seq1 = pF1KB9909.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KB9909/gi568815579f_741009.tfa (gi568815579f:741009_947966), 206958 bp

>pF1KB9909 768
>gi568815579f:741009_947966 (Chr19)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-227  (102453-102618)   100% ->
228-369  (102885-103026)   100% ->
370-600  (105139-105369)   100% ->
601-768  (106791-106958)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCACCGGCCCCCCAGCCCTGCCCTGGCGTCCGTGCTGCTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCACCGGCCCCCCAGCCCTGCCCTGGCGTCCGTGCTGCTGGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGAGCG         GTGCTGCCCGAGCTGCGGAGATCGTGGGCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGAGCGGTG...CAGGTGCTGCCCGAGCTGCGGAGATCGTGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCACGAGGCGCAGCCACACTCCCGGCCCTACATGGCCTCCCTGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 GGCACGAGGCGCAGCCACACTCCCGGCCCTACATGGCCTCCCTGCAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGGGAACCCGGGCAGCCACTTCTGCGGAGGCACCTTGATCCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 CGGGGGAACCCGGGCAGCCACTTCTGCGGAGGCACCTTGATCCACCCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCGTGCTGACGGCCGCGCACTGCCTGCGGGACAT         ACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102583 CTTCGTGCTGACGGCCGCGCACTGCCTGCGGGACATGTG...CAGACCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCGCCTGGTGAACGTGGTGCTCGGAGCCCACAACGTGCGGACGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102890 AGCGCCTGGTGAACGTGGTGCTCGGAGCCCACAACGTGCGGACGCAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCACCCAGCAGCACTTCTCGGTGGCTCAGGTGTTTCTGAACAACTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102940 CCCACCCAGCAGCACTTCTCGGTGGCTCAGGTGTTTCTGAACAACTACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCGGAGAACAAACTGAACGACGTTCTCCTCATCCAG         CTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102990 CGCGGAGAACAAACTGAACGACGTTCTCCTCATCCAGGTG...CAGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAGCCCAGCCAACCTCAGTGCCTCCGTCGCCACAGTCCAGCTGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105143 GCAGCCCAGCCAACCTCAGTGCCTCCGTCGCCACAGTCCAGCTGCCACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGGACCAGCCAGTGCCCCACGGCACCCAGTGCCTGGCCATGGGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105193 CAGGACCAGCCAGTGCCCCACGGCACCCAGTGCCTGGCCATGGGCTGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGCGTGGGTGCCCACGACCCCCCAGCCCAGGTCCTGCAGGAGCTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105243 CCGCGTGGGTGCCCACGACCCCCCAGCCCAGGTCCTGCAGGAGCTCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCACCGTGGTCACCTTCTTCTGCCGGCCACATAACATTTGCACTTTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105293 TCACCGTGGTCACCTTCTTCTGCCGGCCACATAACATTTGCACTTTCGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTCGCCGCAAGGCCGGCATCTGCTTC         GGAGACTCAGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105343 CCTCGCCGCAAGGCCGGCATCTGCTTCGTA...CAGGGAGACTCAGGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCCCTGATCTGTGATGGCATCATCCAAGGAATAGACTCCTTCGTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106805 CCCCCTGATCTGTGATGGCATCATCCAAGGAATAGACTCCTTCGTGATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGGGATGTGCCACCCGCCTTTTCCCTGACTTCTTCACGCGGGTAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106855 GGGGATGTGCCACCCGCCTTTTCCCTGACTTCTTCACGCGGGTAGCCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TACGTGGACTGGATCCGTTCCACGCTGCGCCGTGTGGAGGCCAAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106905 TACGTGGACTGGATCCGTTCCACGCTGCGCCGTGTGGAGGCCAAGGGCCG

    800 
    765 CCCC
        ||||
 106955 CCCC