seq1 = pF1KB9923.tfa, 1026 bp
seq2 = pF1KB9923/gi568815587f_64927538.tfa (gi568815587f:64927538_65139789), 212252 bp

>pF1KB9923 1026
>gi568815587f:64927538_65139789 (Chr11)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-135  (104631-104666)   100% ->
136-256  (104894-105014)   99% ->
257-372  (107310-107425)   100% ->
373-520  (107522-107669)   100% ->
521-664  (107983-108126)   100% ->
665-922  (111035-111292)   100% ->
923-1026  (112149-112252)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCGCCAGGCGAAGGATGACTTCCTGCGGCACTACACAGTGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCGCCAGGCGAAGGATGACTTCCTGCGGCACTACACAGTGTCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCAGGACTCACCCCAAGGGCTACACCGAGTACAAAGTAACCGCGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CCCCAGGACTCACCCCAAGGGCTACACCGAGTACAAAGTAACCGCGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         TTCATCTCAAAGAAGGACCCAGAGGATGTCAAAGAG      
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 TG...CAGTTCATCTCAAAGAAGGACCCAGAGGATGTCAAAGAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    GTGGTGGTCTGGAAGCGGTACAGCGACTTCCGCAAGCTGCATGGAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104891 TAGGTGGTGGTCTGGAAGCGGTACAGCGACTTCCGCAAGCTGCATGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGGCCTACACCCACCGCAACCTCTTCCGCCGCCTCGAGGAGTTCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 104941 CCTGGCCTACACCCACCGCAACCTCTTCCGCCGCCTCGAGGAGTTCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTTCCCCCGGGCCCAGGTGTTTG         GCCGGTTTGAAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104991 CTTTCCCCCGGGCCCAGGTGTTTGGTG...TAGGCCGGTTTGAAGCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGATCGAGGAGCGGCGAAAGGGGGCAGAGGACCTGCTTCGCTTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107327 GTGATCGAGGAGCGGCGAAAGGGGGCAGAGGACCTGCTTCGCTTCACTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCACATACCTGCGCTCAACAACAGCCCCCAGCTCAAGGAGTTCTTCCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 107377 GCACATACCTGCGCTCAACAACAGCCCCCAGCTCAAGGAGTTCTTCCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373         GGTGGGGAGGTGACCCGACCCTTGGAGGTGTCCAGGGACCTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107427 TA...CAGGGTGGGGAGGTGACCCGACCCTTGGAGGTGTCCAGGGACCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACATCCTGCCACCCCCTCTGATCCCCACCCCGCCCCCTGATGACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107564 CACATCCTGCCACCCCCTCTGATCCCCACCCCGCCCCCTGATGACCCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTATCCCAACTGCTCCCTGCAGAAAGGAGGGGCCTCGAGGAATTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107614 GCTATCCCAACTGCTCCCTGCAGAAAGGAGGGGCCTCGAGGAATTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCCAG         TGGACCCCCCACCATCCAGCCCTGCCCAGGAGGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107664 TGCCAGGTA...CAGTGGACCCCCCACCATCCAGCCCTGCCCAGGAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGATCTCCTCTTTAACTGTGAGAGCACCGAGGAGGCATCTGGTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108018 CTGGATCTCCTCTTTAACTGTGAGAGCACCGAGGAGGCATCTGGTTCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCCCGAGGCCCCCTCACCGAGGCTGAGCTTGCCCTCTTCGACCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108068 TGCCCGAGGCCCCCTCACCGAGGCTGAGCTTGCCCTCTTCGACCCCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAAGGAAG         AAGGCGCAGCCCCCAGCCCCACCCATGTGGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108118 CCAAGGAAGGTA...CAGAAGGCGCAGCCCCCAGCCCCACCCATGTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGCTGGCAACGATGGAGGTGGAGTCTGCAAGGCTGGACCAGGAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111067 GAGCTGGCAACGATGGAGGTGGAGTCTGCAAGGCTGGACCAGGAACCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGCCAGGAGGGCAGGAGGAGGAAGAGGATGGGGAAGGAGGGCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111117 GGAGCCAGGAGGGCAGGAGGAGGAAGAGGATGGGGAAGGAGGGCCCACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGCCTACCTAAGCCAGGCCACAGAGCTCATCACCCAGGCCCTGCGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111167 CTGCCTACCTAAGCCAGGCCACAGAGCTCATCACCCAGGCCCTGCGGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAAGGCAGGCGCTTACGCTGCTGCACTCCAGGGCTATCGAGACGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111217 GAGAAGGCAGGCGCTTACGCTGCTGCACTCCAGGGCTATCGAGACGGCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCACGTCTTGCTTCAGGGAGTCCCCA         GTGACCCGTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111267 GCACGTCTTGCTTCAGGGAGTCCCCAGTG...CAGGTGACCCGTTGCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCGCCAGGAAGGTGTGAAGAAGAAGGCAGCTGAGTACCTGAAGCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112164 CCCGCCAGGAAGGTGTGAAGAAGAAGGCAGCTGAGTACCTGAAGCGGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .
    988 GAGGAGATCCTGCGCCTGCACCTGTCTCAACTCCCACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112214 GAGGAGATCCTGCGCCTGCACCTGTCTCAACTCCCACCC