seq1 = pF1KB9949.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KB9949/gi568815592r_129057526.tfa (gi568815592r:129057526_129259116), 201591 bp

>pF1KB9949 1596
>gi568815592r:129057526_129259116 (Chr6)

(complement)

1-1596  (99997-101591)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCAGCTATACATTTACATCAGATTATTGGGAGCCTATTTGTTCAT
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 ATGACTCAGCTATACATTTACATCAGATTATTGGGAGCCTATTTGTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTTCTCGTGTTCAAGGACAGAATCTGGATAGTATGCTTCATGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
 100047 CATTTCTCGTGTTCAAGGACAGAATCTGGATAGTATGCTCCACGGCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATGAAATCAGACTCCGACCAGAAAAAGTCAGAAAATGGAGTAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 GGATGAAATCAGACTCCGACCAGAAAAAGTCAGAAAATGGAGTAACCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCACCAGAGGATACCTTGCCTTTTTTAAAGTGCTATTGCTCAGGGCACTG
        |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
 100147 GCACCAGAGGATACCTTGCCTTTTTTCAAGTGCTATTGCTGAGGGCACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCAGATGATGCTATTAATAACACATGCATAACTAATGGACATTGCTTTG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100197 CCCAGATGATGCTATTAATAACACATGCATAACTAATGGACGTTGCTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCATCATAGAAGAAGATGACCAGGGAGAAACCACATTAGCTTCAGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 CCATCATAGAAGAAGATGACCAGGGAGAAACCACATTAGCTTCAGGGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGAAATATGAAGGATCTGATTTTCAGTGCAAAGATTCTCCAAAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 ATGAAATATGAAGGATCTGATTTTCAGTGCAAAGATTCTCCAAAAGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTACGCCGGACAATAGAATGTTGTCGGACCAATTTATGTAACCAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 GCTACGCCGGACAATAGAATGTTGTCGGACCAATTTATGTAACCAGTATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCAACCCACACTGCCCCCTGTTGTCATAGGTCCGTTTTTTGATGGCAGC
        |||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 TGCAACCCACA TGCCCCCTGTTGTCATAGGTCCGTTTTTTGATGGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTCGATGGCTGGTTTTGCTCATTTCTATGGCTGTCTGCATAATTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100446 ATTCGATGGCTGGTTTTGCTCATTTCTATGGCTGTCTGCATAATTGCTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GATCATCTTCTCCAGCTGCTTTTGTTACAAACATTATTGCAAGAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 GATCATCTTCTCCAGCTGCTTTTGTTACAAACATTATTGCAAGAGCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAAGCAGACGTCGTTACAATCGTGATTTGGAACAGGATGAAGCATTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100546 CAAGCAGACGTCGTTACAATCGTGATTTGGAACAGGATGAAGCATTTATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCAGTTGGAGAATCACTAAAAGACCTTATTGACCAGTCACAAAGTTCTGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100596 CCAGTTGGAAAATCACTAAAAGACCTTATTGACCAGTCACAAAGTTCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAGTGGGTCTGGACTACCTTTATTGGTTCAGCGAACTATTGCCAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100646 TAGTGGGTCTGGACTACCTTTATTGGTTCAGCGAACTATTGCCAAACAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCAGATGGTCCGGCAAGTTGGTAAAGGCCGATATGGAGAAGTATGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100696 TTCAGATGGTCCGGCAAGTTGGTAAAGGCCGATATGGAGAAGTACGGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCAAATGGCGTGGCGAAAAAGTGGCGGTGAAAGTATTCTTTACCACTGA
        |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100746 GGCAAATGGCATGGCGAAAGAGTGGCGGTGAAAGTATTCTTTACCACTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGAAGCCAGCTGGTTTCGAGAAACAGAAATCTACCAAACTGTGCTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100796 AGAAGCCAGCTGGTTTCGAGAAACAGAAATCTACCAAACTGTGCTAATGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCATGAAAACATACTTGGTTTCATAGCGGCAGACATTAAAGGTACAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100846 GCCATGAAAACATACTTGGTTTCATAGCGGCAGATATTAAAGGTACAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCTGGACTCAGCTCTATTTGATTACTGATTACCATGAAAATGGATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100896 TCCTGGACTCAGCTCTATTTGATTACTGATTACCATGAAAATGGATCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTATGACTTCCTGAAATGTGCTACACTGGACACCAGAGCCCTGCTTAAAT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100946 CTATGACTTCCTGAAATGTGCTACGCTGGACACCAGAGCCCTGCTTAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGGCTTATTCAGCTGCCTGTGGTCTGTGCCACCTGCACACAGAAATTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
 100996 TGGCTTATTCAGCTGCCTGTGGTCTGTGCCACCTGCACACAGAAACGTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGCACCCAAGGAAAGCCCGCAATTGCTCATCGAGACCTAAAGAGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101046 GGCACCCAAGGAAAGCCCGCAATTGCTCATCGAGACCTAAAGAGCAAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CATCCTCATCAAGAAAAATGGGAGTTGCTGCATTGCTGACCTGGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101096 CATCCTCATCAAGAAAAATGGGAGTTGCTGCATTGCTGACCTGGGCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTGTTAAATTCAACAGTGACACAAATGAAGTTGATGTGCCCTTGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101146 CTGTTAAATTCAACAGTGACACAAATGAAGTTGATGTGCCCTTGAATACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AGGGTGGGCACCAAACGCTACATGGCTCCCGAAGTGCTGGACGAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
 101196 AGGGTGGGCACCAAACGCTACCTGGCTCCAGAAGTGCTGGACGAAAGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GAACAAAAACCACTTCCAGCCCTACATCATGGCTGACATCTACAGCTTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 101246 GAACAAAAACCACTTCCAGCCCTACATCATGGCTGATATCTACAGCTTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GCCTAATCATTTGGGAGATGGCTCGTCGTTGTATCACAGGAGGGATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101296 GCCTAATCATTTGGGAGATGGCTCGTCGTTGTATCACAGGAGGGATCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GAAGAATACCAATTGCCATATTACAACATGGTACCGAGTGATCCGTCATA
        ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 101346 GAAGACTACCAATTGCCATATTATAACATGGTACCGAGTGATCCGTCATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CGAAGATATGCGTGAGGTTGTGTGTGTCAAACGTTTGCGGCCAATTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101396 CGAAGATATGCGTGAGGTTGTGTGTGTCAAACGTTTGCGGCCAATTGTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CTAATCGGTGGAACAGTGATGAATGTCTACGAGCAGTTTTGAAGCTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101446 CTAATCGGTGGAACAGTGATGAATGTCTACGAGCAGTTTTGAAGCTAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TCAGAATGCTGGGCCCACAATCCAGCCTCCAGACTCACAGCATTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
 101496 TCAGAATGCTGGGCCCACAATCCAGCCCCCAGACTCACAGCGTTGAGAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1551 TAAGAAGACGCTTGCCAAGATGGTTGAATCCCAAGATGTAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101546 TAAGAAGACGCTTGCCAAGATGGTTGAATCCCAAGATGTAAAAATC