seq1 = pF1KB9966.tfa, 2085 bp
seq2 = pF1KB9966/gi568815596r_48862736.tfa (gi568815596r:48862736_49254417), 391682 bp

>pF1KB9966 2085
>gi568815596r:48862736_49254417 (Chr2)

(complement)

1-153  (100001-100153)   100% ==
225-299  (234258-234332)   100% ->
300-374  (236855-236929)   100% ->
375-446  (263781-263852)   100% ->
447-524  (265364-265441)   100% ->
525-593  (271252-271320)   100% ->
594-668  (271432-271506)   100% ->
669-854  (285535-285720)   100% ->
855-2085  (290452-291682)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGCTCCTGGTCTCTTTGCTGGCATTCCTGAGCTTGGGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGCTCCTGGTCTCTTTGCTGGCATTCCTGAGCTTGGGCTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGTCATCATCGGATCTGTCACTGCTCTAACAGGGTTTTTCTCTGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGTCATCATCGGATCTGTCACTGCTCTAACAGGGTTTTTCTCTGCCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGCAAGGTGACAGAGATTCCTTCTGACCTCCCGAGGAATGCCATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGCAAGGTGACAGAGATTCCTTCTGACCTCCCGAGGAATGCCATTGAA

    150 
    151 CTG
        |||
 100151 CTG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    225 AGAGATCTCTCAGAATGATGTCTTGGAGGTGATAGAGGCAGATGTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234258 AGAGATCTCTCAGAATGATGTCTTGGAGGTGATAGAGGCAGATGTGTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275 CCAACCTTCCCAAATTACATGAAAT         TAGAATTGAAAAGGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 234308 CCAACCTTCCCAAATTACATGAAATGTA...CAGTAGAATTGAAAAGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    316 AACAACCTGCTCTACATCAACCCTGAGGCCTTCCAGAACCTTCCCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236871 AACAACCTGCTCTACATCAACCCTGAGGCCTTCCAGAACCTTCCCAACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    366 TCAATATCT         GTTAATATCCAACACAGGTATTAAGCACCTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 236921 TCAATATCTGTA...TAGGTTAATATCCAACACAGGTATTAAGCACCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    407 CAGATGTTCACAAGATTCATTCTCTCCAAAAAGTTTTACT         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 263813 CAGATGTTCACAAGATTCATTCTCTCCAAAAAGTTTTACTGTA...TAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    448 GACATTCAAGATAACATAAACATCCACACAATTGAAAGAAATTCTTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265365 GACATTCAAGATAACATAAACATCCACACAATTGAAAGAAATTCTTTCGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498 GGGGCTGAGCTTTGAAAGTGTGATTCT         ATGGCTGAATAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 265415 GGGGCTGAGCTTTGAAAGTGTGATTCTGTA...CAGATGGCTGAATAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 ATGGGATTCAAGAAATACACAACTGTGCATTCAATGGAACCCAACTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271266 ATGGGATTCAAGAAATACACAACTGTGCATTCAATGGAACCCAACTAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 GAGCT         GAATCTAAGCGATAATAATAATTTAGAAGAATTGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271316 GAGCTGTA...CAGGAATCTAAGCGATAATAATAATTTAGAAGAATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 TAATGATGTTTTCCACGGAGCCTCTGGACCAGTCATTCT         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 271468 TAATGATGTTTTCCACGGAGCCTCTGGACCAGTCATTCTGTG...TAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671 ATATTTCAAGAACAAGGATCCATTCCCTGCCTAGCTATGGCTTAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285537 ATATTTCAAGAACAAGGATCCATTCCCTGCCTAGCTATGGCTTAGAAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    721 CTTAAGAAGCTGAGGGCCAGGTCGACTTACAACTTAAAAAAGCTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285587 CTTAAGAAGCTGAGGGCCAGGTCGACTTACAACTTAAAAAAGCTGCCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    771 TCTGGAAAAGCTTGTCGCCCTCATGGAAGCCAGCCTCACCTATCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285637 TCTGGAAAAGCTTGTCGCCCTCATGGAAGCCAGCCTCACCTATCCCAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    821 ATTGCTGTGCCTTTGCAAACTGGAGACGGCAAAT         CTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 285687 ATTGCTGTGCCTTTGCAAACTGGAGACGGCAAATGTG...TAGCTCTGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862 CTTCATCCAATTTGCAACAAATCTATTTTAAGGCAAGAAGTTGATTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290459 CTTCATCCAATTTGCAACAAATCTATTTTAAGGCAAGAAGTTGATTATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912 GACTCAGACTAGGGGTCAGAGATCCTCTCTGGCAGAAGACAATGAGTCCA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290509 GACTCAGGCTAGGGGTCAGAGATCCTCTCTGGCAGAAGACAATGAGTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 GCTACAGCAGAGGATTTGACATGACGTACACTGAGTTTGACTATGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290559 