seq1 = pF1KB9970.tfa, 2109 bp
seq2 = pF1KB9970/gi568815576f_45402986.tfa (gi568815576f:45402986_45700443), 297458 bp

>pF1KB9970 2109
>gi568815576f:45402986_45700443 (Chr22)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-185  (115697-115802)   100% ->
186-321  (122558-122693)   100% ->
322-484  (124862-125024)   99% ->
485-544  (128280-128339)   100% ->
545-646  (130078-130179)   100% ->
647-784  (130776-130913)   100% ->
785-922  (132215-132352)   100% ->
923-1066  (138244-138387)   100% ->
1067-1195  (139170-139298)   100% ->
1196-1321  (140416-140541)   100% ->
1322-1441  (144100-144219)   100% ->
1442-1573  (145628-145759)   100% ->
1574-1697  (147507-147630)   100% ->
1698-1840  (171526-171668)   100% ->
1841-1972  (173992-174123)   100% ->
1973-2109  (197322-197458)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGCGCCGCGCCGTCGCGCCGGGTCCCGCTTCCGCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGCGCCGCGCCGTCGCGCCGGGTCCCGCTTCCGCTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGCCTTGCGCTGCTGGCGGCCGGAG         TGGACGCGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CGGCGGCCTTGCGCTGCTGGCGGCCGGAGGTA...CAGTGGACGCGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTCCTGGAGGCCTGCTGTGCGGACGGACACCGGATGGCCACTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115709 TCCTCCTGGAGGCCTGCTGTGCGGACGGACACCGGATGGCCACTCATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGACTGCTCGCTGCCATATGCTACGGAATCCAAAGAATGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115759 AAGGACTGCTCGCTGCCATATGCTACGGAATCCAAAGAATGCAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GATGGTGCAGGAGCAGTGCTGCCACAGCCAGCTGGAGGAGCTGCACT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122555 CAGGATGGTGCAGGAGCAGTGCTGCCACAGCCAGCTGGAGGAGCTGCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGCCACGGGCATCAGCCTGGCCAACGAGCAGGACCGCTGTGCCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122605 GTGCCACGGGCATCAGCCTGGCCAACGAGCAGGACCGCTGTGCCACGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACGGTGACAACGCCAGCCTGGAGGCCACATTTGTGAAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122655 CACGGTGACAACGCCAGCCTGGAGGCCACATTTGTGAAGGTG...CAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGCTGCCATTGCTGTCTGCTGGGGAGGGCGGCCCAGGCCCAGGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124864 GTGCTGCCATTGCTGTCTGCTGGGGAGGGCGGCCCAGGCCCAGGGCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTGCGAGTACAGCCTCATGGTTGGCTACCAGTGTGGACAGGTCTTCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 124914 GCTGCGAGTACAGCCTCATGGTTGGCTACCAGTGTGGACAGGTCTTCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCATGCTGTGTCAAGAGCCAGGAGACCGGAGATTTGGATGTCGGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124964 GCATGCTGTGTCAAGAGCCAGGAGACCGGAGATTTGGATGTCGGGGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAAGAAACGG         ATAAGATCATTGAGGTTGAGGAGGAACAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 125014 CCAAGAAACGGGTA...TAGATAAGATCATTGAGGTTGAGGAGGAACAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGACCCATATCTGAATGACCGCTGCCGAG         GAGGCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 128310 AGGACCCATATCTGAATGACCGCTGCCGAGGTG...CAGGAGGCGGGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGCAAGCAGCAGTGCCGAGACACGGGTGACGAGGTGGTCTGCTCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130089 TGCAAGCAGCAGTGCCGAGACACGGGTGACGAGGTGGTCTGCTCCTGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTGGGCTACCAGCTGCTGTCTGATGGTGTCTCCTGTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 130139 CGTGGGCTACCAGCTGCTGTCTGATGGTGTCTCCTGTGAAGGTA...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGTCAATGAATGCATCACGGGCAGCCACAGCTGCCGGCTTGGAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130776 ATGTCAATGAATGCATCACGGGCAGCCACAGCTGCCGGCTTGGAGAATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGCATCAACACAGTGGGCTCTTTCCGCTGCCAGCGGGACAGCAGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130826 TGCATCAACACAGTGGGCTCTTTCCGCTGCCAGCGGGACAGCAGCTGCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACTGGCTATGAGCTCACAGAGGACAATAGCTGCAAAG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 130876 GACTGGCTATGAGCTCACAGAGGACAATAGCTGCAAAGGTA...CAGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGACGAGTGTGAGAGTGGTATTCATAACTGCCTCCCCGATTTTATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132218 TTGACGAGTGTGAGAGTGGTATTCATAACTGCCTCCCCGATTTTATCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGAATACTCTGGGATCCTTCCGCTGCCGACCCAAGCTACAGTGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132268 CAGAATACTCTGGGATCCTTCCGCTGCCGACCCAAGCTACAGTGCAAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGCTTTATACAAGATGCTCTAGGCAACTGTATTG         ATATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 132318 TGGCTTTATACAAGATGCTCTAGGCAACTGTATTGGTA...TAGATATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGAGTGTTTGAGTATCAGTGCCCCGTGCCCTATCGGGCATACATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138250 