seq1 = pF1KB9914.tfa, 1599 bp
seq2 = pF1KB9914/gi568815577f_42553815.tfa (gi568815577f:42553815_42872521), 318707 bp

>pF1KB9914 1599
>gi568815577f:42553815_42872521 (Chr21)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-140  (132378-132448)   100% ->
141-218  (134103-134180)   100% ->
219-262  (145154-145197)   100% ->
263-317  (178256-178310)   100% ->
318-388  (179542-179612)   100% ->
389-473  (189962-190046)   100% ->
474-555  (197302-197383)   100% ->
556-630  (200176-200250)   100% ->
631-717  (205185-205271)   100% ->
718-822  (206514-206618)   99% ->
823-905  (207011-207093)   100% ->
906-1062  (208269-208425)   100% ->
1063-1176  (211567-211680)   100% ->
1177-1281  (214374-214478)   100% ->
1282-1410  (215213-215341)   100% ->
1411-1506  (216889-216984)   100% ->
1507-1595  (218625-218712)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATCCGGCTCCTCCAGCTACCGGCCCAAGGCCATCTACCTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATCCGGCTCCTCCAGCTACCGGCCCAAGGCCATCTACCTGGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGATGGACGCATTCAGAAG         GTAATCTTCAGCAAGTACTGCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CGATGGACGCATTCAGAAGGTA...CAGGTAATCTTCAGCAAGTACTGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCCAGCGACATCATGGACCTGTTCTGCATCGCCACCGGCCTGCCTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132400 ACTCCAGCGACATCATGGACCTGTTCTGCATCGCCACCGGCCTGCCTCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         GAACACGACCATCTCCCTGCTGACCACCGACGACGCCATGGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132450 TG...CAGGAACACGACCATCTCCCTGCTGACCACCGACGACGCCATGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCCATCGACCCCACCATGCCCGCGAATTCAGAACG         CACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 134145 CTCCATCGACCCCACCATGCCCGCGAATTCAGAACGGTA...CAGCACTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CGTACAAAGTGAGACCTGTGGCCATCAAGCAACTCTCCG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 145159 CGTACAAAGTGAGACCTGTGGCCATCAAGCAACTCTCCGGTA...TAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AGAGAAGAATTAATCCAGAGCGTGCTGGCGCAGGTTGCAGAGCAGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178258 AGAGAAGAATTAATCCAGAGCGTGCTGGCGCAGGTTGCAGAGCAGTTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AAG         AGCATTCAAAATCAATGAACTGAAAGCTGAAGTTGCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178308 AAGGTA...TAGAGCATTCAAAATCAATGAACTGAAAGCTGAAGTTGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATCACTTGGCTGTCCTAGAGAAACGCGTGGAAT         TGGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 179580 ATCACTTGGCTGTCCTAGAGAAACGCGTGGAATGTG...CAGTGGAAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CTAAAAGTGGTGGAGATTGAGAAATGCAAGAGTGACATTAAGAAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189970 CTAAAAGTGGTGGAGATTGAGAAATGCAAGAGTGACATTAAGAAGATGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GGAGGAGCTGGCGGCCAGAAGCAGCAG         GACCAACTGCCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 190020 GGAGGAGCTGGCGGCCAGAAGCAGCAGGTA...TAGGACCAACTGCCCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 GTAAGTACAGTTTTTTGGATAACCACAAGAAGTTGACTCCTCGACGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197316 GTAAGTACAGTTTTTTGGATAACCACAAGAAGTTGACTCCTCGACGCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GTTCCCACTTACCCCAAG         TACCTGCTCTCTCCAGAGACCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 197366 GTTCCCACTTACCCCAAGGTA...TAGTACCTGCTCTCTCCAGAGACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 CGAGGCCCTGCGGAAGCCGACCTTTGACGTCTGGCTTTGGGAGCCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200199 CGAGGCCCTGCGGAAGCCGACCTTTGACGTCTGGCTTTGGGAGCCCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AG         ATGCTGAGCTGCCTGGAGCACATGTACCACGACCTCGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200249 AGGTA...CAGATGCTGAGCTGCCTGGAGCACATGTACCACGACCTCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 CTGGTCAGGGACTTCAGCATCAACCCTGTCACCCTCAGGAGGTGGCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 205224 CTGGTCAGGGACTTCAGCATCAACCCTGTCACCCTCAGGAGGTGGCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718        TTCTGTGTCCACGACAACTACAGAAACAACCCCTTCCACAACT
