seq1 = pF1KB9937.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KB9937/gi568815583f_63996014.tfa (gi568815583f:63996014_64237615), 241602 bp

>pF1KB9937 1566
>gi568815583f:63996014_64237615 (Chr15)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-271  (116560-116671)   100% ->
272-399  (122104-122231)   100% ->
400-466  (122775-122841)   100% ->
467-510  (127490-127533)   100% ->
511-652  (130066-130207)   99% ->
653-731  (131161-131239)   100% ->
732-807  (131718-131793)   100% ->
808-921  (133903-134016)   100% ->
922-1015  (134215-134308)   100% ->
1016-1221  (135674-135879)   100% ->
1222-1365  (138651-138794)   100% ->
1366-1446  (140317-140397)   100% ->
1447-1518  (140848-140919)   100% ->
1519-1566  (141555-141602)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGGGTGGTGGTGGCTGTAGCGCTTCGGAGAGACTGCCTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCGGGTGGTGGTGGCTGTAGCGCTTCGGAGAGACTGCCTCCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCCCGGCCTGGAGCCGGAGTCCGAGGGGGCGGCCGGGGGATCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCCCGGCCTGGAGCCGGAGTCCGAGGGGGCGGCCGGGGGATCAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGAGGCTGGGGACAGCGACACCGAGGGGGAGGACATTTTCACCGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGAGGCTGGGGACAGCGACACCGAGGGGGAGGACATTTTCACCGGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGTGGTC         AGTAAACATCAGTCTCCAAAGATAACTACATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGTGGTCGTG...CAGAGTAAACATCAGTCTCCAAAGATAACTACATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTTCTTCCCATCAACAATGGCTCCAAAGAAAATGGGATCCATGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116592 CCTTCTTCCCATCAACAATGGCTCCAAAGAAAATGGGATCCATGAAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGACCAAGAGCCACAGGATCTCTTTGCAG         ATGCCACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116642 AAGACCAAGAGCCACAGGATCTCTTTGCAGGCA...TAGATGCCACAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCTATCCTTGGACAGCACACAAAATAATCAGAAGAAGGTGCTAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122115 GAGCTATCCTTGGACAGCACACAAAATAATCAGAAGAAGGTGCTAGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACACTCATTTCTCTTCCTCCTCAGGAAGCCACAAATTCTTCGAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122165 AACACTCATTTCTCTTCCTCCTCAGGAAGCCACAAATTCTTCGAAGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCAACCTATGAGGAG         CTAGAGGAAGAAGAACAGGAGGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 122215 AGCCAACCTATGAGGAGGTG...AAGCTAGAGGAAGAAGAACAGGAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAATTTGATTTGACAGTCGGTATAACTGATCCTGAGAAGATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122799 CAATTTGATTTGACAGTCGGTATAACTGATCCTGAGAAGATAGGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467   GGGATGGTATGAATGCATATGTAGCCTACAAAGTTACAACACAG    
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 127488 AGGGGATGGTATGAATGCATATGTAGCCTACAAAGTTACAACACAGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      ACAAGCTTACCATTGTTCAGAAGCAAACAGTTTGCAGTAAAAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127538 ..AAGACAAGCTTACCATTGTTCAGAAGCAAACAGTTTGCAGTAAAAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGATTTAGTGACTTTCTGGGTCTTTATGAGAAGCTTTCCGAGAAGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130111 AGATTTAGTGACTTTCTGGGTCTTTATGAGAAGCTTTCCGAGAAGCACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCAGAATGGCTTCATTGTCCCTCCACCCCCGGAGAAGAGCCTCATAG   
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||>>>