ATGAGTGTTTGAGTATCAGTGCCCCGTGCCCTATCGGGCATACATGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACACAGAGGGCTCCTACACGTGCCAGAAGAACGTGCCCAACTGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138300 AACACAGAGGGCTCCTACACGTGCCAGAAGAACGTGCCCAACTGTGGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGCTACCATCTCAACGAGGAGGGAACGCGCTGTGTTG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138350 TGGCTACCATCTCAACGAGGAGGGAACGCGCTGTGTTGGTT...AAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGACGAGTGCGCGCCACCTGCTGAGCCCTGTGGGAAGGGACATCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139173 TGGACGAGTGCGCGCCACCTGCTGAGCCCTGTGGGAAGGGACATCGCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGAACTCTCCCGGCAGTTTCCGCTGCGAATGCAAGACGGGTTACTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139223 GTGAACTCTCCCGGCAGTTTCCGCTGCGAATGCAAGACGGGTTACTATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGACGGCATCAGCAGGATGTGTGTCG         ATGTCAACGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 139273 TGACGGCATCAGCAGGATGTGTGTCGGTG...CAGATGTCAACGAGTGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCGCTACCCCGGGCGCCTGTGTGGCCACAAGTGCGAGAACACGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140431 AGCGCTACCCCGGGCGCCTGTGTGGCCACAAGTGCGAGAACACGCTGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCCTACCTCTGCAGCTGTTCCGTGGGCTTCCGGCTCTCTGTGGATGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140481 TCCTACCTCTGCAGCTGTTCCGTGGGCTTCCGGCTCTCTGTGGATGGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTCATGTGAAG         ACATCAATGAGTGCAGCAGCAGCCCCTGTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140531 GTCATGTGAAGGTG...CAGACATCAATGAGTGCAGCAGCAGCCCCTGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCCAGGAGTGTGCCAACGTCTACGGCTCCTACCAGTGTTACTGCCGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144130 GCCAGGAGTGTGCCAACGTCTACGGCTCCTACCAGTGTTACTGCCGGCGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GGCTACCAGCTCAGCGATGTGGATGGAGTCACCTGTGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 144180 GGCTACCAGCTCAGCGATGTGGATGGAGTCACCTGTGAAGGTG...CAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CATCGACGAGTGCGCCCTGCCCACCGGGGGCCACATCTGCTCCTACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145629 CATCGACGAGTGCGCCCTGCCCACCGGGGGCCACATCTGCTCCTACCGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCATCAACATCCCTGGAAGCTTCCAGTGCAGCTGCCCCTCGTCTGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145679 GCATCAACATCCCTGGAAGCTTCCAGTGCAGCTGCCCCTCGTCTGGCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGGCTGGCCCCCAATGGCCGCAACTGCCAAG         ACATTGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 145729 AGGCTGGCCCCCAATGGCCGCAACTGCCAAGGTG...CAGACATTGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GTGTGTGACTGGCATCCACAACTGCTCCATCAACGAGACCTGCTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147517 GTGTGTGACTGGCATCCACAACTGCTCCATCAACGAGACCTGCTTCAACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCCAGGGCGGCTTCCGCTGCCTGGCCTTCGAGTGCCCTGAGAACTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147567 TCCAGGGCGGCTTCCGCTGCCTGGCCTTCGAGTGCCCTGAGAACTACCGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGCTCCGCAGCCAC         GCTCCAGCAGGAGAAGACAGACACGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 147617 CGCTCCGCAGCCACGTA...CAGGCTCCAGCAGGAGAAGACAGACACGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCGCTGCATCAAGTCCTGCCGCCCCAACGATGTCACATGCGTGTTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171553 CCGCTGCATCAAGTCCTGCCGCCCCAACGATGTCACATGCGTGTTCGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCGTGCACACCATCTCCCACACCGTCATCTCGCTGCCTACCTTCCGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171603 CCGTGCACACCATCTCCCACACCGTCATCTCGCTGCCTACCTTCCGCGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TTCACCCGCCCTGAAG         AGATCATCTTCCTCCGGGCCATCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 171653 TTCACCCGCCCTGAAGGTG...CAGAGATCATCTTCCTCCGGGCCATCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCCACCGCATCCTGCCAGCCAGGCTAACATCATCTTCGACATCACGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174017 GCCACCGCATCCTGCCAGCCAGGCTAACATCATCTTCGACATCACGGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GGAACCTGCGGGACTCTTTTGACATCATCAAGCGTTACATGGACGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174067 GGAACCTGCGGGACTCTTTTGACATCATCAAGCGTTACATGGACGGCATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 ACCGTGG         GTGTCGTGCGCCAGGTGCGGCCCATCGTGGGCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174117 ACCGTGGGTG...CAGGTGTCGTGCGCCAGGTGCGGCCCATCGTGGGCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 ATTTCATGCCGTCCTGAAGCTGGAGATGAACTATGTGGTCGGGGGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197356 ATTTCATGCCGTCCTGAAGCTGGAGATGAACTATGTGGTCGGGGGCGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TCTCCCACCGAAATGTTGTCAACGTCCACATCTTCGTCTCTGAGTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197406 TCTCCCACCGAAATGTTGTCAACGTCCACATCTTCGTCTCTGAGTACTGG

   2250 
   2107 TTC
        |||
 197456 TTC