        >...>>>||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205274 G...CAGTTCTGCGTCCACGACAACTACAGAAACAACCCCTTCCACAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 TCCGGCACTGCTTCTGCGTGGCCCAGATGATGTACAGCATGGTCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206557 TCCGGCACTGCTTCTGCGTGGCCCAGATGATGTACAGCATGGTCTGGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 TGCAGTCTCCAG         GAGAAGTTCTCACAAACGGATATCCTGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 206607 TGCAGTCTCCAGGTG...CAGGAGAAGTTCTCACAAACGGATATCCTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 CCTAATGACAGCGGCCATCTGCCACGATCTGGACCATCCCGGCTACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207040 CCTAATGACAGCGGCCATCTGCCACGATCTGGACCATCCCGGCTACAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 ACAC         GTACCAGATCAATGCCCGCACAGAGCTGGCGGTCCGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207090 ACACGTA...CAGGTACCAGATCAATGCCCGCACAGAGCTGGCGGTCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 TACAATGACATCTCACCGCTGGAGAACCACCACTGCGCCGTGGCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208306 TACAATGACATCTCACCGCTGGAGAACCACCACTGCGCCGTGGCCTTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 GATCCTCGCCGAGCCTGAGTGCAACATCTTCTCCAACATCCCACCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208356 GATCCTCGCCGAGCCTGAGTGCAACATCTTCTCCAACATCCCACCTGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GGTTCAAGCAGATCCGACAG         GGAATGATCACATTAATCTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 208406 GGTTCAAGCAGATCCGACAGGTG...TAGGGAATGATCACATTAATCTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GCCACTGACATGGCAAGACATGCAGAAATTATGGATTCTTTCAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211588 GCCACTGACATGGCAAGACATGCAGAAATTATGGATTCTTTCAAAGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 AATGGAGAATTTTGACTACAGCAACGAGGAGCACATGACCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 211638 AATGGAGAATTTTGACTACAGCAACGAGGAGCACATGACCCTGGTG...C

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177   CTGAAGATGATTTTGATAAAATGCTGTGATATCTCTAACGAGGTCCGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214372 AGCTGAAGATGATTTTGATAAAATGCTGTGATATCTCTAACGAGGTCCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 CCAATGGAAGTCGCAGAGCCTTGGGTGGACTGTTTATTAGAGGAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214422 CCAATGGAAGTCGCAGAGCCTTGGGTGGACTGTTTATTAGAGGAATATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TATGCAG         AGCGACCGTGAGAAGTCAGAAGGCCTTCCTGTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214472 TATGCAGGTA...CAGAGCGACCGTGAGAAGTCAGAAGGCCTTCCTGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 CACCGTTCATGGACCGAGACAAAGTGACCAAGGCCACAGCCCAGATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215247 CACCGTTCATGGACCGAGACAAAGTGACCAAGGCCACAGCCCAGATTGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TTCATCAAGTTTGTCCTGATCCCAATGTTTGAAACAGTGACCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 215297 TTCATCAAGTTTGTCCTGATCCCAATGTTTGAAACAGTGACCAAGGTG..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411     CTCTTCCCCATGGTTGAGGAGATCATGCTGCAGCCACTTTGGGAAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215347 .CAGCTCTTCCCCATGGTTGAGGAGATCATGCTGCAGCCACTTTGGGAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 CCCGAGATCGCTACGAGGAGCTGAAGCGGATAGATGACGCCATGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216935 CCCGAGATCGCTACGAGGAGCTGAAGCGGATAGATGACGCCATGAAAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507          TTACAGAAGAAGACTGACAGCTTGACGTCTGGGGCCACCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216985 GTA...CAGTTACAGAAGAAGACTGACAGCTTGACGTCTGGGGCCACCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1548 GAAGTCCAGAGAGAGAAGCAGAGATGTGAAAAACAGTGAAGG AGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|-|-||
 218666 GAAGTCCAGAGAGAGAAGCAGAGATGTGAAAAACAGTGAAGGTA A TG