seq1 = pF1KB9919.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KB9919/gi568815589f_33650517.tfa (gi568815589f:33650517_33899177), 248661 bp

>pF1KB9919 912
>gi568815589f:33650517_33899177 (Chr9)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-371  (146127-146286)   100% ->
372-625  (147313-147566)   99% ->
626-762  (147970-148106)   100% ->
763-912  (148512-148661)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCGGACCTGACGACAGATGCCCCGCACGCTGGCCGGGACCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGCGGACCTGACGACAGATGCCCCGCACGCTGGCCGGGACCGGGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGTCAAGTGTGGAAAGGGTCTGGCGGCTGCCAGGCCTGGCAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGTCAAGTGTGGAAAGGGTCTGGCGGCTGCCAGGCCTGGCAGAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGGGGCGGGGCGCAGCGGGGCGGGGCGGGCCTGGAGCTGCACCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGGGGCGGGGCGCAGCGGGGCGGGGCGGGCCTGGAGCTGCACCCGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGTGGACGCACTTGGCGAGCGGCGCGGGATGCAGACGGCTGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGTGGACGCACTTGGCGAGCGGCGCGGGATGCAGACGGCTGCGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGGCACAG         TTGCTGTCCCCTTTGACGATGATGACAAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGGGCACAGGTC...CAGTTGCTGTCCCCTTTGACGATGATGACAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGTTGGGGGCTACACCTGTGAGGAGAATTCTCTCCCCTACCAGGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146157 TTGTTGGGGGCTACACCTGTGAGGAGAATTCTCTCCCCTACCAGGTGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGAATTCTGGCTCCCACTTCTGCGGTGGCTCCCTCATCAGCGAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146207 CTGAATTCTGGCTCCCACTTCTGCGGTGGCTCCCTCATCAGCGAACAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTGGTATCAGCAGCTCACTGCTACAAGAC         CCGCATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 146257 GGTGGTATCAGCAGCTCACTGCTACAAGACGTA...CAGCCGCATCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGACTGGGAGAGCACAACATCAAAGTCCTGGAGGGGAATGAGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147324 TGAGACTGGGAGAGCACAACATCAAAGTCCTGGAGGGGAATGAGCAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCAATGCGGCCAAGATCATCCGCCACCCTAAATACAACAGGGACACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147374 ATCAATGCGGCCAAGATCATCCGCCACCCTAAATACAACAGGGACACTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGACAATGACATCATGCTGATCAAACTCTCCTCACCTGCCGTCATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147424 GGACAATGACATCATGCTGATCAAACTCTCCTCACCTGCCGTCATCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCGCGTGTCCACCATCTCTCTGCCCACCGCCCCTCCAGCTGCTGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 147474 CCCGCGTGTCCACCATCTCTCTGCCCACCACCCCTCCAGCTGCTGGCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGTGCCTCATCTCCGGCTGGGGCAACACTCTGAGCTTTGGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 147524 GAGTGCCTCATCTCCGGCTGGGGCAACACTCTGAGCTTTGGTGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   CTGACTACCCAGACGAGCTGAAGTGCCTGGATGCTCCGGTGCTGACCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147968 AGCTGACTACCCAGACGAGCTGAAGTGCCTGGATGCTCCGGTGCTGACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGCTGAGTGTAAAGCCTCCTACCCTGGAAAGATTACCAACAGCATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148018 AGGCTGAGTGTAAAGCCTCCTACCCTGGAAAGATTACCAACAGCATGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGTGTGGGCTTCCTTGAGGGAGGCAAGGATTCCTGCCAG         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 148068 TGTGTGGGCTTCCTTGAGGGAGGCAAGGATTCCTGCCAGGTG...CAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGACTCTGGTGGCCCTGTGGTCTGCAACGGACAGCTCCAAGGAGTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148514 TGACTCTGGTGGCCCTGTGGTCTGCAACGGACAGCTCCAAGGAGTTGTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTGGGGCCATGGCTGTGCCTGGAAGAACAGGCCTGGAGTCTACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148564 CCTGGGGCCATGGCTGTGCCTGGAAGAACAGGCCTGGAGTCTACACCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    865 GTCTACAACTATGTGGACTGGATTAAGGACACCATCGCTGCCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148614 GTCTACAACTATGTGGACTGGATTAAGGACACCATCGCTGCCAACAGC