seq1 = pF1KB9921.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KB9921/gi568815592f_87377360.tfa (gi568815592f:87377360_87611523), 234164 bp

>pF1KB9921 1011
>gi568815592f:87377360_87611523 (Chr6)

1-16  (95645-95660)   100% ->
17-194  (100003-100180)   100% ->
195-354  (123149-123308)   100% ->
355-507  (123799-123951)   100% ->
508-574  (129023-129089)   100% ->
575-751  (131061-131237)   100% ->
752-886  (131682-131816)   100% ->
887-1011  (134040-134164)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCCCGAGAG         ACAATGTCACTTTATTATTCAAGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  95645 ATGGCTGCCCCGAGAGGTG...CAGACAATGTCACTTTATTATTCAAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATACTGCTTGGCAGTGATGACCCTGATGGCTGCAGTCTATACCATAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 ATACTGCTTGGCAGTGATGACCCTGATGGCTGCAGTCTATACCATAGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAGATACACAAGGACATCAGACAAAGAACTCTACTTTTCAACCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 TAAGATACACAAGGACATCAGACAAAGAACTCTACTTTTCAACCACAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTGTATCACAGAAGTTATAAAGTTATTGCTAAGTGTGGGAATTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 GTGTGTATCACAGAAGTTATAAAGTTATTGCTAAGTGTGGGAATTTTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAA         AGAAACTGGTAGTCTGGGTAGATTCAAAGCATCTTTAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100178 TAAGTG...AAGAGAAACTGGTAGTCTGGGTAGATTCAAAGCATCTTTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGAAAATGTCTTGGGGAGCCCCAAGGAACTGTTGAAGTTAAGTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123187 GAGAAAATGTCTTGGGGAGCCCCAAGGAACTGTTGAAGTTAAGTGTGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGTTAGTGTATGCTGTTCAGAACAACATGGCTTTCCTAGCTCTTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123237 TCGTTAGTGTATGCTGTTCAGAACAACATGGCTTTCCTAGCTCTTAGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGGATGCAGCAGTGTACCAG         GTGACCTACCAGTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123287 TCTGGATGCAGCAGTGTACCAGGTA...TAGGTGACCTACCAGTTGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCCGTGTACTGCTTTATGCACTGTTTTAATGTTAAACCGGACACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123818 TTCCGTGTACTGCTTTATGCACTGTTTTAATGTTAAACCGGACACTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAATTACAGTGGGTTTCAGTTTTTATGCTGTGTGCTGGAGTTACGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123868 AAATTACAGTGGGTTTCAGTTTTTATGCTGTGTGCTGGAGTTACGCTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACAGTGGAAACCAGCCCAAGCTACAAAAGTGGTG         GTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123918 ACAGTGGAAACCAGCCCAAGCTACAAAAGTGGTGGTA...CAGGTGGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAATCCATTATTAGGGTTTGGCGCTATAGCTATTGCTGTATTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129030 AAAATCCATTATTAGGGTTTGGCGCTATAGCTATTGCTGTATTGTGCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGATTTGCAG         GAGTATATTTTGAAAAAGTTTTAAAGAGTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 129080 GGATTTGCAGGTA...CAGGAGTATATTTTGAAAAAGTTTTAAAGAGTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATACTTCTCTTTGGGTGAGAAACATTCAAATGTATCTATCAGGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131092 AGATACTTCTCTTTGGGTGAGAAACATTCAAATGTATCTATCAGGGATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGTGACATTAGCTGGCGTCTACTTGTCAGATGGAGCTGAAATTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131142 TTGTGACATTAGCTGGCGTCTACTTGTCAGATGGAGCTGAAATTAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAGGATTTTTCTATGGTTACACATATTATGTCTGGTTTGTCATCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131192 AAAGGATTTTTCTATGGTTACACATATTATGTCTGGTTTGTCATCTGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752      TTCTTGCAAGTGTTGGTGGCCTCTACACTTCTGTTGTGGTTAAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131242 ..AAGTTCTTGCAAGTGTTGGTGGCCTCTACACTTCTGTTGTGGTTAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACACAGACAACATCATGAAAGGCTTTTCTGCAGCAGCGGCCATTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131727 ACACAGACAACATCATGAAAGGCTTTTCTGCAGCAGCGGCCATTGTCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCACCATTGCTTCAGTAATGCTGTTTGGATTACAGATAA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 131777 TCCACCATTGCTTCAGTAATGCTGTTTGGATTACAGATAAGTA...CAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTCACCTTTGCCCTGGGTACTCTTCTTGTATGTGTTTCCATATATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134041 ACTCACCTTTGCCCTGGGTACTCTTCTTGTATGTGTTTCCATATATCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGGATTACCCAGACAAGACACTACATCCATCCAACAAGGAGAAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134091 ATGGATTACCCAGACAAGACACTACATCCATCCAACAAGGAGAAACAGCT

   1050     .    :    .    :
    988 TCAAAGGAGAGAGTTATTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||
 134141 TCAAAGGAGAGAGTTATTGGTGTG