GCTACAGCAGAGGATTTGACATGACGTACACTGAGTTTGACTATGACTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012 TGCAATGAAGTGGTTGACGTGACCTGCTCCCCTAAGCCAGATGCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290609 TGCAATGAAGTGGTTGACGTGACCTGCTCCCCTAAGCCAGATGCATTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062 CCCATGTGAAGATATCATGGGGTACAACATCCTCAGAGTCCTGATATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290659 CCCATGTGAAGATATCATGGGGTACAACATCCTCAGAGTCCTGATATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 TTATCAGCATCCTGGCCATCACTGGGAACATCATAGTGCTAGTGATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290709 TTATCAGCATCCTGGCCATCACTGGGAACATCATAGTGCTAGTGATCCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 ACTACCAGCCAATATAAACTCACAGTCCCCAGGTTCCTTATGTGCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290759 ACTACCAGCCAATATAAACTCACAGTCCCCAGGTTCCTTATGTGCAACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1212 GGCCTTTGCTGATCTCTGCATTGGAATCTACCTGCTGCTCATTGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290809 GGCCTTTGCTGATCTCTGCATTGGAATCTACCTGCTGCTCATTGCATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1262 TTGATATCCATACCAAGAGCCAATATCACAACTATGCCATTGACTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290859 TTGATATCCATACCAAGAGCCAATATCACAACTATGCCATTGACTGGCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312 ACTGGGGCAGGCTGTGATGCTGCTGGCTTTTTCACTGTCTTTGCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290909 ACTGGGGCAGGCTGTGATGCTGCTGGCTTTTTCACTGTCTTTGCCAGTGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1362 GCTGTCAGTCTACACTCTGACAGCTATCACCTTGGAAAGATGGCATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290959 GCTGTCAGTCTACACTCTGACAGCTATCACCTTGGAAAGATGGCATACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1412 TCACGCATGCCATGCAGCTGGACTGCAAGGTGCAGCTCCGCCATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291009 TCACGCATGCCATGCAGCTGGACTGCAAGGTGCAGCTCCGCCATGCTGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1462 AGTGTCATGGTGATGGGCTGGATTTTTGCTTTTGCAGCTGCCCTCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291059 AGTGTCATGGTGATGGGCTGGATTTTTGCTTTTGCAGCTGCCCTCTTTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1512 CATCTTTGGCATCAGCAGCTACATGAAGGTGAGCATCTGCCTGCCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291109 CATCTTTGGCATCAGCAGCTACATGAAGGTGAGCATCTGCCTGCCCATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1562 ATATTGACAGCCCTTTGTCACAGCTGTATGTCATGTCCCTCCTTGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291159 ATATTGACAGCCCTTTGTCACAGCTGTATGTCATGTCCCTCCTTGTGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1612 AATGTCCTGGCCTTTGTGGTCATCTGTGGCTGCTATATCCACATCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291209 AATGTCCTGGCCTTTGTGGTCATCTGTGGCTGCTATATCCACATCTACCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1662 CACAGTGCGGAACCCCAACATCGTGTCCTCCTCTAGTGACACCAGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291259 CACAGTGCGGAACCCCAACATCGTGTCCTCCTCTAGTGACACCAGGATCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1712 CCAAGCGCATGGCCATGCTCATCTTCACTGACTTCCTCTGCATGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291309 CCAAGCGCATGGCCATGCTCATCTTCACTGACTTCCTCTGCATGGCACCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1762 ATTTCTTTCTTTGCCATTTCTGCCTCCCTCAAGGTGCCCCTCATCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291359 ATTTCTTTCTTTGCCATTTCTGCCTCCCTCAAGGTGCCCCTCATCACTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1812 GTCCAAAGCAAAGATTCTGCTGGTTCTGTTTCACCCCATCAACTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291409 GTCCAAAGCAAAGATTCTGCTGGTTCTGTTTCACCCCATCAACTCCTGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1862 CCAACCCCTTCCTCTATGCCATCTTTACCAAAAACTTTCGCAGAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291459 CCAACCCCTTCCTCTATGCCATCTTTACCAAAAACTTTCGCAGAGATTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1912 TTCATTCTGCTGAGCAAGTGTGGCTGCTATGAAATGCAAGCCCAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291509 TTCATTCTGCTGAGCAAGTGTGGCTGCTATGAAATGCAAGCCCAAATTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1962 TAGGACAGAAACTTCATCCACTGTCCACAACACCCATCCAAGGAATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291559 TAGGACAGAAACTTCATCCACTGTCCACAACACCCATCCAAGGAATGGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2012 ACTGCTCTTCAGCTCCCAGAGTCACCAATGGTTCCACTTACATACTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 291609 ACTGCTCTTCAGCTCCCAGAGTCACCAGTGGTTCCACTTACATACTTGTC

   1900     .    :    .    :
   2062 CCTCTAAGTCATTTAGCCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||
 291659 CCTCTAAGTCATTTAGCCCAAAAC