seq1 = pF1KB9957.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KB9957/gi568815597f_192969055.tfa (gi568815597f:192969055_193184728), 215674 bp

>pF1KB9957 1614
>gi568815597f:192969055_193184728 (Chr1)

1-580  (100001-100580)   100% ->
581-801  (106766-106986)   100% ->
802-948  (107447-107593)   100% ->
949-1086  (107859-107996)   100% ->
1087-1203  (112310-112426)   100% ->
1204-1317  (113132-113245)   100% ->
1318-1464  (113508-113654)   100% ->
1465-1614  (115525-115674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAATCTGTAAACCAAATGCAGCCACTGAATGAGAAGCAGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAATCTGTAAACCAAATGCAGCCACTGAATGAGAAGCAGATAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATTCTCAGGATGGATATGTATGGCAAGTCACTGACATGAATCGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATTCTCAGGATGGATATGTATGGCAAGTCACTGACATGAATCGACTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGGTTCTTATGTTTCGGTTCTGAAGGTGGGACTTATTATATCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGGTTCTTATGTTTCGGTTCTGAAGGTGGGACTTATTATATCAAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGAAGTTGGGCCTTGAAAATGCTGAAGCTTTAATTAGATTGATTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGAAGTTGGGCCTTGAAAATGCTGAAGCTTTAATTAGATTGATTGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGCAGAGGATGTGAAGTGATACAAGAAATAAAGTCATTTAGTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGCAGAGGATGTGAAGTGATACAAGAAATAAAGTCATTTAGTCAAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGAACCACAAAGCAAGAGCCTATGCTCTTTGCACTTGCCATTTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGAACCACAAAGCAAGAGCCTATGCTCTTTGCACTTGCCATTTGTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTGCTCCGACATAAGCACAAAACAAGCAGCATTTAAAGCTGTTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGTGCTCCGACATAAGCACAAAACAAGCAGCATTTAAAGCTGTTTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTTTGTCGCATTCCTACCCATCTCTTTACTTTTATCCAGTTTAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTTTGTCGCATTCCTACCCATCTCTTTACTTTTATCCAGTTTAAGAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATCTGAAGGAAAGCATGAAATGTGGCATGTGGGGTCGTGCCCTCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATCTGAAGGAAAGCATGAAATGTGGCATGTGGGGTCGTGCCCTCCGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTATAGCGGACTGGTACAATGAGAAAGGTGGCATGGCCCTTGCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTATAGCGGACTGGTACAATGAGAAAGGTGGCATGGCCCTTGCTCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTTACAAAATATAAACAGAGAAATGGCTGGTCTCACAAAGATCTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTTACAAAATATAAACAGAGAAATGGCTGGTCTCACAAAGATCTATTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GATTGTCACATCTTAAACCTTCCAGTGAAG         GACTTGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100551 GATTGTCACATCTTAAACCTTCCAGTGAAGGTA...AAGGACTTGCAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGACCAAATATATTACAAAGGGCTGGAAAGAAGTTCATGAATTGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106777 GTGACCAAATATATTACAAAGGGCTGGAAAGAAGTTCATGAATTGTATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAAAAAGCACTCTCTGTGGAGACTGAAAAATTATTAAAGTATCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106827 AGAAAAAGCACTCTCTGTGGAGACTGAAAAATTATTAAAGTATCTGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGTAGAGAAAGTGAAGCGCACAAGAGATGAGCTAGAAGTCATTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106877 CTGTAGAGAAAGTGAAGCGCACAAGAGATGAGCTAGAAGTCATTCATCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATAGAAGAACATAGATTAGTTAGAGAACATCTTTTAACAAATCACTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106927 ATAGAAGAACATAGATTAGTTAGAGAACATCTTTTAACAAATCACTTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTCTAAAGAG         GTATGGAAGGCTTTGTTACAAGAAATGCCGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106977 GTCTAAAGAGGTG...TAGGTATGGAAGGCTTTGTTACAAGAAATGCCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTACTGCATTACTAAGGAATCTAGGAAAGATGACTGCTAATTCAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107478 TTACTGCATTACTAAGGAATCTAGGAAAGATGACTGCTAATTCAGTACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAACCAGGAAATTCAGAAGTATCTTTAGTATGTGAAAAACTGTGTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107528 GAACCAGGAAATTCAGAAGTATCTTTAGTATGTGAAAAACTGTGTAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AAAACTATTAAAAAAG         GCTCGTATACATCCATTTCATATTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107578 AAAACTATTAAAAAAGGTA...TAGGCTCGTATACATCCATTTCATATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGATCGCATTAGAAACTTACAAGACAGGTCATGGTCTCAGAGGGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107884 TGATCGCATTAGAAACTTACAAGACAGGTCATGGTCTCAGAGGGAAACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAGTGGCGCCCTGATGAAGAAATTTTGAAAGCATTGGATGCTGCTTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107934 AAGTGGCGCCCTGATGAAGAAATTTTGAAAGCATTGGATGCTGCTTTTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TAAAACATTTAAG         ACAGTTGAACCAACTGGAAAACGTTTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107984 TAAAACATTTAAGGTA...TAGACAGTTGAACCAACTGGAAAACGTTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TACTAGCTGTTGATGTCAGTGCTTCTATGAACCAAAGAGTTTTGGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112338 TACTAGCTGTTGATGTCAGTGCTTCTATGAACCAAAGAGTTTTGGGTAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ATACTCAACGCTAGTACAGTTGCTGCAGCAATGTGCATG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112388 ATACTCAACGCTAGTACAGTTGCTGCAGCAATGTGCATGGTG...CAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGTCACACGAACAGAAAAAGATTCTTATGTAGTTGCTTTTTCCGATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113134 TGTCACACGAACAGAAAAAGATTCTTATGTAGTTGCTTTTTCCGATGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGGTACCATGTCCAGTGACTACAGATATGACCTTACAACAGGTTTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113184 TGGTACCATGTCCAGTGACTACAGATATGACCTTACAACAGGTTTTAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GCTATGAGTCAG         ATCCCAGCAGGTGGAACTGATTGCTCTCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113234 GCTATGAGTCAGGTA...TAGATCCCAGCAGGTGGAACTGATTGCTCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TCCAATGATCTGGGCTCAGAAGACAAACACACCTGCTGATGTCTTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113537 TCCAATGATCTGGGCTCAGAAGACAAACACACCTGCTGATGTCTTCATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TATTCACTGATAATGAGACCTTTGCTGGAGGTGTCCATCCTGCTATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113587 TATTCACTGATAATGAGACCTTTGCTGGAGGTGTCCATCCTGCTATTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CTGAGGGAGTATCGAAAG         AAAATGGATATTCCAGCTAAATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 113637 CTGAGGGAGTATCGAAAGGTA...CAGAAAATGGATATTCCAGCTAAATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GATTGTTTGTGGAATGACATCAAATGGTTTCACCATTGCAGACCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115548 GATTGTTTGTGGAATGACATCAAATGGTTTCACCATTGCAGACCCAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 ATAGAGGCATGTTGGATATGTGCGGCTTTGATACTGGAGCTCTGGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115598 ATAGAGGCATGTTGGATATGTGCGGCTTTGATACTGGAGCTCTGGATGTA

   1650     .    :    .    :    .
   1588 ATTCGAAATTTCACATTAGATATGATT
        |||||||||||||||||||||||||||
 115648 ATTCGAAATTTCACATTAGATATGATT