seq1 = pF1KB9967.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KB9967/gi568815593f_132194617.tfa (gi568815593f:132194617_132443832), 249216 bp

>pF1KB9967 1653
>gi568815593f:132194617_132443832 (Chr5)

1-393  (100001-100393)   100% ->
394-497  (117545-117648)   100% ->
498-652  (118998-119152)   99% ->
653-824  (127568-127739)   100% ->
825-951  (132661-132787)   100% ->
952-1046  (137140-137234)   100% ->
1047-1261  (140102-140316)   99% ->
1262-1444  (141202-141384)   100% ->
1445-1580  (145949-146084)   100% ->
1581-1653  (149144-149216)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGACTACGACGAGGTGATCGCCTTCCTGGGCGAGTGGGGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGACTACGACGAGGTGATCGCCTTCCTGGGCGAGTGGGGGCCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCGCCTCATCTTCTTCCTGCTCAGCGCCAGCATCATCCCCAATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCGCCTCATCTTCTTCCTGCTCAGCGCCAGCATCATCCCCAATGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAATGGTATGTCAGTCGTGTTCCTGGCGGGGACCCCGGAGCACCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAATGGTATGTCAGTCGTGTTCCTGGCGGGGACCCCGGAGCACCGCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGAGTGCCGGACGCCGCGAACCTGAGCAGCGCCTGGCGCAACAACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGAGTGCCGGACGCCGCGAACCTGAGCAGCGCCTGGCGCAACAACAGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGCTGCGGCTGCGGGACGGCCGCGAGGTGCCCCACAGCTGCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGCTGCGGCTGCGGGACGGCCGCGAGGTGCCCCACAGCTGCAGCCGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCGGCTCGCCACCATCGCCAACTTCTCGGCGCTCGGGCTGGAGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCGGCTCGCCACCATCGCCAACTTCTCGGCGCTCGGGCTGGAGCCGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCGACGTGGACCTGGGGCAGCTGGAGCAGGAGAGCTGCCTGGATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCGACGTGGACCTGGGGCAGCTGGAGCAGGAGAGCTGCCTGGATGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGTTCAGCCAGGACGTCTACCTGTCCACCGTCGTGACCGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100351 GGAGTTCAGCCAGGACGTCTACCTGTCCACCGTCGTGACCGAGGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394   TGGAATCTGGTGTGTGAGGACAACTGGAAGGTGCCCCTCACCACCTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117543 AGTGGAATCTGGTGTGTGAGGACAACTGGAAGGTGCCCCTCACCACCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGTTCTTCGTAGGCGTGCTCCTCGGCTCCTTCGTGTCCGGGCAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117593 CTGTTCTTCGTAGGCGTGCTCCTCGGCTCCTTCGTGTCCGGGCAGCTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGACAG         GTTTGGCAGGAAGAACGTTCTCTTTGCAACCATGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 117643 AGACAGGTA...TAGGTTTGGCAGGAAGAACGTTCTCTTCGCAACCATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGTACAGACTGGCTTCAGCTTCCTGCAGATTTTCTCCATCAGCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119033 CTGTACAGACTGGCTTCAGCTTCCTGCAGATTTTCTCCATCAGCTGGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGTTCACTGTGTTATTTGTCATCGTGGGCATGGGCCAGATCTCCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119083 ATGTTCACTGTGTTATTTGTCATCGTGGGCATGGGCCAGATCTCCAACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTGGTAGCCTTCATACTAG         GAACAGAAATTCTTGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119133 TGTGGTAGCCTTCATACTAGGTA...CAGGAACAGAAATTCTTGGCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGTTCGTATTATATTCTCTACATTAGGAGTGTGCACATTTTTTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127589 CAGTTCGTATTATATTCTCTACATTAGGAGTGTGCACATTTTTTGCAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGCTATATGCTGCTGCCACTGTTTGCTTACTTCATCAGAGACTGGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127639 GGCTATATGCTGCTGCCACTGTTTGCTTACTTCATCAGAGACTGGCGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCTGCTGCTGGCGCTGACGGTGCCGGGAGTGCTGTGTGTCCCGCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127689 