 130161 TCAGAATGGCTTCATTGTCCCTCCGCCCCCGGAGAAGAGCCTCATAGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653       GGATGACAAAAGTGAAAGTTGGGAAGGAAGATTCTTCTTCTGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130211 ...TAGGGATGACAAAAGTGAAAGTTGGGAAGGAAGATTCTTCTTCTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAATTTCTTGAAAAACGGAGGGCCGCTTTAGAAAG         GTACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 131205 GAATTTCTTGAAAAACGGAGGGCCGCTTTAGAAAGGTA...TAGGTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCAGAGGATTGTAAATCATCCTACCATGTTACAGGACCCTGACGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131724 TCAGAGGATTGTAAATCATCCTACCATGTTACAGGACCCTGACGTCAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGTTCTTGGAAAAAGAAGAG         CTGCCACGTGCCGTGGGTACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 131774 AGTTCTTGGAAAAAGAAGAGGTT...TAGCTGCCACGTGCCGTGGGTACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGACATTGAGTGGTGCTGGTCTCCTCAAGATGTTCAACAAAGCCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133924 CAGACATTGAGTGGTGCTGGTCTCCTCAAGATGTTCAACAAAGCCACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCCGTCAGCAAAATGACCATCAAGATGAATGAATCAGACATT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 133974 TGCCGTCAGCAAAATGACCATCAAGATGAATGAATCAGACATTGTG...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   TGGTTTGAGGAGAAGCTCCAGGAGGTAGAGTGTGAGGAGCAGCGCTTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134213 AGTGGTTTGAGGAGAAGCTCCAGGAGGTAGAGTGTGAGGAGCAGCGCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGGAAACTGCATGCTGTTGTAGAAACTCTAGTCAACCATAGGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 134263 CGGAAACTGCATGCTGTTGTAGAAACTCTAGTCAACCATAGGAAAGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1016      AGCTAGCGCTGAACACAGCCCAGTTTGCAAAGAGTCTAGCCATGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134313 ..CAGAGCTAGCGCTGAACACAGCCCAGTTTGCAAAGAGTCTAGCCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTGGGAGCTCTGAGGACAACACGGCATTGTCACGGGCACTCTCCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135719 TTGGGAGCTCTGAGGACAACACGGCATTGTCACGGGCACTCTCCCAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCTGAGGTGGAAGAAAAAATTGAGCAGCTCCACCAGGAACAGGCCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135769 GCTGAGGTGGAAGAAAAAATTGAGCAGCTCCACCAGGAACAGGCCAACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGACTTCTTCCTCCTTGCTGAGCTCCTGAGTGACTACATTCGCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135819 TGACTTCTTCCTCCTTGCTGAGCTCCTGAGTGACTACATTCGCCTCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCATAGTCCGC         GCTGCCTTCGACCAGCGCATGAAGACATGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 135869 CCATAGTCCGCGTA...CAGGCTGCCTTCGACCAGCGCATGAAGACATGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CAGCGCTGGCAGGATGCCCAAGCCACACTGCAGAAGAAGCGGGAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138681 CAGCGCTGGCAGGATGCCCAAGCCACACTGCAGAAGAAGCGGGAGGCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCTCGGCTGCTGTGGGCCAACAAGCCTGATAAGCTGCAGCAGGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138731 GGCTCGGCTGCTGTGGGCCAACAAGCCTGATAAGCTGCAGCAGGCCAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACGAGATCCTCGAG         TGGGAGTCTCGGGTGACTCAATATGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 138781 ACGAGATCCTCGAGGTG...CAGTGGGAGTCTCGGGTGACTCAATATGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AGGGACTTCGAGAGGATTTCAACAGTGGTCCGAAAAGAAGTGATACGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140344 AGGGACTTCGAGAGGATTTCAACAGTGGTCCGAAAAGAAGTGATACGGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGAG         AAAGAGAAATCCAAGGACTTCAAGAACCACGTGATCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140394 TGAGGTG...TAGAAAGAGAAATCCAAGGACTTCAAGAACCACGTGATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGTACCTTGAGACACTCCTTTACTCACAGCAGCAG         CTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 140885 AGTACCTTGAGACACTCCTTTACTCACAGCAGCAGGTA...CAGCTGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 AAGTACTGGGAAGCCTTCCTTCCTGAGGCAAAGGCCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141561 AAGTACTGGGAAGCCTTCCTTCCTGAGGCAAAGGCCATCTCC