATGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112025 CAGAATTTGTTGGCTCGGGCTCCAGAAGAACGGTGGCGATCATGTACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATGGCCTTCACGGTGGGGCTGGTGGCGCTTACCGGGCTGGCCTACGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112075 ATGGCCTTCACGGTGGGGCTGGTGGCGCTTACCGGGCTGGCCTACGCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCCTCACTGGCGCTGGCTGCAGCTGGCAGTCTCCCTGCCCACCTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112125 GCCTCACTGGCGCTGGCTGCAGCTGGCAGTCTCCCTGCCCACCTTCCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCTGCTCTACTACTG         GTGTGTGCCGGAGTCCCCTCGGTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112175 TCCTGCTCTACTACTGGTG...CAGGTGTGTGCCGGAGTCCCCTCGGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGTTATCACAAAAAAGAAACACTGAAGCAATAAAGATAATGGACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114310 CTGTTATCACAAAAAAGAAACACTGAAGCAATAAAGATAATGGACCACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGCTCAAAAGAATGGGAAGTTGCCTCCTGCTGATTTAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114360 CGCTCAAAAGAATGGGAAGTTGCCTCCTGCTGATTTAAAGGTG...TAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGCTTTCCCTCGAAGAGGATGTCACCGAAAAGCTGAGCCCTTCATTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114610 TGCTTTCCCTCGAAGAGGATGTCACCGAAAAGCTGAGCCCTTCATTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACCTGTTCCGCACGCCGCGCCTGAGGAAGCGCACCTTCATCCTGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114660 GACCTGTTCCGCACGCCGCGCCTGAGGAAGCGCACCTTCATCCTGATGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCTGTG         GTTCACGGACTCTGTGCTCTATCAGGGGCTCATCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114710 CCTGTGGTG...CAGGTTCACGGACTCTGTGCTCTATCAGGGGCTCATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCACATGGGCGCCACCAGCGGGAACCTCTACCTGGATTTCCTTTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117753 TGCACATGGGCGCCACCAGCGGGAACCTCTACCTGGATTTCCTTTACTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCTCTGGTCGAAATCCCGGGGGCCTTCATAGCCCTCATCACCATTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117803 GCTCTGGTCGAAATCCCGGGGGCCTTCATAGCCCTCATCACCATTGACCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGTGGGCCGCATCTACCCCATGGCCATGTCAAATTTGTTGGCGGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117853 CGTGGGCCGCATCTACCCCATGGCCATGTCAAATTTGTTGGCGGGGGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCTGCCTCGTCATGATTTTTATCTCACCTG         ACCTGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117903 CCTGCCTCGTCATGATTTTTATCTCACCTGGTA...CAGACCTGCACTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTAAACATCATAATCATGTGTGTTGGCCGAATGGGAATCACCATTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121617 TTAAACATCATAATCATGTGTGTTGGCCGAATGGGAATCACCATTGCAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ACAAATGATCTGCCTGGTGAATGCTGAGCTGTACCCCACATTCGTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 121667 ACAAATGATCTGCCTGGTGAATGCTGAGCTGTACCCCACATTCGTCAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1386        GAACCTCGGAGTGATGGTGTGTTCCTCCCTGTGTGACATAGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121717 G...CAGGAACCTCGGAGTGATGGTGTGTTCCTCCCTGTGTGACATAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GGGATAATCACCCCCTTCATAGTCTTCAGGCTGAGGGAGGTCTGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132906 GGGATAATCACCCCCTTCATAGTCTTCAGGCTGAGGGAGGTCTGGCAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CTTGCCCCTCATTTTGTTTG         CGGTGTTGGGCCTGCTTGCCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 132956 CTTGCCCCTCATTTTGTTTGGTA...AAGCGGTGTTGGGCCTGCTTGCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CGGGAGTGACGCTACTTCTTCCAGAGACCAAGGGGGTCGCTTTGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134061 CGGGAGTGACGCTACTTCTTCCAGAGACCAAGGGGGTCGCTTTGCCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACCATGAAGGACGCCGAGAACCTTGGGAG         AAAAGCAAAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 134111 ACCATGAAGGACGCCGAGAACCTTGGGAGGTG...CAGAAAAGCAAAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CAAAGAAAACACGATTTACCTTAAGGTCCAAACCTCAGAACCCTCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136593 CAAAGAAAACACGATTTACCTTAAGGTCCAAACCTCAGAACCCTCGGGCA

   1750 
   1661 CC
        ||
 136643 CC