GCTGCTGCTGGCGCTGACGGTGCCGGGAGTGCTGTGTGTCCCGCTGTGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 G         GTTCATTCCTGAATCTCCCCGATGGCTGATATCCCAGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127739 GGTG...TAGGTTCATTCCTGAATCTCCCCGATGGCTGATATCCCAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGATTTAGAGAGGCTGAAGATATCATCCAAAAAGCTGCAAAAATGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132701 AGATTTAGAGAGGCTGAAGATATCATCCAAAAAGCTGCAAAAATGAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATAGCTGTACCAGCAGTGATATTTGATTCTGTGGAG         GAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 132751 CATAGCTGTACCAGCAGTGATATTTGATTCTGTGGAGGTA...CAGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TAAATCCCCTGAAGCAGCAGAAAGCTTTCATTCTGGACCTGTTCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137144 TAAATCCCCTGAAGCAGCAGAAAGCTTTCATTCTGGACCTGTTCAGGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGGAATATTGCCATAATGACCATTATGTCTTTGCTGCTATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 137194 CGGAATATTGCCATAATGACCATTATGTCTTTGCTGCTATGGTA...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GATGCTGACCTCAGTGGGTTACTTTGCTCTGTCTCTGGATGCTCCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140102 GATGCTGACCTCAGTGGGTTACTTTGCTCTGTCTCTGGATGCTCCTAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TACATGGAGATGCCTACCTGAACTGTTTCCTCTCTGCCTTGATTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140152 TACATGGAGATGCCTACCTGAACTGTTTCCTCTCTGCCTTGATTGAAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCAGCTTACATTACAGCCTGGCTGCTATTGCGAACCCTGCCCAGGCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140202 CCAGCTTACATTACAGCCTGGCTGCTATTGCGAACCCTGCCCAGGCGTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TATCATAGCTGCAGTACTGTTCTGGGGAGGAGGTGTCCTTCTCTTCATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 140252 TATCATAGCTGCAGTACTGTTCTGGGGAGGAGGTGTGCTTCTCTTCATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AACTGGTACCTGTGG         ATTATTACTTCTTATCCATTGGTCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 140302 AACTGGTACCTGTGGGTA...CAGATTATTACTTCTTATCCATTGGTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTCATGCTGGGAAAATTTGGGATCACCTCTGCTTTCTCCATGCTGTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141228 GTCATGCTGGGAAAATTTGGGATCACCTCTGCTTTCTCCATGCTGTATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTTCACTGCTGAGCTCTACCCAACCCTGGTCAGGAACATGGCGGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141278 CTTCACTGCTGAGCTCTACCCAACCCTGGTCAGGAACATGGCGGTGGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCACATCCACGGCCTCCAGAGTGGGCAGCATCATTGCCCCCTACTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141328 TCACATCCACGGCCTCCAGAGTGGGCAGCATCATTGCCCCCTACTTTGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TACCTCG         GTGCTTACAACAGAATGCTGCCCTACATCGTCAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141378 TACCTCGGTG...CAGGTGCTTACAACAGAATGCTGCCCTACATCGTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGGTAGTCTGACTGTCCTGATTGGAATCCTCACCCTTTTTTTCCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145983 GGGTAGTCTGACTGTCCTGATTGGAATCCTCACCCTTTTTTTCCCTGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GTTTGGGAATGACTCTTCCAGAAACCTTAGAGCAGATGCAGAAAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146033 GTTTGGGAATGACTCTTCCAGAAACCTTAGAGCAGATGCAGAAAGTGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TG         GTTCAGATCTGGGAAAAAAACAAGAGACTCAATGGAGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146083 TGGTA...CAGGTTCAGATCTGGGAAAAAAACAAGAGACTCAATGGAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :
   1620 AGAAGAAAATCCCAAGGTTCTAATAACTGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149183 AGAAGAAAATCCCAAGGTTCTAATAACTGCATTC